吳三桂收到阿濟格的第一份調令的時候，正駐軍在儀真，攻打揚州。!。
隨著清軍的第二次南征開始，吳三桂同樣也在積極的擴充著自己的實力，擊敗李自成之後，也收編了當相部份的大順軍，隨後又納降了劉澤清部，這時吳三桂的總兵力，己經過了十三萬。在攻取了泗州、盱眙兩地之後，吳三桂也把下一個目標放在揚州。一方面揚州是江北重鎮，地方裕，二來也是吳三桂的祖籍正是揚州高郵，衣錦還鄉也是人生一快。同時吳三桂還打算，攻下揚州之後，就像清朝請令，將揚州封給自己，同時也做為自已的根基之地。
因為攻克泗州、盱眙兩地進行的比較順利，因此吳三桂也對攻取揚州比較有信心，這到不是他小看商家軍的戰斗力，而是現在商家軍的主力都在江南，蘇北地區的兵力不足四萬，還是分守揚州、淮安兩地。而清軍在江北己經集中了近二十五萬大軍，在兵力上己經佔了壓倒性的優勢。而且多鐸也出兵進攻淮安，牽制商家軍的兵力。
但吳三桂沒有想到，在這個時候，羅遠斌己經得到了商毅的指示，果斷放棄了淮安府，把兵力都集中揚州府境內，以高郵和揚州兩處互為犄角，各布置了一個步兵師和一個步兵旅，另外還有一個步兵師作為機動兵力。全為守衛揚州府。
事實再一次證明，一但商家軍有足夠的兵力進行防守城池的時候，清軍是很難以血肉之軀攻破。現在吳三桂手下的人馬雖然不少了，但擁有的火器並不多，因此盡管他集中了八萬大軍，分從兩面夾攻揚州，在商家軍密集的火力和嚴密的防守面前，一連攻了三天，拆兵過萬人，但卻根本沒有任何機會。
而在另一路，多鐸在兵不血刃拿下了淮安，斷開了商家軍的蘇北地區和魯南地區的聯⻞，但一方面要應付周少桓從魯南的進攻，另一方面也要鞏固淮安府的防守，並且收取宿遷、邳州、海州等地，因此也無法再出兵配合吳三桂進攻揚州，結果守衛高郵的商家軍趁機匯同機動兵力，襲擊吳三桂的側冀，迫使吳三桂撤兵退守儀真，進攻揚州的計劃，也以失敗而告終了。
這時吳三桂才知道商家軍善用火器之名，確實不是虛傳，正好阿濟格的命令也到傳到了他手里，吳三桂雖然不甘心就這麼放棄進攻揚州，但一來是揚州確實難以攻下，繼續強攻，只會損兵折將，消耗自己的兵力；二來以自己現在的力量，還不足以和清廷生正面的沖突，因此正好也可以借這個收兵撤回廬州，布置南渡的事務。
一路支援南京的人馬尚可喜 阿濟格現在南京也是度日如年，十分著急，一連又下了二道催令，催促吳三桂盡快渡江作戰。因此吳三桂也立刻下令，征集船只，分從江浦、和州兩地渡江，準備進入江南作戰，當然在廬州也留下了足夠的兵力駐守。
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商毅接到了報告之後，也松了一口氣，把吳三桂部吸引到江南戰場來，也算是可以緩解一下江北戰場的壓力，雖然淮安失守，使商家軍的山東和江北兩個戰場徹底斷開，但因為商家軍現在己在使用飛鴿傳，又有海路可通，因此實際的影響力並不算大，而且淮安失守之後，第二軍可以全心全意守衛揚州，不僅縮短了自己的戰線，同時吳三桂部南渡之後，清軍在江北的兵力要減少近半，而且現在還必須又要分散一部份兵力駐守淮安府，也有利于商家軍下一步對江北戰場的清軍進行逐個擊破。
不過雖然商家軍伏擊尚可喜部取得了勝利，但只是延緩了一下尚可喜部東進的時間，現在尚可喜部仍有五萬左右的兵力，遲早還會東進，而且有了上次中伏的教訓之後，他一定會小心謹慎，想再次伏擊他，恐怕就不容易了，再加上吳三桂部渡江之後，江南戰場的壓力就會明顯增加起來，因此以後的戰局，依然不會輕松。
但這種局面也基本在商毅的預料之中，先吳、尚二部人馬進入到作戰狀態，還需要一段時間，另外下一階段自己將退回到浙江作戰，而戰線將會縮短一些，清軍的戰線卻還會進一步拉長，自己就可以從長江突襲，深入軍的後方作戰。因此商毅看著地圖，南京、太平州、和州、廬州、池州、安慶府，甚致是湖廣，這些長江兩岸的地方，都可以是商家軍襲擊的目標。
而就在這時，商毅忽然靈光一閃，一個大膽的計劃，在商毅的頭腦里成形。
商毅知道，在另一時空的1947、1948這兩年里，當時的天朝太祖也面臨著十分嚴峻的軍事局面，因此他曾經提出過一個大膽的計劃，派遣十萬左右的軍隊渡過長江，在江南地區建立二到三個根據地，一方面是在對手兵力空虛的後方插上一刀，另一方面也可以把戰火燃燒到敵的後方,減輕正面戰場的壓力。但這個計劃最終因為種種原因，並沒有執行，而其中最大的一個原因就是當時的太祖在江南地區還缺乏民眾基礎。
而商毅所面臨的局勢，和當時頗為相似，都是面對著敵人咄咄逼人的攻勢，形勢十分嚴峻，而敵人的兵力也同樣過于集中在雙方的交界地方，後方十分空虛，如果在這個時候，派遣一支軍隊，逆江而上，在湖北一帶建立起一個敵後作戰區，一定也能夠打亂清軍的布置。
從地理上來說，湖北地區才是中國真正的中心地帶，四通八達，易攻而難守，由其是在東北一帶，就是後世著名的大別山區，地勢險要復雜，就是出動十萬大軍，也難以全部駐守得住。因此如果有一支人馬以這一帶山區為根據地，以游擊戰的方式，四面出擊，不斷打擊搔擾清軍的後方，一定會讓清軍十分頭疼，從而也可以大大減輕浙江戰場的壓力。
現在商毅佔據著長江下游的入海口，而湖北地區位于長江中游，而且商家軍在水面上佔有絕對的優勢，因此雙方不僅能夠互相呼應，同時也可以使湖北地區的商家軍從浙江獲得補充，另外如湖北地區的商家軍果實在是堅持不下去，也可以比較方便的把他們接回浙江來。
另外在民眾基礎方面，商毅面臨的局面到是要好得多，因為在當初剛剛南下的時候，商家軍曾在湖北駐扎過幾個月，在當地的名聲相當不錯。而且在這個時代，滿清是地地道道的異族，商家軍不僅是漢族的軍隊，同時也代表著大明朝廷，再加上商家軍一慣的群眾政策，因此商毅也相信，只要是軍隊一到，應該能夠很快就得當地民眾的支持，站穩腳跟。
當然這也確實是一件十分危險的事實，弄不好全軍覆沒都有可能，而且現在僅僅只是商毅的一個構想，想要俱體實施，還是要制定一個詳細的計劃才行。同時執行這個計劃的人選，也要好好斟酌一下。好在是現在還有時間，可以讓商毅來慢慢思考。而目前的當務之急，是阻擊吳三桂的渡江人馬。
雖然吳三桂的人馬渡江作戰，是商毅已經準備好了的，但這並不表示就會輕易的放吳三桂渡過長江，商家軍在水面上的優勢可不能白白的浪廢掉，因此趁著吳三桂渡江的時候，襲擊他的渡江船隊，不僅可以先消滅一部份吳三桂的兵力，另外也可以拖延一下吳三桂渡江的時間，使自己能夠有便多的時間準備。就像是伏擊尚可喜一樣。
因此商毅得知吳三桂的人馬在江浦一帶渡江之後，也立刻下令水軍出擊，襲擊吳三桂的渡江船隊。
江浦在南京上游二十多里的地方，黃震奉命之後，帶領水軍逆江而上，只用了不到一個時辰的時間，就到達了江浦一帶的江面，果然現了清軍正在橫渡長江。黃震立刻下令船隊排成一路縱隊，直插軍的渡江船隊，然後左右開火，轟擊清軍的渡江船只。
清軍一來是沒有準備，二來用于渡江的船只都是臨時租調的民船，根本就沒有裝配任何武器，因此在江里作戰，那里是商家軍的對擊下，一艘一艘的被擊得沉入江底。而其他船只見狀，也都嚇得連忙各自靠岸，不敢再輕易渡江，己經渡過江的船只，也不敢再轉回來。
結果這一戰清軍一共被擊沉了五十一條船，陣亡士兵三千余人，但只送過去了五千余人。其他的人馬仍然被阻隔在長江北岸。而吳三桂見狀，也不敢在江浦繼續渡江，只好率軍繼續向西前進，盡可能的離南京便遠一些，再另選其他的地方渡江。而商毅也下令，在沿江密切關注清軍的動向，爭取再找到襲擊清軍渡江的機會。