明軍迅速在重新連接好的鐵索上將木板鋪好，一座鐵索橋便修復了，姚大榜立刻下令胡媚娘和朱小昌領軍過橋，去解救雷神。
此時雷神已經渾身浴血，身上多處受傷，但是身材魁梧的雷神，只要不被傷在要害處，雷神根本不在乎。凡是雷神所經之處，滿地皆是死尸，一口闊背鬼頭刀被使得是如狂風暴雨，所向披靡，直殺得清軍難以近身，只有幾次偷襲才能得手。
其實一個人再有力量，也有盡時，雷神也快要力竭，清軍圍了一層又一層，身邊的同伴越來越少，火槍手早就死干淨了，他們來不及再次裝彈，只能與清軍肉搏，最先被清軍圍剿。
就在這時，鐵索橋終于修好，當最後一塊木板被放在鐵索上，胡媚娘手持雙刀第一個沖過橋頭，直奔清軍，殺入清軍人群後，手中的雙刀上下翻飛，清軍難以抵擋其鋒芒，急忙後退回避。緊接著大隊明軍也經過鐵索橋，沖到西岸，殺向清軍，很快雙方攪在一起，而且過橋的明軍越來越多，橋頭所佔的地方也越來越大。
「快跑，明軍殺過來啦——」清軍大喊，陣線開始動搖。
「撤退！」有清軍將官下令，而後清軍轉身向重慶城方向跑去。
看到清軍要逃跑，胡媚娘領軍緊追不放，五千多明軍已經過橋，跟在胡媚娘身後開始追擊清軍，凡是落後的清兵，不是被蜂擁而至的明軍殺死，就是被踩死。
重慶城地勢較高，東城門建在一個山坡之上，有石階通往城門，石階的兩旁本來都是民宅，但是現在已經被拆除，只剩下一些殘垣斷壁。
逃跑的清軍大約還有三千余人，等他們跑到城門之下，卻發現城門緊閉，于是呼喊著打開城門，但是根本沒有人答應他們。
「轟——」城牆上的清軍開炮了，只是一些小土炮，數量較多，射程不遠，很多都掉落在清軍人群中，即使擊中了隨後追來的明軍，所造成的殺傷也很有限。
胡媚娘緊追不放，只要城門打開，清軍退入城，她就有機會領著明軍隨後沖進去，趁機奪城。
當明軍也追到城下，城外的清軍依然沒有進城，有些清軍開始繞城而逃，但大部分仍在城下呼喊，還不斷地拍打著城門，哀求將城門打開，放他們進去。
「開門啊，開門啊，放我們進去——」
「城上的開門，我是程冠希，快把門打開！」一個叫程冠希的大喊大叫，好像是領軍的將官。
這時候，城頭上露出一個腦袋，低頭向下看了看，說道︰「知府大人有令，任何人不得開門！」
程冠希指著自己喊道︰「看清楚了，我是程冠希！」
「別說你是程冠希，就是天王老子也不能開門，萬一把明軍放進來，小的可吃罪不起，程大爺，你還是自己想辦法？」城頭上的如此說道。
「娘的，等老子進城，把你的狗頭擰下來！」說著，程冠希轉身對其他清軍官兵說道︰「東門咱們是進不去了，走，去南門！」
說著，程冠希就要離開，這時，頭頂上的那位剛要把腦袋縮回去，卻又伸出來，對程冠希喊道︰「程大爺啊，別費工夫了，知府大人有令，重慶城六個城門全部緊閉，不得任何人入城！」
城下的清軍一听亂了，紛紛叫罵，程冠希指著城門罵道︰「邵大庸，龜兒子，你就是綠毛龜，你想讓老子死，老子偏不讓你如願！」
此時，明軍也逼到階梯附近，正準備殺上來，全殲清軍。程冠希轉頭對圍在自己身邊的清軍喊道︰「兄弟們，你們想死嗎？」
周圍的清軍紛紛喊道︰「憑啥子不讓咱們進城，咱們才不想死！」
「邵大庸下令不許打開城門，就是想讓咱們白白的送死，那咱們投降了，中不中？」程冠希呼喊道。
「听程大人的，咱們不能白白送死，不值！咱們投降！」城外的清軍紛紛響應。
就在這時，城牆上忽然傳來「咻咻」聲響，接著無數羽箭如雨點般從城牆上射下來，大塊的石頭也被扔了下來，城牆下的清軍頓時亂成一片，哭爹喊娘之聲，慘叫聲，不絕于耳。
「邵大庸，你不得好死，對自己人下手！」程冠希破口大罵。
「啊——」程冠希慘叫一聲，一支羽箭正中程冠希的胸口，「娘，的」程冠希最後吐出兩個字，然後仰面栽倒，很快就閉上了眼楮。
胡媚娘領軍登上了一半的階梯，但是前邊的去路已被清軍堵死，不過城外的清軍已經不再抵抗，而是紛紛轉頭向坡下跑去。
「停止前進，撤回去！」胡媚娘見到城門已經關閉，城牆上的清軍不辨敵我地放箭，逐漸地明軍也出現了傷亡，原來趁機進城的企圖已然不存在了，所以胡媚娘急令全軍撤退。
明軍後退時，城外的清軍也扔掉了手中的兵器，跟著明軍一起撤走，跑到安全的地方，清軍直接請求投降，胡媚娘派人將他們接管，全部送往嘉陵江東岸明軍大營。
姚大榜等人也來到西岸，由重慶東門向南走了一段，看到重慶城依山而建，幾乎大半個城池都建在山上，只有東南一角地勢比較低，位于嘉陵江和長江的匯合處，不過那里的城牆更加高大，清軍防守非常嚴密。
巡視了一段，姚大榜來到了下游的那座橋的橋頭，這座橋是由木頭建成，已經被拆毀，但是清軍並沒有把拆卸下來的木頭毀掉，而是全都擺在西岸的橋頭。
于是姚大榜下令，重新修建這座木橋，一旦修好，這座木橋和上游的鐵索橋將成為連接嘉陵江東、西岸的兩座交通要道。此地距離重慶城只有三里，明軍大營不能建在此處，只能保留東岸的大營，但是此處可以在兩座橋的橋頭各設兩座軍營，一左一右，派重兵駐扎，以守護這兩座橋梁，作為明軍進攻重慶城的「橋頭堡」。
此外姚大榜還發現一個緊要之事，就是重慶城地勢高聳，用大炮可能難以奏效，紅夷大炮只能平射，炮彈也是直射出去後，到了一定距離垂直落下，難以擊中高角度的物體，比如重慶城的城牆。不用大炮，用雲梯強攻登城，結果只能是死傷慘重。
想了這些，面對這座堅城，姚大榜覺得沒什麼好辦法，看來只能將重慶城先圍起來，斷絕其與外界的聯系，再慢慢想辦法攻城。
當天夜里，姚大榜召開會議，王夫之、雷神等人皆到中軍大帳議事，結果還是沒有什麼好辦法。
最後姚大榜下令，雷神率領本團，外加一個團，共一萬五千人馬，趕往西門駐守。胡媚娘率領本團，外加一個團，共一萬兵力，于南門駐守。重慶的北門外是山地，地形險峻，只有山道通往大山之中，那里不能安營扎寨，只能派兵巡守，就交給了朱小昌。
至于主力兩萬五千人馬，分出兩個團分別駐防兩座橋的西橋頭，剩下的全部留守于嘉陵江東岸的明軍大本營。
經過姚大榜的布置，明軍將重慶城圍了起來，斷絕了重慶與四川內地的聯系。接下來十天之內，明軍一直忙于修築大營，並沒有主動向重慶城發起進攻，而清軍也沒有出城向明軍發起挑戰，兩軍一個城內、一個城外，開始僵持。
當姚大榜領軍進入四川，永歷還沒有離開武昌府，他在等一個人，就是被譽為「湘西才子」的覃遠山。
覃遠山請假回湘西探望父親，已經離去將近兩個月，按照他請的假期，也應該回來了。永歷之所以在武昌等他，就是想要將他帶回南京，留在自己的身邊，此人經過永歷派人查訪，發現他確實有可能就是大學士瞿式耜的幼子，只是他父親譚貓子和他本人不承認罷了。
瞿式耜乃是永歷朝的忠臣，當年在肇慶擁立永歷為大明皇帝，他當居首功，後來清軍攻入肇慶城，瞿式耜被清軍殺害殉國。
現在永歷找到了瞿式耜留下的唯一血脈，豈能坐視不理，而且覃遠山此人聰明絕頂，也算是一個不可多得的人才，永歷想要將其招攬到身邊，加以培養，也許將來就是一個棟梁之才。
就在永歷停留在武昌期間，郎廷佐也到達武昌，開始上任，他是永歷特意調來，擔任暫代湖廣總督的。其實永歷並不想要「總督」這個職位繼續在大明朝廷內存在下去，因為總督的權力太大，大到可以威脅朝廷的權威，還不如將其權力下放給各個省的布政使或者巡撫，將來朝廷也好控制各個地方。
不過郎廷佐這個內閣大學士被調來，永歷是很深用意的，兩湖的地理非常重要，尤其是湖北，乃是聯系華夏中西南北的重要樞紐。永歷打算將武昌、漢陽、漢口三鎮聯合起來，合稱︰「武漢」，然後將其建成長江中游的大都市，集商工農為一體，發展經貿和農桑，以此來影響周邊的各個地方，帶動長江中游的民生進步。
黃宗羲、方以智沒有主政地方的經驗，只有郎廷佐做過滿清的兩江總督，很有主政經驗，而且在將近一年的相交中，郎廷佐已經深得永歷信任，故此才被調來主政兩湖。但是永歷並不想讓郎廷佐在湖北呆的太久，南京的國事更多，只是讓郎廷佐在武昌呆上一段時間，待兩湖穩定了，自己的計劃開始實行，然後就把他再調回南京去。
還有一點，這是永歷不能對外人說的，那就是湖北和湖南各地的地方官皆是姚大榜任命的，很多都是原來的清廷官員，他們的忠心很值得懷疑，所以永歷並不放心，讓郎廷佐來湖北，也是有想要整飭兩湖的官場，選用賢能和忠良，以此才能真正的控制兩湖。
郎廷佐來到武昌，沒有讓永歷失望，在覲見永歷後，得到旨意，馬上就開始著手準備。首先他定下章程，就是將兩湖各地的官員名單梳理一遍，然後派人喬裝分赴各地查訪其官聲，按照「德能勤績」對各級官員進行分類。
兩湖各地的官員，有很多是原清廷的官員，投向了大明後，搖身一變，成了大明的地方官，為了維護地方的穩定，還有大明朝廷一時也派不出太多的官員，所以對他們只能進行一番考察，量德才試用，只有德才兼備的官員才能留任。
按照章程︰凡是品德惡劣，有貪贓枉法之事的官員，一律撤職查辦；對那些濫竽充數，渾渾噩噩的地方官，撤職不再續用；有些奸懶饞滑的官員，也不姑息，但也不是不給機會，先進行告誡，以觀後效；最後是對那些在任上兢兢業業，治內民生安康，深得百姓愛戴的官員，則大力提拔，升官嘉勉。
還有就是就是對姚大榜任命的那些官員進行重點考察，此時需要暗地里進行，否則會節外生枝，引起姚大榜的不滿。故此永歷下旨給張迪，讓他派出錦衣衛探子，安插在那些被懷疑的官員周圍，偷偷進行模查，將其與姚大榜的暗中勾搭了解清楚。
姚大榜是大明的將軍，他的職責是領軍打仗，要是干預地方，與地方官相勾結，那可是犯了大忌的事情。如果探子發現有官員與姚大榜暗中有來往，比如書信，或者互派使者，那麼將全部記錄在案，而後也不打草驚蛇，暗中將其監視起來，等待過些日子，再尋個理由將其撤換。
有郎廷佐坐鎮武漢三鎮，永歷很放心，此時第四軍團一直在漢口和漢陽休整，劉體純經常過江來覲見永歷，請求讓他出兵打仗。
第四軍團經過九江之戰和漢陽之戰，戰損比較大，主力只剩下兩萬余人。短期內，永歷是不打算讓其出戰，而是就地休整，同時在兩湖征兵五萬，補充給第四軍團，等經過訓練後，再北上河南，駐防黃河，以防清軍南下。
永歷來到湖北兩個月，現在終于到了回南京的時候，南京方面已經數次派使者前來催促，而且宮中也派人來，說是田貴妃又懷有龍胎了，這讓永歷心生「回家」的念頭，心想︰老大、老二都是男孩，這次要是一個公主就好了！
于是一切安排妥當之後，永歷下令擺駕回京，劉體純、郎廷佐、金鳳陽等武漢文武大臣全部出城送別，一番禮儀之後，永歷在洪曜、苗顯和三千御林軍的護衛下，踏上了回南京的道路。
這次永歷還不打算坐船，而是繼續走陸路，雖然耽誤些時間，卻可以體察沿途民情，為施政做些準備，總比將來坐在金鑾殿內道听途說的強！
沿著長江南岸的官道一路東行，經過鄂州、黃石、九江、湖口，當來到安慶府已經是十天之後。
安慶在長江北岸，要到安慶，還需要渡江，永歷不想再耽誤時間，便下令就在南岸的大渡口鎮外駐營休息。不過安慶知府還是得知了永歷駕臨安慶的消息，急忙渡江過來拜見，惶恐的不得了，永歷安慰一番後，就讓安慶知府回去了，不願意多叨擾地方。
安慶知府卻去而復返，報告永歷在長江里，有漁民發現了成群的白鰭豚，足有上百只，都聚集在江中嬉戲，情景非常驚人。
白鰭豚在長江常見，但是數量如此之多聚集到一起，卻非常罕見，這可是一大奇景，而且安慶知府很會拍馬屁，將其說成是「天降祥瑞」，「以示吾皇之英明神武」。
于是永歷也動心了，便讓洪曜和苗顯陪著自己趕去江邊觀看這一奇景，為了不擾民，只讓五百御林軍隨行護衛。
到了江岸邊，望向江中，就在距離岸邊一里的江心，確實有浪花翻起，有白色的江豚上下翻越，陽光之中，白色的江豚被映射的耀耀生輝，因為數量眾多，將那片江面都映成了銀色。
永歷心想︰現在長江還沒有被污染，漁民也將白鰭豚視為聖物，不忍心捕殺，故此能有如此多的白鰭豚，其實也沒有什麼好奇怪的。
此時在江邊已經聚集了很多百姓，也圍在江岸邊觀看，安慶知府擔心百姓們驚擾了聖駕，便派出衙役去驅趕百姓。那些衙役對待百姓從來都不客氣，輪著大棒子就是一頓猛砸，要把百姓們都趕走。
混亂中有一個小女孩與家人失散了，坐在地上哇哇大哭，正好被永歷看見了，急忙走過去，伸手將小女孩抱了起來，然後轉身對安慶知府就是一頓狠批，並下旨禁止衙役毆打百姓，否則就將地方官員撤職查辦。
這時，小女孩的家人尋來了，哭喊著想要回孩子，永歷讓御林軍放孩子的父母進來。這對父母戰戰兢兢地來到永歷身前十步的地方，被御林軍阻止，他倆趕緊跪下，不住地磕頭，表示感謝。
永歷順口問懷抱的小女孩，那是不是她的父母，可是這個小女孩並沒有答話，眼中全都是驚恐之色，突然「哇」的一聲大哭起來。
就在這時，永歷身後的洪曜大吼一聲︰「有殺氣，快保護皇上！」
跪在地上的一男一女突然躍起，踢開永歷身前的兩個侍衛，從懷中掏出匕首，就向永歷刺來。