崔慧景從建康出發之時，他的兒子崔覺任直將軍，崔慧景秘密地與兒子約定要發動事變。崔慧景到達廣陵（今江蘇揚州）時，崔覺根據事先的約定，跑去追隨父親。崔慧景在過了廣陵幾十里之後，召集各位軍主，對他們說︰「我承受前面三代皇帝的厚恩，擔負著明帝死前所托付的重任。但是，現在年幼的皇帝昏庸狂妄，搞得朝綱敗壞，一片混亂。國家危難而不加匡扶，責任就正在今天。所以，我要同諸君共同建立大功偉業，以便安定社稷江山，不知諸位意下如何呢？」眾人都一致響應。于是，崔慧景揮師返回廣陵，司馬崔恭祖駐守廣陵城，大開城門，接納崔慧景進城。
蕭寶卷聞知事變，于四月十二日，臨時授與右衛將軍左興盛符節，讓他督率建康水陸諸軍討伐崔慧景。崔慧景在廣陵停駐了兩天之後，就集合軍隊渡過長江，進逼建康。
當初，南齊的南徐州和兗州刺史江夏王蕭寶玄娶徐孝嗣的女兒為妃子，徐孝嗣被誅殺之後，蕭寶卷詔令蕭寶玄與徐孝嗣的女兒離婚，蕭寶玄心里對蕭寶卷非常忌恨。崔慧景派遣使者去見蕭寶玄，表示要奉立他為皇帝，蕭寶玄斬掉了前來的使者，並且發動將士們守城，蕭寶卷派遣馬軍主戚嚴、外監黃林夫協助蕭寶玄鎮守京口。崔慧景將要渡江之時，蕭寶玄秘密與他聯絡，與他響應合作。蕭寶玄殺了司馬孔矜、典簽呂承緒以及戚平、黃林夫，打開城門迎接崔慧景，並且使長史沈佚之、咨議柳調配布置軍隊。蕭寶玄乘坐8人抬大轎，手執絳紅色指揮旗，隨著崔慧景向建康進發。
朝廷派遣驍騎將軍張佛護、直將軍徐元稱等6個將帥依據竹里（今南京龍譚鎮東），築建了好幾個城堡以抵抗崔慧景。蕭寶玄派人送信給張佛護說︰「我自己回朝廷，你為何要如此費力地阻攔呢？」張佛護回答說︰「小人承蒙國家重恩，派我在這時略加設防，殿下回朝，只管徑直通過，我豈敢加以阻截呢？」說著，張佛護就用箭射崔慧景的軍隊，于是雙方混戰開始。崔覺、崔恭祖率領前鋒部隊，士兵們都是江北人，十分英勇善戰，又都輕裝上陣，不帶軍糧煮飯吃，而用幾只船沿著長江載送酒食為軍糧，供士兵們食用。他們一看見朝廷軍隊所住的城堡升起煙火，就立即拼力攻擊，使得朝廷士兵連頓飯也吃不成，因此都餓得饑腸轆轆，無力作戰。徐元稱等人在一起商議要投降，張佛護不允許。崔恭祖等人猛力攻城，一舉成功，斬了張佛護，徐元稱投降，其余4個軍主都戰死。
十五日，蕭寶卷派中領軍王瑩率領各軍于湖頭（今南京玄武湖東）構築城堡，連同蔣山（今南京紫金山）西麓的駐軍共數萬人抵御崔慧景軍。崔慧景軍抵達查硎（即查浦，今南京清涼山南），竹塘人萬副兒獻計說︰「今平路皆為台軍（朝廷軍）所斷，不可議進。唯宜從蔣山龍尾上，出其不意耳」（《南齊書-崔慧景列傳》）。崔慧景納其言，遂派1000余士卒沿蔣山小徑而上，從西麓乘夜進攻。朝廷軍驚恐，四散逃遁。蕭寶卷又遣左興盛率3萬人拒崔慧景于北籬門（《太平御覽》卷一百九十七「藩籬」引《南朝宮苑記》曰︰「建康籬門舊南北兩岸籬門五十六所，蓋京邑之郊門也。如長安東都門亦周之郊門。江左初立，並用籬為之，故曰籬門。南籬門在國門西；三橋籬門在今光宅寺側；東籬門本名肇建籬門，在古肇建市之東，北籬門今覆舟東頭玄武湖東南角今見有亭名籬門亭，西籬門在石頭城東，護軍府花西籬門外路北；白楊籬門外有石井籬門。」），左興盛卻望風而逃。
二十四日，崔慧景進入樂游苑（今南京玄武湖南、覆舟山一帶），崔恭祖率領輕騎兵10多人突進北掖門，然後又退了出來。由于宮門都關閉，崔慧景帶領部下圍住宮城。這時，東府（今青溪橋東南）、石頭（今南京西）、白下（今南京金川門外）、新亭（今南京西南）幾城人馬潰散。左興盛退逃，進不了宮城，只好逃進秦淮河邊蘆葦叢中的船里藏匿起來，被崔慧景擒獲斬殺。宮中派遣兵力出城沖殺，但是沒有獲勝。崔慧景火燒了御史台府署，闢為戰場。朝廷守御尉蕭暢駐守南掖門，指揮布置城內兵力，根據戰情，調兵遣將，應對抵抗，這樣人心才稍微安定了一些。崔慧景以宣德太後名義發令，廢皇帝蕭寶卷為吳王。
陳顯達反叛之後，蕭寶卷再次召集諸王進宮。巴陵王蕭昭冑有鑒于永泰元年（498年）王敬則反，明帝召諸王入宮而欲行殺戮之事，與弟弟永新侯蕭昭穎裝扮成和尚，逃往江西。蕭昭冑是蕭子良的兒子。到崔慧景起兵之時，蕭昭冑兄弟二人出來前去參加。崔慧景內心更傾向于立蕭昭冑為帝，但是仍然猶豫不決，不知到底立誰為好。
其時，豫州刺史蕭懿率兵屯駐小峴（今安徽含山北），蕭寶卷派遣密使去告訴他前來保駕。蕭懿正在吃飯，他扔下筷子站起來，立即率領軍主胡松、李居士等幾千人馬，從采石（今安徽當涂西）渡過長江，駐扎在越城（今南京中華門外），燃起大火，台城中見到火光，知道援兵到了，高興得打鼓歡叫，拍手稱慶。在這之前，崔恭祖勸說崔慧景派遣兩千人馬阻抵西岸之兵，讓他們不能渡江。然而，崔慧景卻以為宮城早晚要投降，外來的救援之兵自然會散去，所以不予采納。在這時，崔恭祖請求攻擊蕭懿的軍隊，而崔慧景還是不同意，只派遣崔覺（崔慧景子）率領精銳兵力幾千人渡過秦淮河，到達南岸。蕭懿的軍隊在天快亮時發起進攻，交戰了幾個回合，士兵們都英勇死戰，崔覺一敗涂地，部下跳進秦淮河里淹死的有兩千多人。崔覺單人匹馬逃退，打開朱雀橋上的浮橋，以秦淮河阻擋蕭懿軍隊。
四月初四，崔慧景帶領心月復數人偷偷離去，想北渡長江，城北的各路軍馬尚不知道，還在拒戰。城中兵力出來沖殺，殺死了數百人。蕭懿的軍隊渡過秦淮河到達北岸，崔慧景余下的人馬都逃走了。崔慧景圍攻宮城12天，最後被朝廷軍擊敗而逃。他單人匹馬逃至蟹浦（今南京西南），被漁夫殺死，終年63歲。並將他的首級被放在盛魚的籃子中，擔送到建康，獻給朝廷。崔恭祖投降之後，被拘囚在尚方省，不久即被殺。崔覺逃亡當了道人，被捕獲，伏法被誅。
江夏王蕭寶玄初到建康時，駐扎在東府城（今青溪橋東南。當年蕭道成晉封為齊王時，以東府城為齊王宮。由于地勢重要，每逢建康有事，必置兵鎮守），士人和民眾們紛紛前去投靠，聚集在東府城中。崔慧景失敗之後，朝廷收集了朝野上下投靠蕭寶玄以及崔慧景的人名，列為名冊，準備一一追查，蕭寶卷命令將它燒掉，說︰「江夏王尚且還這樣，豈可以治罪他人呢？」蕭寶玄逃亡了好幾天，然後才露面。蕭寶卷把他召入後堂用布帳把他圍起來，命令左右好幾十人擂鼓吹號，環繞著他跑動，並且派人對他說︰「你近來圍攻我也如同這個樣子。」後來蕭寶玄還是被蕭寶卷殺了。
這時，蕭寶卷所寵幸的左右侍從共有31人，宦官10人。直、驍騎將軍徐世向來為蕭寶卷所信任，凡有殺戮之事，都由他去執行。到陳顯達舉事之時，蕭寶卷又加任他為輔國將軍，雖然任用護軍崔慧景為都督，然而朝廷兵權實際上掌握在徐世手中。徐世也知道蕭寶卷昏庸狂縱，所以暗中對茹法珍、梅蟲兒二人說︰「哪一朝代的天子身邊沒有要人？但是我這是出售主上的惡行呀。」茹法珍等人與徐世爭奪權力，因此就將徐世的話報告給蕭寶卷。于是，蕭寶卷就逐漸厭惡徐世的凶猛強悍，派遣宮中衛兵去殺他，徐世與衛兵們搏戰，但最終被殺。從此之後，茹法珍、梅蟲兒專權，一並擔任外監，口頭宣布皇帝的詔令，而王之則專掌文書，與茹法珍、梅蟲兒二人緊密勾結。