1820年，薩木薩克死後不久，張格爾就加緊了作亂的步伐。浪客中文網在浩罕汗國瑪達里的暗中汗支持下，張格爾聚集了數百人襲擊了清朝卡倫(邊防站)。當時，喀什噶爾邊境山區的柯爾克孜首領蘇蘭奇因受到張格爾的壓迫，向喀什噶爾參贊大臣報告了這一敵情。參贊大臣斌靜听了之後卻並不放在心上。到清軍卡倫守軍再次向他報警後，這才感到事態嚴重，急忙派人火速飛報伊犁將軍。
此時，張格爾已率領數百人順利進抵圖休克塔什卡倫，距喀什噶爾西北不過百余里，在山區村落燒殺虜掠，清軍副護軍參領音德布已英勇戰死。
伊犁將軍慶祥聞報後，日夜兼程親自奔赴喀什噶爾。同時，喀什噶爾幫辦大臣色普征額也率兵火速開赴邊境御敵，與張格爾匪幫遭遇後，迅即獲勝。張格爾僅率20余騎逃回浩罕。
第一次入卡的失敗，並未使張格爾認輸。他繼續在邊境地帶活動，打出「霍加後裔」的旗幟招攬了一些亡命之徒，積蓄糧草和彈藥，並不時對清軍卡倫做些小規模的騷擾。
1822年9月，張格爾伙同其弟巴布頂，集結200多人，自邊界阿賴嶺入境，進入我方烏魯克卡倫搶劫，傷清軍官兵30余人，侍衛花三布陣亡。面對危局，清軍游擊劉發恆率卡倫守軍奮力拒敵，張格爾與巴布頂抵擋不住，又退往邊境山區。
在山區觀望期間，張格爾突發奇想，派人到喀什噶爾參贊大臣處商談，要求清朝將喀什噶爾罕愛里克回莊劃為其世襲領地，他便不再鬧事。喀什噶爾參贊大臣永芹早已探得浩罕汗國將派兵數千協助張格爾奪取喀什噶爾，張格爾此舉不過妄圖以詐降爭取時間。
為務求全殲張格爾匪幫永絕邊患，接到邊報後，道光一方面要求慶祥嚴辭回絕張格爾的無理要求，同時命喀什噶爾參贊大臣永芹盡速進剿。
1822年10月3日，永芹領兵300，開赴邊境木吉一帶剿敵。不料張格爾已聞風先遁，竄出邊卡之外；他見浩汗國答應派出的援兵遲遲不來，也就只好繼續招兵買馬，在喀拉提錦山區一帶，準備更大規模的軍事入侵。
為防止張格爾再度入卡為亂，清廷開始在喀什噶爾加強邊備。1822年11月，喀什噶爾參贊大臣永芹病故于任上，來年元月，清廷派伊犁將軍慶祥出任喀什噶爾參贊大臣；至3月間，又調烏魯木齊綠營兵500、戰馬500匹赴喀什噶爾充實防務。
1823年7月18日的一個深夜，張格爾又領著黨徒200余人和浩罕汗國革職軍官艾沙所帶的60余名安集延士兵，第三次入卡作亂。他們自開齊山入境，以最快的速度繞過清軍卡倫，佔領了喀什噶爾以北40余公里的阿圖什。
在喀拉汗王朝索圖克；布格拉汗的陵旁，張格爾向民眾宣布，他此行的目的只是要到喀什噶爾阿帕克霍加麻扎去，以祭拜先祖在天之靈。消息一傳開，有不少白山派信徒信以為真，先後趕到阿圖什參拜張格爾。
與此同時，喀什噶爾參贊大臣慶祥也己聞報，火速命令幫辦大臣舒爾哈善與領隊大臣烏凌阿等，率兵直奔阿圖什圍剿。張格爾忙帶著由引誘哄騙而擴充為千余人的部隊迎戰。這些未經訓練的叛軍一戰即潰。張格爾馬上掉頭就跑，先往東退往伽師，再向西悄悄迂回到喀什噶爾城東5公里處，佔領了阿帕克霍加陵園。
慶樣聞訊，又派千余清兵前往包圍了阿帕克霍加陵園。此時張格爾已派人混入喀什噶爾城內，串通內應發動了變亂，叛匪沖出東門，在清軍外圍又形成一道包圍圈。清軍受內外夾擊，處于明顯劣勢。在一個雷雨交加的夜里，張格爾順利突圍。
短短的幾天，張格爾瘋狂地煽動宗教情緒與民族仇視，不斷招兵買馬加強攻勢。喀什噶爾附近清軍防線已無力再維持，舒爾哈善、烏凌阿等將領，甚至原先的代理喀什噶爾參贊大臣穆克登布等，都先後英勇犧牲。清軍殘部由慶祥帶領退守喀什噶爾漢城。此後，英吉沙爾、葉爾羌、和闐等地清軍，也相繼被張格爾叛軍包圍。這時由于聞知張格爾已得手，浩罕汗國也應邀派出3900名侵略軍趕來，企圖與張格爾平分秋色。兩股強盜合兵的結果，把塔里木盆地西南緣一帶陷入了一片硝煙戰火之中。
18世紀以來，英帝國主義就開始把勢力的觸角伸向我國**、新疆地區，並積極物色和培植代理人。張格爾早年在喀布爾求學時；就與英國間諜有過往來。這次張格爾入卡時，就有20余名英國特工尾隨而來，不僅為他充當政治與軍事顧問，而且負責為他輸送大批歐式軍械。在制定侵略計劃與訓練叛軍方面，這些英國間諜是不遺余力的。據西方史料披露，這伙間諜中，曾有5人身著當地百姓服裝，每天寸步不離地跟著張格爾。正是由于浩罕統治集團與英帝國主義給張格爾撐腰打氣，為虎作倀，才使得張格爾的叛亂能在短時間內得以迅速蔓延。
1823年7月22日，張格爾見清軍己退入漢城固守，便親自率兵先攻打回城。守在城中的是喀什噶爾維吾爾阿奇木伯克買買薩依提與原喀什噶爾阿奇木伯克郡王玉努斯。他們兩人調集數千維吾爾居民和士兵，與敵軍展開殊死搏斗，浴血奮戰整整4天4夜，城門被敵人炸開，兩人同時為國殉難，上千維吾爾軍民戰死在敵人屠刀之下。
戰死的維吾爾勇士在喀什噶爾的歷史上，留下了他們不屈的身影與血染的風采。
張格爾攻陷回城之後，為保存實力，把攻打漢城的任務推給了急于爭功的浩罕侵略軍，並答應事成之後，可以割讓喀什噶爾為禮物，而且還能平分其他各城所獲的贓物。浩罕軍首領喜不自勝，而且也急于得到當年波羅尼都埋在「古勒巴格」(即當時的漢城)的所謂地下寶藏，同時又輕易相信了清軍不堪一擊的胡話，于是將麾下3000兵將齊策于漢城之下。
當浩罕軍隊搶先發動攻勢後，守在城中的慶樣將軍率清兵與內地各省籍商民共千余人，沖出城外與敵軍接仗，一戰殺死敵軍800余人，其余受傷者不計其數。浩罕軍慘敗而退。
這時，張格爾才親自出馬，先用水攻不成，再用地道戰術，經數十天鏖戰，于9月26日終于攻進了漢城。喀什噶爾參贊大臣慶祥將軍誓死不降，拔刀自刎以身報國。
翌日，張格爾率大軍入城，宣布自己是「賽義德；張格爾；蘇丹」(即「聖人後裔張格爾國王」)。不久，喀什噶爾以南的所有地方，全部落入張格爾之手。
多年來蒙受清朝地方貪官和維吾爾伯克欺凌壓榨的喀什噶爾窮苦百姓，特別是其中的原白山派信徒，在張格爾起事初期，曾對這個所謂的「霍加後裔」抱有一些幻想，在單純的宗教感情支配之下上當受騙。
但張格爾一旦大權在握，就開始縱容浩罕侵略軍和自己的親信們，對當地人大肆搶掠。正如清朝史料記載的那樣；「婬虐婦女，搜索財物，其暴虐甚于從前和卓(按︰即「霍加」)千倍萬倍。」而且，凡與清軍作戰，張格爾就用浩罕軍督戰，讓貧苦百姓上前受死，自己則坐享漁翁之利。如此一來張格爾開始失掉自己在當地人心中的正面形象，加上不斷的戰亂使當地人更加貧困，當地百姓不再如叛亂開始時一般，支持張格爾的叛軍。