在現代社會中，並存著人類和口袋妖怪。人類與它們和諧相處，並且有許多和口袋妖怪有關的職業，像培育師、訓練師等。口袋妖怪們平時可以被縮小收入一個叫做精靈球的球內，被訓練師帶在身上或放在口袋中，口袋妖怪因此得名。本故事的主角小雨是一名口袋妖怪訓練師，以成為一名最好的訓練師為目標，踏上了與其他訓練師切磋戰斗的奮斗之路。路途中發生了各種有趣的事情，主角也認識了許多好朋友，他們一起在走在努力成為優秀訓練師的路上。