参谋总长及各级官长第一要务，在上下一致重振纪纲。过去一年间，纪纲废弛，精神松弛，致使军队一败涂地，遭受节节失利，大多数人民被匪关入铁幕，吾人八年抗日战争所获得成果，国际人士对吾人之崇敬，遂因此而告丧失，受尽侮辱与歧视，稍有廉耻有人性之人，于别人欺伤讥笑之下，自不愿亦不能忍受。欲洗雪耻辱，必重振纪纲，此乃第一要务。
其次为确立制度，吾人过去所受失败教训，在于制度之未臻健全。去年一年来，余耳闻目睹各种缺点造成之严重后果，此后，吾人应确立制度，造成有系统有组织之机构，始能发挥无比力量，否则将丧失国家人民与自己之生命。盖建立新国家，必先建立新制度，如此始克完成剿匪戡乱任务，否则，即使获得了胜利，则仍将遭受失败之教训。《中央日报》，1950年3月25日。§§
蒋介石明白，要保卫台湾，军事是第一要务，而要对在溃败之中的国民党军重新整理，所做的工作非常繁多，包括军纪的整饬、军队中政工制度的确立、对军官的训练、军事院校的建立、军队的整编、士兵素质与福利的改善等（关于军官培训、军纪的整饬与军队中政工制度的确立，将另节专门叙述）。
蒋提出，“军事制度之建立，先以各兵种业务人事之组训着手，再加以统一集中，□以通信情报与参谋学院之建立为急务”《蒋介石日记》（手稿本），1950年3月15日……1950年代初期的蒋介石可以说是全身心在整理军事上，以改善士兵素质与待遇为例，蒋曾试图通过“换血”方式，招募台湾的新兵取代从大陆溃败去的老兵，无奈此项工作所费甚巨，终因“经费不足以致停顿”。《蒋介石日记》（手稿本），“三十九（1950）年工作反省录”。蒋便只能通过加强训练旧有士兵来提高实力，他不断地巡视部队，为士兵打气。在经费困难的情况下，蒋想到了古代“兵农合一”的方式：实行“退伍军人征田安置政策”，他认为，“如果能成事实，则整军与限田同时并行，一举两得矣”。《蒋介石日记》（手稿本），1952年1月26日“上星期反省录”。通过给士兵“授田”来满足其基本的要求。1952年，蒋又在经济稍得喘息后，首先给士兵加薪。“士兵增加饷项已于本月实施，而官长薪饷以预算无着未能增加，因之更加强士兵之士气，此为数年来最关心之要务，而今幸得实现。”《蒋介石日记》（手稿本），1952年9月30日“上月反省录”。1952年后，台湾当局规定所有专科与大学毕业生，“一律皆入军官学校受训一年，取得预备军官资格以后方给毕业文凭”。这一制度的实行，改善了基层军官的素质，扩大了兵源。