（2）誅殺政敵
在朱棣的第一批黑名單中，名列「奸臣」者，以齊泰、黃子澄、方孝孺等為首50余人，均先後被捕殺。其中方孝孺，胡閏等首當其沖。在這場大清洗中被殺者數以萬計，受牽連而入獄服刑者更是不計其數。朱棣的清洗工程有幾項創新。一是主要對手無縛雞之力的文臣開刀；二是創立了特務機關——東廠；三是將罪人家屬列為賤民，讓他們世世代代為奴為娼，永不翻身。
燕軍攻破京師後，文武百官多見風轉舵，投降求生。對那些忠心不二的建文遺臣剝皮的剝皮，下油鍋的下油鍋，把他們的女眷罰到教坊司當官妓，實行殘酷的「轉營」，即輪流送到軍營中去，一個女子每天要接待20多個男人，被摧殘至死的，就將尸體喂狗吃了。「滅十族」、「瓜蔓抄」，都是在這一時期產生的，當時的恐怖氣氛可見一斑。史稱「壬午之難」。
誅殺文臣
被「滅十族」的是方孝孺。他曾是建文帝的老師，他視建文帝為知遇之君，為建文帝出謀劃策，輔助建文帝厲行新政，也是當時最有名的文人。方孝孺（1357—1402年），字希直，一字希古，號遜志，曾以「遜志」名其書齋，蜀獻王替他改為「正學」，因此世稱「正學先生」。福王時追謚文正。浙江寧海人（寧海古古稱緱城，故時人稱其為「緱（g u）城先生」），明代家、散文家、思想家。師從「開國文臣之首」的翰林學士（正五品）宋濂。
方孝孺幼聰慧，6歲能詩，人奇其才。呼為「小韓子」15歲隨父兄北上濟寧，勵志攻讀。及長，承學于宋濂，深受器重。洪武十五年（1382年），東閣大學士吳沉等起薦方孝孺，應征至京，在奉天門奉旨作《靈芝》、《甘露》二詩，甚合太祖朱元璋之意。賜宴時，太祖朱元璋有意使人欹（q ）斜幾具（將茶幾放的歪斜不正），試其為人，方孝孺見狀，將茶幾等擺正以後才坐下。太祖喜歡其舉止端莊，學問淵博，有期待日後輔佐子孫之意，厚禮遣回鄉。此後十年，居家讀書寫作，著《周易考次》《宋吏要言》等篇。31歲時，仇家于叔爭訟，牽連到方孝孺，官府籍其家，械押至京問罪。朱元璋見方孝孺名，特名釋放，洪武二十五年，再次受薦，授漢中府學教授，深為蜀獻王賞識，聘為世子師（世子即後來的建文帝）。
建文年間（1399—1402年）任翰林侍講學士，凡國家大事，常命方孝孺就坐前批答，時宮中纂修《太祖實錄》及《類要》，方孝孺任副總編。後調文學博士，奉命與董倫、高遜志等主持京考。
朱棣進入京師後，召方孝孺為其寫即位詔，方孝孺披麻帶孝至，痛罵不絕，拒草詔。然後他寫下了「燕賊篡位」四字，擲筆與地，大聲罵道:「死即死耳，詔不可草。」朱棣發怒道︰「汝不顧九族乎？」方孝孺奮然道︰「便十族奈我何！」罵聲益厲。
朱棣的軍師姚廣孝曾說︰「南方有方孝孺者，素有學行，武成之日，必不降附，請勿殺，殺之則天下讀書種子絕矣。」
朱棣沒有听姚廣孝的勸說，他氣急敗壞，恨方孝孺嘴硬，叫人將方孝孺的嘴角割開，撕至耳根。方孝孺血涕縱橫，仍噴血痛罵，朱棣厲聲道︰「汝焉能遽（j ，急促）死，當滅十族！」朱棣一面將其關至獄中，一面搜捕其家屬，解押至京，當其面一一殺戮。方孝孺強忍悲痛，始終不屈，最終被處于聚寶門（今中華門）外，終年45歲。並被滅門十族。自古以來，最嚴厲的莫過于誅九族，從來沒有誅十族的先例。
相傳明宮午朝門內丹墀（ch ）上的血跡石，即為方孝孺鮮血所濺而成。午朝門如今雖然改建成了公園，但仍保留著頹垣殘壁的面孔，那里豎立著一塊方孝孺蒙難紀念碑，石碑為後人用他頸血濺染的丹墀（ch ）石所刻。午朝門是明宮城的正門，這里是傳達皇帝聖旨，也是明初進行大典的重地，皇帝也在此對有罪大臣「廷杖」處分，至于判決死罪斬首，則一般是在太平門的刑部天牢或鬧市區執行。「推出午門斬首」的，也是唯一的一次就是方孝孺被磔（zh 即凌遲處死）。
方孝孺一案，永樂大帝朱棣可是開了先河，空前絕後。所謂十族的概念即︰父族四、母族三、妻族二。父族四即︰姑之子(姑姑的子女)、姊妹之子(外甥)、女兒之子(外、孫)、己之同族(父母、兄弟、姊妹、兒子)；母族三即︰母之父(外祖父)、母之母(外祖母)、從母子(娘舅)；妻族二是岳父、岳母。誅十族,就指明代方孝孺一案了，第十族:方孝孺的所有弟子，也有的說所有朋友門生。
方孝孺一案，就是亙古未有的「滅十族」，總計873人全部處死，入獄及充軍流放者達數千。
方孝孺是封建傳統的殉道者，他用自己和800多條無辜的生命，換來了一塊中國文人的氣節碑。方孝孺可謂是知識分子中的最有血性的人物了。在這之前，除了西漢漢武帝時期，司馬遷遭受宮刑之後，中國就很難見到如此有血性的知識分子。方孝孺卻讓我們精神為之一振。但是，有人並不贊賞方孝孺的做法，他老朱家叔佷相爭，誰勝了都是朱家的天下，誰當皇帝都是一樣，關他甚事？況且朱棣當皇帝很有可能比建文帝要強，後來的事實證明，在那個時代，朱棣做了很多世界之最的事情，為中國的歷史添上了輝煌的一筆。
據史料︰門人廖鏞、廖銘（皆開國功臣廖永忠之孫）在方孝孺被殺後，偷偷收了方孝孺的遺骸，並將其葬于聚寶門外山上（今南京中華門外雨花台東麓）。方孝孺墓，由明萬歷年間，著名戲劇家湯顯祖（代表劇作《牡丹亭》）為其修墓立碑建祠，後毀于戰火，清李鴻章任兩江總督時，又重新為其修墓立碑，民國時江蘇省省長韓國鈞又重修，後來均遭焚毀。2002年在方孝孺遇難600周年之際，方孝孺後人又捐款與雨花台管理局一道重新修整了方孝孺墓。現是南京市重點文物保護單位。
建文皇帝削藩的主要謀士黃子澄，先被砍去雙手、雙腿，然後將其殺死，齊泰亦被「族誅」。
齊泰（？—1402年），溧水洪蘭（今南京市溧水洪蘭鎮）人。原名德，字尚禮，別號南塘。洪武十七年（1384年）舉應天鄉試第一，第二年舉進士，授禮部主事，不久改任兵部主事。洪武二十八年，朱元璋在齊德陪祀郊廟時，因他為官9年而無過失賜名泰。第二年擢升為兵部左侍郎。洪武三十一年又提任為兵部尚書。是年，朱元璋病危，齊泰受命與太常寺卿黃子澄同輔皇太孫。當時朱元璋的幾個兒子均擁有重兵在各地為王，建文帝即位後，擔心諸王兵權太重，與齊泰、黃子澄計議，決定采取削藩的策略。
建文四年，燕王朱棣攻佔南京後，將齊泰的叔父齊陽彥、堂弟齊敬等7名親屬執于京師（南京）處死。同年六月五日，齊泰亦被執至京師，不久與黃子澄等同被斬首。齊泰的其他家屬亦牽連被害。
洪熙元年（1425年），明仁宗洪熙皇帝朱高熾（朱棣長子），赦建文帝諸臣罪，賜齊泰親屬7棺歸葬于縣東15里的塘莊，並發還故業，其墓後名七賢墓。據清光緒《溧水縣志》載︰「今邑東十里有尚書鋪，泰宅也。」（今東廬鄉獨山鋪）嘉靖四年（1525年），齊泰復爵崇祀，知縣王從善在洪蘭三里亭青絲洞（今白龍水庫旁）建齊泰墓，在望京街建中山書院以示紀念。
禮部尚書陳迪和兒子等6人同日就刑，朱棣在行刑前將陳迪兒子的耳鼻割下煮熟讓陳迪吃掉，並問味道如何。陳迪沒有懼色，回答道「忠臣孝子的肉鮮美無比」，坦然就刑。
所謂「瓜蔓抄」就是朱棣奪位後誅戮建文諸臣的一種殘酷的手段，妄引株連，如同瓜藤一樣伸延。景清案就是一個典型。在建文帝的遺臣中也有人表面歸順，實為找機會下手，除掉朱棣，這個人就是御史大夫景清。他親自上演了一個永樂版的「荊軻刺秦王」的傳奇故事。
景清輔佐建文帝時因重名節而受人敬仰，所以朱棣篡位後為了籠絡他，讓他官復原職，景清竟然欣然接受了。景清復命為御史大夫後，不但受命不辭，還委蛇朝右，當時有人暗地里譏笑他，說景清「言不顧行，貪生怕死」，但景清絲毫不在乎別人的議論，仍以「偽裝」出現，委曲求全，等待機會，圖謀刺殺明成祖，為故主報仇雪恥。一天，他身穿緋衣，暗藏利刃，準備行刺永樂大帝。朱棣見其神色異常，命人搜身，得到利刃。明成祖責問他要干什麼。景清見謀刺敗露，慨然喝斥︰「吾為故主報仇耳，可惜不能成事！」並且破口大罵︰「叔奪佷位，如父奸子妻。爾背叛太祖遺命，真乃奸臣賊子，人人得而誅之！」明成祖听言勃然大怒，命令左右打掉了景清的牙齒，割去了景清的舌頭。景清以血口噴龍顏、龍案、龍袍。成祖命令以「磔（zh ，意思是，斬殺後把尸體暴露示眾。）刑」處死景清，把景清肢體分裂，並將景清剝了皮，在月復中裝進茅草，懸掛在長安門示眾，並令用鐵刷子將景清的肉一層層刷下。後來朱棣過城門，吊在城牆上的景清的皮竟然自己朝他砸了下來，朱棣大驚之下命人將皮燒了，還把骨頭打碎。他還不解氣，接著又實行慘無人道的「瓜蔓抄」，下令「誅滅九族」，但「轉相攀染」，凡景姓的族人幾乎斬盡殺絕，還殺了景清的老師、親戚、朋友、學生，直殺得尸體遍野，血流成河。景清的外甥劉固、劉國隨舅舅在京，聞知舅舅遇難，明知自己在劫難逃，極度悲憤，自刎而死。這次非人的「瓜蔓抄」共株連了數百人，其狀慘不忍睹，被稱為「天下奇冤」。景清的故居也被付之一炬，村莊成了瓦礫遍地、滿目瘡痍的廢墟。真寧縣官見此慘狀，暗示景姓人隱姓埋名，流亡異地逃一條活命。經縣官這麼一提醒，據說景姓人在高處一站就姓高，在石頭上一坐便姓石，才幸存下幾戶人。
景清（？—1402年）明陝西真寧（今甘肅正寧）人，一說本姓耿。這里還有一則景清的小故事。景清自小家貧如洗，但卻聰穎好學，文思敏捷，讀書過目成誦。就讀國子監時，因家貧買不起書，經常向人借書讀。有一次，他向一位姓鞏的同學借1本書讀，但其不肯借他，景清多次懇求，他以書系「家傳秘書」為由，答應只能借讀一晚，第二天凌晨就要歸還。第二天，這位同學催他還書，他慌稱書是自己的，並非借閱。為此雙方爭論不休。後來去找先生打官司，景清搶先說此書是他家的「家傳秘書」，已經傳了幾輩人，他可熟背如流。先生讓景清當面背書，景清不慌不忙，口齒清晰，聲情並茂，「通篇背誦，只字不遺」。先生後讓那位姓鞏的同學背書，但其慌慌張張，語無倫次，張口結舌，以至于不知書的內容。見此情景，先生把書判給了景清，把那位同學嚴厲地批評了一通。那位同學既委屈又生氣，但無話可說，只得服從。誰知景清當即把書還給了那位同學。由于他能過目成誦，當時村子里人都戲稱他為「吃書娃」。景清是洪武進士，授編修，改御史。洪武三十年（1397年）命署左僉都御史。惠帝建文元年（1399年），任北平參議。同駐北平的燕王朱棣過從甚密，言談之中，因言論明晰，受到賞識。建文二年（1400年），晉升為御史大夫。
殘害武將
兵部尚書鐵鉉的抵抗是最為堅決的，也是令朱棣非常憤恨的，鐵鉉被俘後朱棣命人割下了他的耳鼻後才將其殺死，妻女充為官妓。
鐵鉉（1366—1402年），中國明朝將領。明太祖朱元賜字鼎石，傳說其為回族，明鄧州（今鄧州市）城關人。他處事明斷，辦案公允，頗有政績，深得明太祖朱元璋賞識，「鼎石」即為其所特賜。
鐵鉉性情剛決，聯盟敏捷，太學讀書時
，熟通經史，成績卓著，由國子生被選授禮部給事中，後調任都督府斷事。
洪武中，鐵鉉以太學生授禮科給事中，調任都督府斷事，由于他機智靈敏善決疑獄，朱元璋很器重他，賜字鼎石。建文初年，任山東參政，鎮守濟南。因擊敗燕王兵，升兵部尚書。由于鐵鉉堅守濟南，屢破燕兵，燕王久攻城不下，被迫繞道南進。
建文二年（1400年）六月八日，朱棣率北軍攻打濟南，3個月沒有拿下，他準備破釜沉舟，掘開黃河大堤，引黃河水淹毀濟南城。鐵鉉得知消息，決定以詐降之計，誘殺朱棣。鉉率眾詐降，派壯士暗中控制城門上的鐵閘門，又讓守城士卒大哭哀嚎「濟南城快被淹了，我們就要死了」。不久，盡撤樓櫓防具，派城中百姓長者代替守城軍做使者，到燕王大營跪伏請降說︰「您是高皇帝的親兒子，我們是高皇帝的臣民，一直想向大王您投降。敬請大王退師十里，單騎入城，我們恭迎大駕！」朱棣不知是計，聞言大喜。忙令軍士移營後退，自己高騎駿馬，只帶數騎護衛，過護城河橋，徑自入城受降。朱棣剛要進城門，眾士卒便高呼「千歲到」，預先置于門拱上的鐵閘門轟然而落旋即砸中了朱棣的馬頭，知道上當的朱棣換馬急走，幸免一死。
朱棣大怒，以重兵圍城，鐵鉉伏于城頭，大罵朱棣反賊。燕王大怒，並用數門大炮轟擊城內，城將破，鐵鉉急將朱元璋畫像懸掛城頭，又親自書寫大批朱元璋神主靈牌，分置垛口，燕軍不便開炮，濟南城得以保全。在相持之際，鐵鉉又派壯士，出奇兵，騷擾襲擊燕兵，大破燕軍。
之後，鐵鉉又與大將軍盛庸合兵，乘勝追擊，收復德州諸郡縣，兵威大振。濟南解圍之後，鐵鉉在大明湖天心水面亭設宴，犒賞將士。建文帝遺官賜金慰勞濟南守軍，又提拔鐵鉉為山東布政使，不久，又升為兵部尚書。
朱棣設計擒獲鐵鉉以後，被押送南京。鐵鉉見朱棣罵不絕口，立而不跪。朱棣令他轉身跪下，鐵鉉堅決不肯。朱棣憤怒之極，令人割下鐵鉉的耳朵、鼻子，煮熟後塞入他口中，問他滋味如何？鐵鉉厲聲說忠臣孝子的肉有什麼不好吃。鐵鉉仍不屈服，遂受磔（zh ，分裂）刑而死，年36歲。據說當時朱棣還吩咐左右，架起油鍋把鐵鉉炸了，大殿上頓時充滿了焦 氣。朱棣怒道︰活著叫你朝拜我你不肯，炸成骨頭灰你也得朝拜我！太監急忙把鐵鉉的骨架用鐵棒夾著令其轉身，沒想到油鍋里一聲爆響，熱油從鍋里飛濺出來，只燙得太監們嗷嗷亂叫，鐵鉉的骨架硬是沒有轉身。後面這段話雖然是神話，但卻表現了鐵鉉寧死不屈，死後也不屈服的偉大精神。
鐵鉉遇害後，鐵鉉的家族未被全部屠滅，其父母被發配到海南，他的35歲的妻子和兩個女兒被送到「教坊」里充當軍妓，長子充軍，次子為官奴，後被虐待而死。
直到朱棣死後，他兒子朱高熾（ch ）即位，當即下詔︰「建文諸臣家屬在教坊司（音樂機構）、錦衣衛（特務組織）、浣衣局（明代犯罪女子服役洗衣處）及習匠、功臣家為奴者，悉宥為民。」只可惜這仁政行得太晚，建文帝諸臣的妻女已經受了20年的非人凌辱，早已，死的死，老的老。
朱棣在其皇位比較鞏固時，又繼續實行削藩。並設置內閣，選資歷較淺的官僚入閣參與機務，解決了廢罷中書省後行政機構的空缺。朱棣重視監察機構的作用，設立分遣御史巡行天下的制度，鼓勵官吏互相告訐(ji )。他利用宦官出使、專征、監軍、分鎮、刺臣民隱事，設置鎮守內臣和東廠衙門（據說，朱棣時期開創的東廠特務機構比英國的007機構還早了近500年，但這也埋下了以後宦官專政的禍根），恢復洪武時廢罷的錦衣衛，廠衛合勢，發展和強化了**統治。
太監的勢力在永樂朝也得到了充分的發展，許多太監都參與到了政治中來，並成為了舉足輕重的人物。其代表人物就是鄭和，鄭和曾七下西洋，創下了中國航海史的新篇章。