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二、總統根據憲法第36條統帥陸海空軍。
三、國防部長依法行使行政權，負責控制軍事預算，獲得人力、物力，監督有效使用，充實國防力量。
四、參謀總長在統帥系統上為總統之幕僚長。在行政系統上為國防部長之執行官。
五、在統帥系統下設陸海空各總司令部及聯勤總司令部，為陸海空軍及聯勤業務之執行者。
六、依戰斗序列成立之高級指揮機構，隸屬于統帥系統。《中央日報》，1950年3月16日。
通過上述命令，強調了「總統」對三軍的統帥權，旨在加強蔣介石對各部隊的直接控制，同時，也明確劃分了軍令與軍政兩系統，尤其是這兩系統的首腦「參謀總長」與「國防部長」的職權，凡有關「國防」建設、軍事行政部門等統由「國防部長」負責，而有關陸海空作戰計劃及指導等屬于軍事指揮部門之職權，統由「參謀總長」負責。
在經過上述軍事機構調整後，蔣介石以「總統」名義發布了一系列任免命令，更換各主要軍事部門的領導人。3月17日，蔣介石發布命令，任命周至柔為「參謀總長」，仍兼「空軍總司令」，孫立人為「陸軍總司令」，免去顧祝同的「參謀總長」、關麟征的「陸軍總司令」職務。《中央日報》，1950年3月18日。3月23日、25日，台北又公布兩批任免名單，任命蔣經國為「國防部總政治部主任」，袁守謙為「國防部政務次長」，董毅肅為「參謀次長」，黃鎮球為「聯勤總司令」，鄭介民、宋鍔為「國防部參謀次長」。同時，蔣介石對「總統府」內的有關軍事人員進行調配，「參軍長」劉士毅、「侍衛長」李宇清被免職，一大批中將級的「參軍」如張鶴齡、劉誠之、黎鐵漢、蕭勃、湯家威、徐會之、杜從成、畢書文、龍繩組等也失寵去職。
大陸時期，國民黨兵多將廣，但派系林立，有些將領還挾兵自重，不買蔣介石的賬，蔣能控制的只有黃埔系的軍官。退到台灣後，地方派系首領普遍失去了軍隊，再加上台、澎、金、馬地域十分有限，倒為蔣介石剝奪雜牌軍將領們的軍權、直接全面控制軍隊提供了客觀條件。經過這次改組，老將們及雜牌軍首領被清除殆盡，三軍高級將領幾乎是清一色的黃埔系。例如，「參謀總長」兼「空軍總司令」周至柔（1899—1986），是蔣介石的浙江老鄉（臨海人），前妻毛福海的姨甥；保定軍校第八期步兵科畢業，後任黃埔軍校教官，跟隨蔣介石參加北伐、「剿共」戰爭；1933年被蔣介石派往歐美考察空軍教育，回國後任中央航空學校教育長、航空委員會主任；抗戰時期任空軍前敵司令部指揮官、蔣介石侍從室第一廳廳長，並作為顧問陪同蔣介石出席開羅會議，1946年出任國民黨軍空軍總司令。