「義兄別來無恙乎？」一句話就讓永歷暗叫「大事不妙」，原來說這句話的人正是現在「天地會」總舵主陳近南。
其實身陷險境怨不得別人，也是永歷大意疏忽，鄭軍能從石頭城北面得峭壁爬上石頭城，肯定是有向導帶路，而那向導肯定與「天地會」有關系。鄭軍不遠千里奔襲南京，陳近南定會當做「頭等大事」，將永歷身在石頭城的消息傳給鄭軍船隊的是他，帶人引到鄭軍從北坡峭壁上山的還是他，當永歷來到北坡察看戰況的時候，正被他遇上，這麼好的機會，陳近南怎麼會放棄。
江面上的戰事已接近尾聲，鄭軍船隊不降的話，只有全軍覆沒，可是此時能「活捉」永歷皇帝，以此為要挾的話，也許比打一場勝仗更有效，所以陳近南讓隨來的五十個「天地會」會眾偷偷的散布到四周，然後先用手弩射死站崗的侍衛，而後一涌而上，將永歷和他的侍衛包圍在中間。
永歷有心想要殺出重圍，但是四周的「天地會」會眾多手持短弩，其中竟然還有和尚、道士打扮的人，可能就是所謂的「江湖高手」，而自己的侍衛也不過十余人，如果奮起反抗的話，基本可以斷定絕對不能突出重圍，只能白白犧牲侍衛而已。
于是永歷向陳近南招招手，說道︰「朕可以跟你們走，但是你得放走朕的侍衛才行！」
陳近南點點頭，說道︰「弟弟得罪義兄了，還請義兄多多擔待，您的侍衛可以走了，至于義兄的安全，就由我來負責好了！」
聞听萬歲爺要跟陳近南走，侍衛們紛紛阻止，有的侍衛抽出兵器就要沖過去，準備和陳近南拼命。
永歷不想增加無謂的犧牲，于是對侍衛們說道︰「朕意已決，你們趕緊回去，陳總舵主不會難為朕的，你們快走吧！」
皇上的話就是聖旨，這些侍衛盡管心有不甘，可最後還是只能沿著原路返回，準備先回石頭城找洪熙官，然後再搬來救兵救回皇上。
侍衛們走後，有人問陳近南應該向那走，陳近南略微思考一下，便決定從北坡下山，然後沿著江邊向東走，繞過石頭山，找到鄭軍的主力，將永歷交給劉國軒和馮希範，只有到了那里，陳近南才放心永歷不會再被明軍奪回去。
在去往前山的路上，陳近南並沒有和永歷說話，兩人的注意力早就被江面上的戰斗所吸引。
此時大明船隊與鄭軍船隊的戰斗已快接近結束，十來艘鄭軍戰船落下了戰旗，竟然向明軍船隊投降，其余殘存的七八艘戰船濃煙滾滾，大多帶傷，估計也不能堅持太長時間。
陳近南見此情景，輕輕地嘆口氣，下令加快行進的速度，也好在明軍發現他們之前趕到前山與劉國軒他們會合。
從石頭山下江邊的小路來到前山，此時劉國軒已經帶人沖上石頭城，而洪熙官則帶人從後山撤退，進攻石頭城的三千鄭軍損失慘重。所以劉國軒並沒有下令追趕，而是下令簡單修葺石頭城，畢竟自己的船隊幾乎全軍覆沒，也就意味著後路斷絕，所以必須盡快尋找一個安身之所，也好在劣勢之下能夠暫時自保。
南京城內的明軍見到長江上大明水軍取得優勢後，立即出城進攻鄭軍，而鄭軍因為船隊被殲，士氣低落，竟然抵擋不住明軍的猛烈進攻，連連後退，最後只能在劉國軒的安排下，只好撤往石頭山固守。
當陳近南帶著永歷轉到前山，找到鄭軍的時候，馮希範正準備撤往石頭山。
馮希範得知永歷皇帝被擒，大喜過望，立刻帶人趕到江邊，見到永歷、陳近南以後，根本不與陳近南寒暄，而是直接奔向了永歷，仿佛餓狼見到獵物一般，先是一頓狂笑，然後才說道︰「哈哈，沒想到啊，假皇帝竟然做了我的階下囚，真是天助我也！」
陳近南一听，臉色陰沉下來，不過並沒有立刻表示出不滿，而是對馮希範說道︰「馮大人，現在不是說話的時候，明軍就要攻上來了，咱們還是先上山吧！」
馮希範連連點頭，然後向後揮揮手，喊道︰「來人，請假皇帝上山——」
從馮希範身後走過去四個侍衛，就要從「天地會」會眾手中接管永歷。「天地會」會眾當然不願意將「戰利品」白白交給對方，紛紛表示不滿，將馮希範的侍衛攔住。
馮希範的侍衛一向跋扈慣了，見對方竟敢攔著不交人，便伸手去搶，但他們那里是「天地會」綠林人的對手，其中兩個剛將手伸到永歷身前，就被永歷身邊的一僧一道踹倒在地，剩下的兩個侍衛拔刀就沖了過去，卻被對方的短弩逼住，不敢再動。
永歷曾經見過馮希範，現在冷眼看著這一切，心知馮希範和陳近南不和，馮希範依仗自己是鄭經的親信，又隨侍于鄭經的身邊，一向都是眼高于頂，瞧不起在外奔波的陳近南。另一個世界中再過十年，等鄭經死後，諸子奪位的時候，陳近南就得死在馮希範的手里，這個世界中雖然已發生了「蝴蝶效應」，但是以馮希範的心性，還是不會放過陳近南的。
不過永歷並不想去提醒陳近南，一來此事太過匪夷所思，總不能說自己是穿越來的；二來陳近南是鄭經的大將，現在與鄭經已經撕破臉，分屬不同的陣營，馮希範與陳近南內斗，也正好可以削弱他們，何樂而不為呢！
永歷這邊想著心事，那邊陳近南喝道︰「都給我住手！把人交給他們！」
會眾們聞言，只好無奈地將永歷交給馮希範的侍衛，然後退到了一邊。
馮希範看到陳近南如此配合，立刻眉開眼笑，說道︰「天華兄（陳近南本名陳天華）可是立了一大功啊！等我回到金門，面前王爺時候，一定請王爺給你記一大功！」
陳近南客氣了幾句，然後馮希範讓人押著永歷，大搖大擺地走上石頭山，陳近南等人則在後邊跟著。
長江一戰，張水蛟和張煌言率領「南海海軍」十八艘戰船全殲鄭經船隊三十二艘，擊沉二十三艘，俘虜八艘，另有一艘逃往上游，二十門「紅夷大炮」被繳獲八門，其余的則隨戰船沉入了江底。
等結束了江面上的戰斗，張水蛟和張煌言立即調頭駛向南京舞陽門前的江面，利用船上的大炮對準舞陽門外鄭軍的陣營就是一頓猛轟。不過此時鄭軍已大部撤往石頭山，被毀掉的只是鄭軍來不及帶走的輜重和軍糧。
洪熙官在永歷走後，堅守了一段時間，終于城門還是被鄭軍攻佔，于是下達了撤退的命令。當他率領余部走到山腰的時候，遇到了正要返回石頭城求救的侍衛，得知萬歲爺竟然被陳近南劫走，急忙尾隨而來，等繞過石頭山後，卻發現萬歲爺已經被帶入鄭軍之中。
經過石頭城一戰，洪熙官所帥的兩千士兵已經所剩無幾，憑著幾百人，任洪熙官能耐再大，也救不回萬歲爺。最後洪熙官考慮再三，還是決定先回南京城，然後再想辦法救出萬歲爺。
張水蛟和張煌言兩人並沒有在同一條戰船上，張煌言以「北極星」號為旗艦，率領其余兩艘「三桅帆船」沖過鄭軍船隊負責攔截，張水蛟則率其他的十六艘艨艟戰船隨後趕上，兩面夾擊對方。鄭軍猝不及防之下，被大明船隊突襲成功，幾乎全軍覆沒。
基本結束江面上的戰斗後，張水蛟和張煌言又指揮著船隊炮轟鄭軍的陸上大營，見到鄭軍退往城西的石頭山後，才停止炮擊。然後兩人下令船上留下必要的水手負責警戒，其他的全部跟隨他們下船，就這樣一千多水手乘小船登陸，此外還有被繳獲的八門「紅夷大炮」，也一並被運到岸上。
南京城內的明軍在毛八重的帶領下出城接應，而後兩支明軍會合後，來到石頭山腳下，將鄭軍圍住。
這時候，洪熙官也沿著江邊繞過石頭山，與明軍主力會合。
本來張水蛟和張煌言打了一場勝仗後興高采烈，可當洪熙官說出萬歲爺被陳近南劫走，立刻傻眼了。
眾人趕緊將消息傳回城內，不久城內的文武大臣全都急忙來到舞陽門外，證實萬歲爺確實被劫走後，無不驚懼萬分。
「國不可一日無君」，萬歲爺被擄走了，大明朝中便是群龍無首，盡管還有郎廷佐、方以智等人可以維持朝政，但大明國威何在？民心何存？
眾文武急忙在舞陽門商議如何救出皇上，眾說紛紜，每個人都很急迫，提出的建議也是五花八門。
張水蛟、毛八重等武將主張強攻石頭城，理由是那里剛經過一場大戰，城防毀壞，何況鄭軍的大炮都已丟失，只要集中兵力，將大炮運上山去，定能拿下石頭城，救出皇上。
郎廷佐、方以智兩位內閣大學士則表示反對，強攻石頭山，破擊石頭城，有可能會誤傷皇上，何況對方有可能以皇上為要挾，使明軍不敢輕易攻山。
對于兩方面的看法，其余的人馬上分成了兩派，廖文希出人意料的贊成強攻，而喬貴樂當即表示反對，干紋則一言不發。
洪熙官因為皇上被劫，他職責有失，正低著頭不住地後悔，他倒是想上山救出永歷，可是他自覺沒那本事，稍有不慎，就有可能害了萬歲爺，所以很是糾結。
最後還是張煌言中和了一下眾人的意見，提出圍困石頭山，防止鄭軍奪路而逃，逼迫對方將皇上交出來，當然只要不傷害萬歲爺，有條件可以談條件。
喬貴樂首先表示贊同，並且認為石頭山雖然難攻，但是他們想走也難，何況鄭軍的船隊被全殲，他們困在山上，起碼也不能飛走。
于是最後由郎廷佐和方以智決定「靜觀其變」，再派喬貴樂作為使者上山查探，弄清對方的意圖，再作打算。
接下來，眾人又在郎廷佐和方以智的主持下，將內外分工安排好。張水蛟負責江上，張煌言、毛八重、洪熙官各守住石頭山的一個方向，每個方向安置大炮兩門，斷絕鄭軍所有下山的道路，困也困死他們。
就在眾臣為永歷心急如焚的時候，石頭山上也正在爭執不下，劉國軒、馮希範、陳近南三人竟分成了兩派。
馮希範主張立刻殺掉永歷，讓對方「群龍無首」，然後再趁對方軍心大亂之時攻下山去，搶奪對方的戰船，趁機撤走。
陳近南當即表示反對，劉國軒也不贊成，表示如此「魚死網破」，只能招來全軍覆沒，不如派人下山去和對方交涉，以永歷皇帝為條件，讓明軍放開一條路，同時交出被俘的戰船，然後登船離開南京，回轉福建。
但是馮希範以監軍身份反對兩人的計劃，理由是不可空手而回，把對方的「假皇帝」抓在手里，不趁機撈些好處，實在是機會難得。
其實劉國軒和陳近南兩人也有此意，不過自己被圍困在石頭山上，遠無救兵，能以永歷皇帝為條件，讓對方放自己一條生路，就很不錯了，竟然還要「撈些好處」，難不成讓永歷皇帝把南京城讓給延平王？這可能嗎？
三人商量了一會兒，根本沒有結果，這時候就听傳令兵進來稟報，說是山下來人了，一個自稱「喬貴樂」的求見。
劉國軒一听，馬上嚷道︰「怎麼？這小子還敢來？」
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