明石離開之後，商毅又立刻下令駐守仙霞嶺的段鵬，嚴守各處福建通向浙江的隘口，禁止任何人員出入，以防清軍乘虛攻入浙江。
雖然商毅不想接納朱聿鍵，但並不能明目張的阻止朱聿鍵一行來到浙江，只能夠釆用這種封鎖邊境，禁止出入的做法，如果在這種情況下，朱聿鍵還能克服重重困難，從福州來到杭州，那也就沒有別的辦法了,只能說是天不該絕他。不過這種可能性確實不大。
當然現在商毅也不可能把所有精力都放在朱聿鍵的身上，湖北的戰事才是當前的重點，兩天以後，商毅收到了湖北地區來的捷報，知道商家軍挫敗了清軍對湖北戰區的第三次進攻，又取得了輝煌的戰利。由其是現在南方在湖南、江西的戰場上連遭敗績的時候，這一次商家軍戰斗的勝利，也就更顯得難得了。
雖然湖南、江西並不屬于商家軍的地盤，但總體來看，都同屬于南明的陣營，和浙江也存在著唇亡齒寒的關⻞，南明在湖南、江西戰場上的失利，對浙江也造成了不小的影響，不過湖北的勝利，也使整個浙江再一次被轟動起來，加上杭州時報又大力宣傳，也大大沖淡了這些失敗帶來的消極影響。
而商毅也開始認真思考李岩和李定國提出，奪取黃州，全面控制黃州府的建議。
雖然在當初商家軍躍進大別山，開避湖北戰區的時侯，商毅是禁止奪取大城市，以避免引起清軍的重視，因此商家軍有好幾次可以奪取黃州的機會，但都放棄了。當然這一招也確實揮了不小的作用，在清軍前兩次征剿湖北戰區時，都對商家軍的實力出現了估計錯誤。不過現在的情況己經大不相同了，再連續三次擊敗清廷的進剿，由其是這一次，清軍己經出動了六七萬的龐大兵力，依然還是被商家軍打得大敗，湖北戰區還想不被清廷重視，都是不可能了。
而且三旅到達湖北戰區之後，使湖北戰區的正式兵力達到近三萬人，而且像九師、三旅都是久經戰陣的部隊，戰斗力很強，同時整個黃州府地區，除了少數幾個州府縣城以外，基本都在商家軍的控制中。而且這時洪承疇己南進江西督戰，多鐸又要坐鎮南京，不能輕動，黃州的清軍新敗，士氣低落，可以說現在奪取黃州的時機己經成熟了。
一但商家軍奪了黃州，全面佔領黃州府，不僅能夠使目前整個湖北戰區進一步得到穩固和展，同時還可以為下一步復奪南京打下一個良好的基礎，因此無論是對現在還是將來，都是大有益處的。
但商毅也考慮到其中不利的因素，盡管這次清軍又進剿失利，還損兵拆將，但目前在湖北依然還有三萬六七千兵力，而攻打黃州可是攻城戰，並不像在野戰中可以大範圍運動轉移，調動清軍的兵力，尋找有利戰機，只能硬拼硬，不管有利無利都要打。如果因為攻打黃州，而過多損失兵力，那可就得不償失了。
而且湖北戰區的商家軍剛剛打敗清軍的進剿，彈藥的消耗量也很大，同時還缺少重型火炮，是否能支持攻打黃州，也未必可知，因此最好是能夠先給湖北戰區補充一批彈藥武器，然後再實施攻打黃州的計劃。
而就在這時，南京、北京的情報系統都傳回來消息，清軍的第二批援軍己經出京南下，目前己經度過了淮河，進入鳳陽府地區。
在北京期間，多爾袞曾承諾給洪承疇拔調十萬人馬南下，但由于大軍調齊需要時間，因此在洪承疇出京南下的時候帶來了五萬人馬，現在剩下的五萬人馬也終于都被派出南下。而這一次清軍的領軍主將可是歷史上赫赫有名的人物，就是滿州瓖黃旗梅勒額真，巴牙喇 章京，號稱滿州第一巴圖魯的鰲拜。
商毅得報之後，也是憂喜參半，因為清軍再次出動大軍南下，就意味著北方的留守兵力進一步空虛，這樣自已跨海突襲計劃的成功率，也就會大大的加，但在目前的情況下，這一支人馬加入南方，勢必又會強清軍的實力，由其是現在湖北的商家軍剛剛擊敗清軍的進剿，正是兵力疲憊，彈藥缺乏的時候，這支人馬如果被清軍投放到湖北戰區內，可以立刻使湖北戰區的局勢生完全逆轉。
因此商毅立刻回復李定國和李岩，告訴他們鰲拜己經領軍南下的消息，讓他們暫緩實行攻打黃州的計劃，先迅整編修整軍隊，嚴守目前的地區，防止鰲拜部加入湖北戰區。同時也告訴他們，浙江將會在近期內打通水路，運送一批彈藥到湖北來，以援湖北地區的戰斗力。並且會再向南京地區動一次進攻，給南京制造壓力，迫使多鐸把鰲拜部調到江南來駐防南京。然後再視戰局而定，是否攻打黃州。
回信出之後，商毅立刻招集長江艦隊的統領黃震，以及三名分艦隊的指揮官，詢問長江艦隊的準備情況，能不能馬上和清軍交戰。
經過了兩個多月的準備，把原計劃組建海軍第六分艦隊的新戰艦，也都大部份補充到長江艦隊來，並且又增加了一部份士兵之後，長江艦隊基本己經恢復到剛組建時的規模。
不過黃震等人在商議之後，決定將三個分艦隊的編制又重新調整了一下，第一分艦隊擁有三級巡洋艦二艘，四級驅逐艦十五艘，五級護衛艦八艘。共計戰船二十五艘，主要是付責仍然足在長江入海口至南京段江面作戰。而第二、三分艦隊分別包括有四級驅逐艦二艘，五級護衛艦三艘。六百料以下戰船十二艘。三百料以下戰船二十艘。共計各有戰艦三十七艘，主要是付責深入長江中游江面作戰。
釆用了新的編制以後，第一分艦隊雖然沒有上一次編制的戰艦數量多，但卻沒有小型戰船，實際的戰斗力反而加了不少。而第二、三分艦隊的戰船也有所增加，總計戰船數量也達到了九十九艘。
听商毅介紹了目前的戰局之後，黃震、何濱、易吉軒、南亞虎等四人也知道現在重新打通水路的重要性和緊迫性。不過在上一次水上敗仗之後，整個長江艦隊上下都非常不服氣，也憋足了一口氣，一定要向清軍把這個敗仗討回來，而且在這兩個多月的時間里，全艦隊都在努力的訓練如何應對清軍的火船進攻戰術。
他們到是沒有想到，報仇的機會這麼快就來了，因此也都立刻向商毅表示，長江艦隊己經完全做好了準備，這次出去，一定狠狠教訓一下清軍。報上一戰敗仗的一箭之仇。
見到長江艦隊的指揮官們並沒有因為上一戰的失敗而氣餒，依然保持著高昂的士氣和斗志，商毅也十分高興，不過商毅也知道，光憑血氣之勇是不能戰勝清軍的，而且在有的時候，戰意過于旺盛，也未必就是好事，因此也問他們打算釆用什麼樣的戰術來對付清軍的火船戰術。
黃震當然不會是只懂說大話，其實這兩個多月的時間里，他一直都在思考如何應付清軍的火船戰術，並且和何濱、易吉軒、南亞虎都作過詳細的研究和試驗，這時也早己是胸有成竹了。因此一見商毅問起，立刻和何濱、易吉軒、南亞虎等人在模擬沙盤上演試了一番。
看完了黃震等人的演試之後，商毅也覺得十分滿意，按這樣的戰術，確實可以對付清軍的火船戰術，也可見黃震等人確實是下過一番苦功夫。因此也可以放心，于是商毅也立刻下令，讓長江艦隊再次出擊，主動向清軍動進攻。
同時也和黃震等人商議決定，這一次長江艦隊還攜帶一部份彈藥武器物資出航，一但擊敗了清軍的水師之後，就由第二或是第三分艦隊立刻逆江而上，將這些物資運送到湖北戰區去。
領命之後，黃震、何濱、易吉軒、南亞虎等四人也立刻連夜出，回到通州，準備率艦隊出擊。
當然要給南京制造壓力，不僅僅只能依靠長江艦隊的力量，在陸路上同樣也要對南京的外圍動攻勢，才能造成足夠的聲勢。另一方面也是為下一步收復南京做準備。
因此商毅又下令駐守常州的楊武丞，再次進攻鎮江，而這一次可不是試探進攻，如果清軍從南京來支援鎮江，就在鎮江府境內與清軍對持，那怕與清軍決戰也再所不惜。
同時又命駐守廣德州的成進率軍出擊，進攻寧國府。一但商家軍攻下寧國府，南京就有被商家軍完全包圍的危險，因此這兩路進攻，都是清軍必救之地，也不怕多鐸不調鰲拜渡江援南京。
當然最關建的一戰還是水戰，如果商家軍不能擊敗清軍的水軍，重新打通和湖北戰區的水路聯系，就無法向湖北戰區提供支援，就算鰲拜部被調到南京，湖北戰區的局面也就不容樂觀。
因此雙方的水軍再次較量的勝敗，也成為這一次的焦點之戰。