人類科技飛速發展，早在二十三世紀，便已經進入太空時代，然而，太空中惡劣的環境以及層出不窮的強大生物，卻令人類束手束腳。
二十六世紀，生物智腦問世，聯邦啟動智腦戰士的秘密實驗，然而，一連數百年，均以失敗告終。
二十九世紀，隨著基因智腦的出現，智腦戰士終于成為可能。
基因智腦，以基因為存儲原件，以光子為運算單位，擁有超高速計算能力，最大的特點，是能夠不斷分裂增長，植入智腦戰士體內之後，可以將其基因逐步改變，在這個過程中，智腦戰士的實力會不斷提高，直到全身基因被改造完畢，智腦戰士才算進化成成熟體，此時的他們，擁有極強的力量。
智腦戰士最厲害之處，還是他們強悍的適應能力，這讓人類星球移民的計劃得以實行。
智腦戰士最大的缺點，則是基因智腦與人類戰士的融合成功率不高，這導致他無法普及到整個人類，只有少數杰出的戰士才能融合成功。
2999年，跨入新千年前的最後一年，聯邦第一批智腦戰士培養成功。
寂靜的太空中，星光永恆，但夜色，卻籠罩整個宇宙。
一艘飛船，以三分之二的光速，穿梭于夜幕下的宇宙中。
α－神農星號探索飛船，聯邦政府直屬飛船，探索未知星球專用飛船，長三十米，可容納四名探險員，不過，此時α－神農星號上，僅有一名乘客。
莫休，成熟體智腦戰士，是聯邦戰士中，第一個達到成熟體，也是目前實力最強的智腦戰士，曾多次執行絕密任務。
三個月前，因為一項秘密實驗的失敗，α星系神農星自轉方向發生三十度偏轉，導致此星球上所有三千名研究人員喪生。
此次，莫休的任務，就是進入α－神農星，探查失敗的原因，更重要的是查看α－神農星的狀態，以決定是否放棄α－神農星。
此時，飛船已進入α－神農星的大氣層。
「警告！警告！發現不知名能量波動，能量龐大，建議立即啟動空間跳躍！」
莫休一驚，這是基因智腦的警報，從未出過差錯，因此，他毫不猶豫的下了命令。
「啟動空間跳躍！」
然而，下一刻，龐大的能量自α－神農星上噴涌而出，將飛船淹沒。