最初揚州被清軍圍困的時候，也是揚州城中明軍最艱難的時候，當時穆里瑪統帥七萬清軍，其中兩萬八旗騎兵，五萬為綠營兵，而守城明軍卻只有兩萬人。雖然艱難，但是明軍在馬雲的指揮下，接連擊退清軍十四次攻城，揚州城下堆滿了清軍的尸體，一時間惡臭燻天。
這也是後來明軍主動放棄外城的原因之一，後來靳統武、黑山率軍趕到揚州，率領明軍在城外和城下與清軍打了大小十七仗，跟隨穆里瑪來揚州的五萬綠營幾乎全軍覆沒，直到三萬蒙古騎兵趕到，清廷又從山東調來兩萬綠營，才又形成對揚州的形成合圍之勢。
不過清軍只有七萬余人，想要將偌大的揚州城圍成水泄不通，太勉為其難了些，何況城內明軍也有五萬余人馬，只是沒有騎兵，不善野戰，所以才沒有出城與清軍決戰。
永歷率領五千明軍進入揚州城，雖然在兵力上並未改變劣勢，但是卻帶來了大批的糧草和彈藥，所以此時城內的糧草彈藥充足，又因大明皇帝「御駕親征」，明軍士氣高漲，經過兩天的休戰之後，各營團主官紛紛請戰。
沒等永歷商量與眾臣商量如何出戰，清軍卻又一次主動來攻城了，一共是出動了三萬人馬，一萬綠營為攻城主力，兩萬滿蒙騎兵在後壓陣。
永歷接到馬雲的稟報後，急匆匆地趕往北門，此時李定國、靳統武、黑山、方孝玉、喬貴樂、馬雲等文臣武將已經齊聚在北門的城樓。
「轟，轟——」城外的清軍一直發炮，不過永歷听後，發覺炮彈的炸點好像距離城牆很遠，而且城牆上的明軍大炮也沒有開炮還擊，明軍更沒有調動布防，而是伸著脖子正向外張望，好像在看戲一般。
永歷有些奇怪，便走近城垛，小心地透過城垛的瞭望口，向外看去，看到大約一萬清軍站在外城的廢墟之上，正在「拼命」的搖旗吶喊，更遠處的一座土山之上，清軍的大炮每隔一段時間，便進行一輪炮擊，不過炮彈的落點基本都在內城的五百步之外。
「清軍這是在干什麼？」永歷不解地問道。
靳統武嗤笑道︰「啊哈，綠營兵被打怕了，不敢攻城，所以在那邊裝腔作勢呢！」
「哦，原來如此，那麼這仗不用打了嗎？」永歷又問道。
「這可未必，陛下，你看在外城之外還有兩萬滿蒙騎兵，他們是來督戰的，凡是有綠營兵怯懦不前的畏戰者，皆殺之，由後面的滿蒙騎兵處決，然後逼迫綠營繼續進攻。」靳統武答道。
現在永歷終于知道綠營兵幾乎全軍覆沒的原因了，原來是每次攻城，綠營兵都要主攻，而滿蒙騎兵則在後邊壓陣，綠營兵是進也死，退也死。
就在永歷思考的時候，外城之外的滿蒙騎兵終于動了，緩緩地向前壓來，而外城上的綠營兵，先是一陣騷動，幾個將官模樣的人當眾砍了兩個人的腦袋，全軍這才翻過外城，慢慢的，如同蝸牛一般，向內城走來。
其實外城距離內城很近，只有不到兩里來地，明軍的大炮完全能夠打到他們，但是明軍卻「心照不宣」似的一直沒有開炮，等到綠營兵緩緩而來的時候，才在馬雲的命令下，點燃了導火線，大小炮一起轟向清軍。
這時候，方孝玉說道︰「啟奏陛下，清軍攻城二十余次，最近幾次，綠營明顯士氣低落，攻城的時候往往打幾下就跑，大家都是漢人，他們也是逼不得已，所以我們並沒有趕盡殺絕，而且還通過張迪的幫助，暗中聯絡了幾個綠營副將，準備在適當的時候，綠營兵起義反正！」
「啊，這真是太好了，朕來揚州這幾天，都忘記去探望張迪了，他的身體可是復原了？」永歷急忙問道。
方孝玉答道︰「回稟陛下，張指揮使傷勢已無大礙，但是還需要調養一段時日，方可康復。」
永歷听後，點點頭，心道︰張迪也算是自己的得力干將了，不說別的，就是他與付君義聯手，將南下的清軍拖延了半個多月，為明軍爭取了時間北渡，這就是大功一件，看來等以後揚州之戰結束，論功行賞的時候，他這個「錦衣衛指揮使同知」得轉為正了，以後將錦衣衛交給他掌管，應該沒有問題。
「轟，轟——」明軍的大炮開始轟擊清軍，永歷轉頭觀瞧，看到十余顆炮彈全部落到清軍的人群之中，每顆炮彈都炸翻了十余個清兵，立刻使清軍的陣型大亂。遭此打擊之後，有的清兵扭頭就跑，卻被身後的軍官砍了腦袋。
清軍慢慢的還是接近了，城牆上的永歷甚至都能看到清兵們臉上惶恐的表情，這些清兵都是綠營兵，雖然罩衫上有一個碩大的「勇」字，但是此時他們全無了勇氣，只能在軍官的驅趕下，一路小跑向城牆接近。
數十個雲梯快速接近城牆，這時馬雲大喊道︰「弓箭手準備——射！」緊接著，上千支羽箭飛射出去。等從天而降的時候，清兵急忙舉起盾牌，將自己的腦袋護住。不過有的羽箭仍然透過縫隙，將盾牌下的清兵射個透心涼，甚至有的被釘死在地上。
「殺啊——」在猝然打擊之下，綠營兵們竟然士氣大漲，腳下的步伐開始加快，拼命地向城牆狂奔而來。
「火槍手準備——射！」馬雲又是一聲令下，兩百名火槍手由城垛之間的空隙瞄準，扣動扳機，「乒乓」之聲如爆豆一般不絕于耳。
再看城下，綠營兵並不像八旗兵一樣有鐵鎖鏈子甲可穿，上身只有一件青衫罩衣，把總一級的軍官也不過身穿一件皮甲，到了參將副將等才有鏈子甲可穿。此時綠營兵面對如雨點般的羽箭和穿透力極強的鉛彈，避無可避，只好用一面極薄的木板盾牌來保護自己的血肉之軀，結果可想而知。尤其是鉛彈大多可以穿透盾牌，射中盾牌後面的清兵。
成片的清軍在「槍林箭雨」之中倒下了，有的清兵受傷未死的慘叫哀嚎聲，卻並沒有使自己的同伴憐憫他，更沒有人去拉他一把，直到有人會從他的身上踐踏過去，將他踩死。
綠營兵們在遭受了三輪排槍和兩輪弓箭之後，死傷慘重，終于經受不住，轉身向後跑去。盡管軍官們竭力制止潰逃，但是在明軍的「神槍手」擊斃了幾個軍官之後，就連軍官們也開始加入了潰逃的隊伍之中。
這時候，清軍的滿蒙騎兵動了，向前推進到外城廢墟的邊緣，當綠營兵跑到外城的時候，他們突然開弓放箭，將從外城缺口涌出的綠營兵射死在城牆邊上。
一個頭戴五品頂戴的綠營參將，跑到滿蒙騎兵的面前，跪倒在地，祈求不要再射箭了，可是沒有任何人理他，當他起身跑回去，想要護住從城牆里跑出來的綠營兵的時候，數支羽箭飛來，正中他的後心。
綠營兵們被激怒了，舉起盾牌，迎著如簧般地羽箭就向滿蒙騎兵沖去，盡管只有三四千人，在路上又被射死上千人，但仍然有兩千綠營兵沖到滿蒙騎兵陣前，掄起手中的大刀就向自己的「主子」砍去。
這一切，被永歷用「千里鏡」看的清清楚楚，他知道綠營兵在被逼無奈之下造反了，但他們不過一兩千人，怎麼能是兩萬滿蒙騎兵的對手，當他們沖入騎兵的陣營之中，就仿佛被融進水里，不長時間就消失不見了。
此時在外城牆那邊還有三四千綠營兵正在張望，永歷忽然有了一個主意，就是想派人出去，勸降這些綠營兵，將他們收入城中，目的就是打擊清軍的士氣，動搖綠營的軍心，挑撥他們與滿蒙八旗之間的關系。
可是沒等永歷說出自己的計劃，就看到一頂小轎從土山繞過來，停在騎兵陣營後面，然後從轎中下來一個文官，一路小跑通過滿蒙騎兵陣營，跑到中間的位置。先是先鞠一躬，然後對著一個身穿明黃甲的人好像在說著什麼。
因為距離太遠，永歷看不清楚兩人的長相，但是也能猜到這二人，馬上的那個應該是穆里瑪，而那個文官就是範承謨。
過了一會兒，範承謨向穆里瑪又躬身施禮，然後轉身走了。接著穆里瑪又向旁邊的一個騎士說了什麼，那個騎士听後，催馬向城牆走去，對躲藏在城牆廢墟中的綠營兵喊了幾句。
幾個當官的先走出城牆，然後才是綠營兵，在外城牆的前空地上，由軍官指揮，三千多綠營兵重新排好隊伍，沿著滿蒙騎兵陣線的邊緣，向左側的清軍大營走去。
在行進過程中，滿蒙騎兵對綠營兵指指點點，有的放聲大笑，甚至有的蒙古騎兵騎馬走到綠營的隊伍邊，抽出戰刀，挨個敲打從他面前經過的綠營兵的腦袋，直到有人開始反抗，才悻悻回到自己的隊列之中。
看到這些景象，永歷轉過身，來到眾臣之間，見到眾人都有喜色，便說道︰「諸位，這次清軍又是落敗而回，有什麼看法嗎？」
「哈哈，清軍屢戰屢敗，如今又鬧起了內訌，估計他們也沒什麼招數了！」靳統武笑道。
「陛下，晉王，靳侯，我們是不是應該出城進攻清軍，這些日子，我老黑都快憋出鳥來了！」黑山一副躍躍欲試的樣子。
「對，陛下，我們如今士氣正盛，而清軍士氣低落，不如趁機派出一支軍隊主動出擊，如能擊敗來迎戰的清軍，我們便大舉掩殺過去，將清軍趕走！」李定國接話道。
永歷一听，心道︰就連李定國都認為可以出城還擊了，那麼明軍出城進攻真的能贏嗎？
就在永歷狐疑不決的時候，旁邊的方孝玉說道︰「啟奏陛下，臣以為現在出城進攻還為時過早」說著，他轉頭向李定國說道︰「王爺，您請看，滿蒙騎兵的陣型嚴密，兵力更是多達兩萬余人，如果我們出城與清軍決戰，滿蒙騎兵可以以泰山壓頂之勢沖擊過來，我們幾乎都是步卒，又缺乏對付騎兵的兵器，大炮和火槍太少，不足以對付對方的清兵。」
李定國听後，頻頻點頭，說道︰「嗯，方將軍所言不錯，是老夫心急了，看來我們只能依靠堅城與清軍周旋了。」
馬雲說道︰「困守孤城終歸不是一個辦法，如今城內兵精糧足，如果不趁勢攻打清軍，等清軍的中原援兵一到，其兵力可能又要翻倍，到時我們該如何應對？」
「那你有什麼辦法嗎？」永歷問道。
馬雲想了想，躬身說道︰「陛下，臣認為我們可以在夜間偷偷出城，由揚州城東五里外的小河上船，然後繞到清軍大營的背後，殺入他的大營，趁機放火，燒掉清軍的糧草，一擊就走。」
李定國先說道︰「嗯，馬將軍的辦法好，皇上，您看咱們是不是可以依計行事？」
永歷想了想，說道︰「可以，那麼晉王以為用誰來做這主將呢？」
「陛下，合適的人選有很多，比如靳侯、黑伯爺、方江軍，不過臣認為最適合的人，還非馬將軍莫屬！」李定國答道。
「好」永歷點頭道，然後轉向馬雲，問道︰「馬愛卿，此次夜襲清營就交給你了，一切小心行事，朕在城里等你凱旋歸來！」
馬雲俯身半跪，語氣堅定地說道︰「請陛下放心，臣必定不負聖命！」
永歷伸手將馬雲扶起，說道︰「今天是臘月二十四，晚上必定月黑風高，正好是放火劫營的好日子，事不遲疑，馬愛卿，你先去調集兩千人馬，將朕的‘擲彈營’也帶上，與雷老虎配合，傍晚就出發，三更天突襲，最遲四更天必須回來，明白了嗎？」
馬雲點頭表示明白，然後轉身離去。
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