散朝之後，回到何府，何進對丁淮道︰「今日在朝堂之上，張讓指證楊賜的時候，賢佷若是能及時說此事乃是楊賜指使，不但賢佷可以完全洗刷清白，而且還能大大打擊楊賜。老夫一直對你使眼色，賢佷為何視而不見？」
丁淮一听這話，便知道自己在朝堂上的猶豫使得何進起了疑心，于是道︰「叔父有所不知，楊大人曾對小佷有舉薦之恩，今日若是小佷如此說，豈非成了不義之人，叔父難道要小佷成為不義之人嗎？」
何進嘆了一口氣，道︰「老夫也非是怪你，只是這次的機會甚是難得，何況又是張讓起的進攻，賢佷的一句話便可將楊賜推入萬劫不復之地，只要楊賜一死，鄧盛便孤掌難鳴，「清流」一派就要被徹底摧垮，不過與此相比，賢佷的有情有義更是難得。只是，日後若想再有這樣的機會就更難了，經過此事，楊賜必然看出賢佷已經和老夫走到了一起，定會更加小心謹慎。」
告辭何進之後，丁淮回到了何進為自己安排的住處，看著縴雪和婉露兩人忙碌的身影，不禁感嘆，何進雖然只是一個屠夫出身，但是在官場上的老練和狠毒甚至遠遠過了楊賜，看來何進並不是像歷史上記載的那樣無能。
在洛陽又呆了兩天，丁淮便向何進告辭，回漢中去了。何進知道此間事已了，丁淮也不宜在洛陽久留，于是便讓派了兩千騎兵在路上保護丁淮的安危。
丁淮剛走了兩天，靈帝忽然得到急報，張角之弟張寶自從離開廣宗城之後，便佔據下曲陽，聚眾十萬余人，聲勢浩大。靈帝急忙召見大將軍何進、太尉鄧盛、太常楊賜商議（本來這件事情以楊賜的太常身份來講，是沒有資格參與的，但是靈帝很清楚楊賜的能力，便破例讓楊賜參與），本來大家都認為丁淮是最佳的人選，但是丁淮卻已經走了兩天，此時再追，已是來不及。
恰在此時，皇甫嵩和天使因未能見到丁淮大軍，回京復命，何進便趁機保舉皇甫嵩為帥，率軍六萬進攻下曲陽。六萬人馬已經是靈帝此時在洛陽能召集的最多人馬了，丁淮攻下廣宗和經縣，手下將士死傷甚多，四萬人馬只剩下了兩萬多人。靈帝便從防御京師的軍隊中抽調了四萬人，湊了一支六萬的軍隊交給了皇甫嵩。
皇甫嵩或許不是張角的對手，但是和張寶相比，卻是還是略高一籌的，雖然張寶也是一個智勇雙全的帥才，更何況這次皇甫嵩還招攬了三個英雄︰劉備、關羽和張飛。所以，僅僅一個月的時間，皇甫嵩便攻下了下曲陽，張寶死于關羽的青龍偃月刀下，其手下的十萬人馬全部被殺，真是血灑下曲陽城，自此之後，皇甫嵩的名字威震天下，大有趕丁淮的趨勢，而劉備、關羽、張飛的名字也開始被他人所知，事後，丁淮知道此事，暗中佩服劉備真是無孔不入。
至此，黃河南北的幾支黃巾軍主力已先後被官軍及地方豪強武裝各個擊破，但黃巾軍余部仍然堅持斗爭。中平五年二月，北方黃巾余部在郭太(一名郭大)領導下于白波谷(今山西襄汾永固鎮)重舉義旗，號為「白波黃巾」，攻太原、入河東(郡治安邑，今山西夏縣西北禹王城)，擊敗董卓大將牛輔的進剿，卻被丁原率手下的大將呂布擊敗，郭太兵敗之後自殺。
五月，馬相、趙祗自號黃巾，起義于四川綿竹(今四川綿竹東南)，連破辛潼、巴郡、陰平、汶山等郡縣，基本控制了益州北部（後文還有詳細介紹）；同年十月，青徐黃巾軍復起，攻北海。但由于各部義軍缺乏統一指揮，各自為戰，終被各地豪強各個擊破，先後敗亡。
黃巾起義是我國歷史上第一次在宗教掩護下有組織有準備的一次大規模的農民戰爭，為後來的歷次農民起義提供了寶貴的經驗，在中國農民戰爭史上佔有重要地位。黃巾農民起義戰爭的成功經驗，主要表現在以下四點︰
第一、它提出了明確地斗爭目標。即消滅東漢政權。建立自己地統治。這對號召和團結人民參加起義起到了重要地作用。
第二、利用宗教形式進行起義地宣傳和組織工作。麻痹了官府。積蓄了力量。為舉行起義作好了比較充分地準備。
第三、起義計劃制訂得比較周密、具體。所謂「內外俱起」、「八州並」就反映了這一特點。盡管後來由于叛徒地告密。使這一起義計劃地實施遇到很大地困難。但經張角果斷處置。它基本上還是得到了落實。從而給東漢王朝以沉重地打擊。
第四、斗志堅決。寧死不屈。敢于攻堅。勇于犧牲。以此向天下昭示了起義將士地斗爭精神和高尚氣節。
但是黃巾農民戰爭失敗地教訓同樣是非常深刻地。它同所有失敗地農民起義一樣。沒有遠大地戰略眼光(如陳勝吳廣起義、綠林起義、赤眉起義、隋末農民起義、黃巢起義、明末李自成、張獻忠農民起義、太平天國運動)。因此提不出更具體地策略方針；它沒有建立起後方基地和有組織地戰斗部隊。因此部隊保障受到限制。戰斗行動受到掣肘；它缺乏統一地指揮和互相地配合。各自為戰。因此造成戰區上地孤立、分割態勢。以致為敵佔優勢地主力軍所各個擊破。
另外。它不懂得在敵強我弱地形勢下采取運動戰、游擊戰等機動作戰形式地重要性。因此熱衷于城池地攻守。將起義軍主力膠著于一地。同敵人打硬仗、拚消耗。直至耗盡自己戰斗力而被擊敗。所有這些。都是起義軍在戰略上和作戰指導方面地嚴重失策。也是直接導致這場轟轟烈烈地農民革命戰爭失敗地原因。
就在皇甫嵩在下曲陽與張寶大戰的時候，宛城因丁淮的大軍撤走，無人把守，便又被一些黃巾余孽聚眾佔領，竟然也達到十萬之眾。宛城黃巾余孽的頭領便是昔日張曼成手下的第三號人物孫夏。當日丁淮設計大敗趙弘，並且收降了趙弘。因孫夏與趙弘不合，如今趙弘投降，留守宛城的孫夏听到消息，見事不妙，倉皇逃走，拾得一條性命。現在孫夏見宛城空虛，丁淮又回到漢中，膽子便大了起來，聚眾殺回，重新佔據宛城。
在大將軍何進的舉薦下，靈帝命都騎尉曹操前往征討，由于洛陽已經無兵可派，靈帝只得讓曹操在沿途抽調各地官兵，到了南陽之後卻也有了五萬人馬，更有吳郡人孫堅率領三千人馬加入，曹操任命其為隨軍司馬，由于孫堅素有「江東猛虎」的美名，使得曹操軍勢大振。
如今黃巾主力已被逐一消滅，曹操料定孫夏雖然有十萬之眾，卻必然都是烏合之眾，不堪一擊，于是，來到宛城後，便命令大軍攻城。司馬孫堅作戰果然勇猛異常，率領部眾率先登上城頭，孫夏見事不妙，僅率領一萬多人敗走，曹操和孫堅追至西鄂精山，大敗孫夏，斬萬余級，孫夏也被孫堅手下大將程普一矛挑死了。
十二月，靈帝大赦天下，改元中平。
因為靈帝是在十二月改元，所以中平元年只有不到一個月的時間，但是就在這短短十多天，生了一件事情。
豫州刺史王允大破黃巾，得張讓的賓客寫的書信，大意就是與黃巾私通，王允將書信呈給了靈帝。靈帝大怒，張讓沒想到這樣的證據竟然能到了王允手中，便在靈帝面前磕頭謝罪，只是說手下人所為，自己絲毫不知，結果靈帝竟然沒有治張讓的罪。
後來，張讓找了個罪名誣陷王允，王允被蒙入獄，遇到靈帝大赦天下，依然還為刺史；不到十天的時間，在張讓等人的刻意陷害之下，王允又因為其他罪名再次入獄。楊賜不願看到王允蒙冤受屈，于是和太尉鄧盛率領「清流」一派的眾官以探望王允為由，勸他道︰「如今張讓勢大，皇上甚是寵信，我等不可當面與之敵，如今子師便是張讓等人刻意陷害，一月兩次入獄，子師不妨忍耐一下，向張讓示好，暫解危機，以為東山再起。」其他眾人也是順著楊賜的話相勸王允。
不料王允絲毫不為之動，厲聲道︰「我王允身為人臣，被皇上下獄，即使是受到張讓陷害，但自古忠奸不能兩立，更何況大丈夫豈能向閹人求辱乎！」王允說話之間，心中怒極，沒想到楊賜也能說出這樣的話來，竟將杯子砸向楊賜，楊賜甚是羞愧。
後來，王允的話傳到了何進與袁槐的耳中，二人對王允的氣節甚是欽佩，于是，在三天後，大將軍何進與太尉鄧盛、太常楊賜、司徒袁隗共同上疏靈帝，才使得王允得保性命，但是豫州刺史的職位卻是終究沒能保住，被授以京兆尹的職位