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到研究院开会，研讨政工制度问题。最后辞修发言，面腔怨厌之心理暴发无遗，几视余为之所为与言行皆为迂谈，认为干涉其事，使诸事拖延，台湾召乱，皆由此而起。闻者皆相愕。余惟婉言切戒，以其心理全系病态也，故谅也。《蒋介石日记》（手稿本），1950年1月12日。
蒋筹备“复职”过程中，新的“行政院长”人选是其考虑的重要问题，他希望建立一个执行力强的“战时行政院”。他在与王世杰讨论时提出，“辞修之心理病态，绝不能担当此重任”，希望由王世杰担任，“而彼未允就也”。《蒋介石日记》（手稿本），1950年2月7日。环顾台湾内外，能合蒋介石意而执掌“战时行政院”的人不多，故在2月下旬还是决定由陈诚担任“行政院长”。当时，台湾政坛陈诚、吴国桢二雄相争，吴国桢闻讯，以辞职来反对陈诚任“行政院长”，这让蒋颇感为难：“吴国桢以辞修出长行政院，其心不安，坚求辞职，此在意中事，应恳慰之。如何使之安心服务，辞修气狭量小，动辄严斥苛求，令人难堪。奈何？”《蒋介石日记》（手稿本），1950年2月22日。66bk.>
而陈诚亦不负蒋介石之托，上任之初即宣示：“政府是人民的政府，政府应以人民的意志为意志，以人民的利益为利益”，提出“人民至上”、“民生第一”的口号，宣称：“今日台湾所最需要的，就是政府与人民共患难同生死的精神，使台湾成为一个复兴中华民族的堡垒，来担负复兴中华民族的使命”。上任之后更是采取一连串措施，如政治上筹划实施地方自治，经济上推动经济恢复、实施公地放领、减租及粮食增产计划。其中，又以以下两点用力最多：
第一，整顿军事，规定所有退台的国民党军上岸后的第一件事就是放下武器，重新登记整编，统一编制，减少指挥机关，裁汰冗员。据陈诚统计，到1949年底，即取消20多个军和10多个总司令部的番号；1950年内又裁撤了高级指挥机构9个，空军指挥机构58个，联勤机构12个，教育机构6个，总共245个单位，取得了初步效果。
第二，颁布戒严令，开展严厉的政治镇压活动，严格控制社会舆论。
上述措施，对于大败之余的国民党政权稳定情绪、在台湾站稳脚跟，无疑是有重要作用的。因此，在选择接替阎锡山的人选时，蒋介石首先想到了陈诚。3月7日下午，蒋介石正式咨文“立法院”，提名陈诚为“行政院长”，咨文称：