雖然炎黃部落有闡截二教眾多金仙相助，貌似佔據了上風，但巫族三位大巫的戰力卻是無人能及，那八十一位小巫又有合擊之術，能布下九九寂滅大陣，竟能以小巫的修為發揮出大巫的實力。因此兩族究竟孰強孰弱，卻是難以預料。
兩軍陣前，軒轅一騎當先，向蚩尤叫道︰「蚩尤，你我兩族爭奪共主之位，原本無可厚非，你卻為何請巫族之人前來助戰，難道你要將洪荒大地變成巫族天下麼？」
蚩尤亦是跨虎前行，高聲道︰「天地乃是盤古所開，巫族乃是盤古血脈，巫族為天地主角，有何不可？軒轅小兒，你我相爭，成王敗寇而已，何必做口舌之爭！」
軒轅聞言知道蚩尤主意已定，卻是撥馬而回，下令族人準備進攻；蚩尤亦是退回軍中，命令族人準備戰斗。
蚩尤心知今日便是最後一戰，卻是直接命令八十一名大將擺開寂滅大陣。此陣一成，只見蚩尤軍中陰風怒號，殺氣沖天，蚩尤站在陣中大叫道︰「軒轅小兒，可敢前來一戰！」
軒轅這邊眾多金仙卻是無人識得這九九寂滅大陣，但看那陣勢，也是知道非同小可，正在眾人面面相噓之時，卻見玄都**師手持太極圖從天而降，接著又有一桿大幡破空而來，落入廣成子手中，最後卻是四把寒光四射的寶劍分別落入截教四大弟子手中。
玄都落地後，卻是直接對軒轅道︰「玄都參見人皇，貧道受師命前來破此寂滅大陣！」
軒轅聞言大喜，趕忙施禮道︰「如此便有勞仙長了！」
玄都聞言微微點頭，卻是對多寶與無當四人道︰「待貧道用太極圖定住此陣後，便有勞四位師弟前去擒拿蚩尤。」
多寶四人聞言紛紛點頭。
玄都見幾人答應，卻是看向廣成子道︰「大巫雨師便有勞師弟了！」
廣成子聞言亦是點頭答應。
玄都聞言卻是將手中的太極圖徐徐展開，接著便見一座金橋向巫族大陣中延伸而去，金橋所過之處，無窮殺氣消散一空。
眾金仙見狀大喜，卻是直接向陣中殺去，蚩尤見狀怒吼連連，欲要尋玄都拼命，卻被多寶帶著三位師弟團團圍住。
蚩尤見多寶四人手持寶劍向自己殺來，卻是不禁怒道︰「小輩，本王隨祖巫大人征戰四方之時，爾等尚不知從娘胎里出來沒有，如今竟敢壞本王的好事！」
蚩尤所言雖是實情，但四人听來卻是無比刺耳，俱是一言不發，用手中寶劍向蚩尤身上狠狠招呼。
蚩尤卻是不知誅仙四劍的厲害，仗著自己是大巫之身，欲要硬抗四劍，手中的虎魄刀狠狠向多寶劈去。
多寶見狀冷笑連連，手中誅仙寶劍高舉，架住了蚩尤的奮力一擊，自己卻被打得倒退數里。
蚩尤正欲乘勝追擊，忽然覺得後背一陣劇痛，待回頭看時，卻見無當聖母手中的寶劍在後背狠狠劃過。
蚩尤見狀大驚，卻是小心問道︰「汝手中是何利器，竟能破本王的大巫之身！」
無當聖母聞言冷笑道︰「枉你自稱活了無窮歲月，難道連截教誅仙四劍的大名都未曾听過！」說罷再次向蚩尤殺去。
蚩尤聞言大驚，卻是再不敢以身試劍，反而小心應付起來，但在四人聯手之下亦是漸漸力不從心，身上漸漸多出了數道傷口，流血不止。
戰場的另一端，廣成子緩緩搖動手中的盤古幡，將雨師逼得東躲西藏，疲于奔命；而玄都**師則是手持拂塵對著風伯輕輕揮舞，神態說不出的瀟灑自如，而風伯卻是一陣陣手忙腳亂，恐怕稍不留神便會被拂塵纏住。
至于八十一位大將，由于失去了大陣的庇護，卻是差了十二金仙一個境界，雖然近戰能力強悍，卻也是漸漸抵擋不住。
軒轅見此情景，向身後剩余的三百萬人族戰士道︰「諸位，今日有敵無我，且隨我沖！」說罷策馬揚鞭，向著蚩尤大軍沖去。
三百萬人族戰士見軒轅帶頭沖殺，頓時也是士氣高漲，吶喊著向前沖去，頓時，兩只大軍混戰在一起。
半日之後，巫族大軍中卻是再無一個小巫。騰出手來的眾金仙，卻是紛紛參與到圍攻蚩尤等三位大巫的戰斗中來。
雨師正在躲避廣成子發出的混沌劍氣，卻見身後不知何時多出了一根繩索，瞬間便將自己捆了個嚴嚴實實，這繩索卻正是懼留孫的捆仙繩。
風伯見狀大驚，正要前去營救，卻不防被玄都手中的拂塵掃中，亦是掉下雲頭，那拂塵亦是化作一條繩索將風伯緊緊捆住。
蚩尤見兩兄弟被擒，眾族人被殺，卻是有些精神恍惚，動作稍微停頓，便被廣成子看準機會，用翻天印打了一個跟頭，隨後便被趙公明用捆龍索鎖住。
九黎族人見首領被擒無不拼死來救，玄都見狀微微皺眉，多寶亦是約束眾師弟不可妄造殺孽，只有廣成子等人殺性已起，紛紛發動法寶，向這些凡人殺去，揮手間，便是上千條人命被奪。
待軒轅急忙制止時，九黎族戰士已是只剩下不到萬人。看到這些幸存的九黎族人紛紛用仇恨的眼光盯著自己，軒轅覺得心痛無比，正要下令放眾人一條生路，卻見九天玄女越眾而出道︰「啟稟陛下，玄女有一事相求，還請陛下應允。」
軒轅此次能夠戰敗蚩尤，九天玄女卻是出力甚多，因此趕忙答道︰「仙子請講！只要本王能夠做到的，本王定無不允！」
玄女聞言卻是趕忙道︰「昊天陛下有令！九黎族人犯上作亂，且身懷巫族血脈，需要斬草除根，還請陛下將這些九黎族人交由天庭發落。」
軒轅聞言頗為躊躇，九黎人族雖然身懷巫族血脈，但畢竟仍是人族，怎可交由天庭處理，但是自己卻是已經將話說滿，再難收回，于是只得點頭道︰「既如此，這些九黎族人便交由仙子處置吧！」
玄女聞言大喜，取出一金色巨網將幸存的九黎族人收去。眾人中有見識不凡者，卻是認出這金網正是天庭緝拿要犯的天羅地網。
眾仙見玄女要走了九黎族人，卻是紛紛催促軒轅將三位大巫斬殺，好早日分得功德，回山修煉。
軒轅正待下令，卻見一陣風起，面前已經消失了風伯和雨師的身影，只留下一柄拂塵與一根繩索留在原地。
廣成子見狀不禁開口罵道︰「何方鼠輩竟敢救走人族要犯？」
「貧道後羿！」遙遠的天邊，一聲冷哼遠遠傳來。
廣成子聞言面色煞白，仰天吐出一口鮮血，卻是被震傷了元神。
眾仙見狀大驚，俱是默默無言，卻是誰都不願招惹這尊殺神。
軒轅見後羿只是救走了風伯雨師，知道後羿不會再計較蚩尤的生死，于是下令道︰「來人！將蚩尤斬首示眾！」
巫族本來便是肉身強悍，而蚩尤更是巫族中的異數，一身本領全在肉身之上，刀砍油炸皆不能壞其分毫，就連誅仙四劍也只能在其身上留下道道劍傷，卻是無法將其斬殺。
蚩尤見狀哈哈大笑，「軒轅，你有何物能夠殺我？」
軒轅聞言大怒，拔出隨身佩劍隨手揮下，大喝一聲道︰「本王便以此劍殺你！」言罷便見蚩尤的頭顱隨著血光滾落。
眾人見狀大驚，不知是何寶劍竟比誅仙四劍還要鋒利，紛紛詢問起此劍的來歷。
軒轅見眾人追問，卻是滿臉懷念道︰「此劍名為屠巫，本是妖皇帝俊佩劍，軒轅卻是蒙師尊錯愛，賜下此劍防身！」
眾人聞言大嘩，想不到此劍便是屠巫劍，更想不到屠巫劍竟有如此威力，心中卻是羨慕無比。
軒轅卻無心去考慮眾人的心思，在斬殺蚩尤後，又將蚩尤五馬分尸，命人將蚩尤的四肢分別葬到天地四極，而蚩尤的頭顱與軀體便葬在了太行山下。
卻說黃帝斬殺蚩尤，班師而回，九天玄女率先向黃帝告辭，壓著九黎族人回天庭復命。從此人族方知天庭尚有玉皇大帝。
眾仙亦是先後告辭，紛紛回歸洞府，其中多寶在路過東海時發現一只六翅金蟬正在化形，見其化形便有太乙中期的修為，心喜之下卻是將其收為弟子，道號便喚作金蟬子。
自軒轅戰勝蚩尤後，天下再無對手，自此軒轅才真正得到了洪荒所有部落的認可，成為真正的天下共主。而軒轅為了加強人族統治，並沒有因此馬放南山，而是繼續派大軍征伐，把所有部落都強行統一，然後建立諸侯制度，劃分州野，制定禮樂，教化百姓。
待天下一統之後，軒轅卻是听說西陵氏之女嫘祖以蠶絲做成了布匹，使人族從此不再穿獸皮樹皮，于是便迎取嫘祖為妻，讓她做自己的大妃。
嫘祖成為軒轅之妻後，便組織大批的女子育桑養蠶，但很快又遇到了一個大難題，蠶養了很多，繭也產了不少，但抽絲和織帛卻有了困難。就在這時，群女中有一個身材矮小、皮膚黝黑、面部丑陋的女子發明了纏絲的紡輪和織絲的織機。
軒轅得知後，對此項發明大加贊賞，讓她給眾人傳授技藝。後來在嫘祖的撮合下，軒轅娶了這位丑女，作為次妃，這位次妃被尊稱為嫫母。這一切改變使得百姓甘其食，美其服，樂其俗，安其居，一派太平景象。
軒轅同時還鼓勵眾人發明各種器物，方便日用。其中，大臣曹胡發明了上衣，伯余造了下衣，於則做了鞋子。
黃帝還依浮葉飄于水上的道理作了舟船，共鼓又配上舟揖行于水上。又根據轉蓬的道理發明了車輔，便利了交通。
在軒轅的統治下，物品逐漸豐富起來，人與人之間的交易也漸漸多了起來，這時，又一個難題擺在了軒轅面前。不同的物品之間完全沒有判斷價值的標準，軒轅甚至看到，有人牽著一頭牛，僅僅換到了一只雞蛋，而人們對距離的遠近，物品的重量，同樣沒有清晰地意識。
就在軒轅為這些事情發愁的時候，緇衣氏適時地出現了，听到緇衣氏到來，軒轅趕忙跑去迎接。
看著畢恭畢敬的軒轅，緇衣氏突然一聲長嘆，「徒兒，你可曾怪為師袖手旁觀！」
軒轅聞言趕忙道︰「弟子不敢！」
緇衣氏聞言苦笑道︰「是不敢，卻非不是，對麼？」
軒轅聞言不知如何回答，趕忙岔開話題道︰「不知師尊此次降臨，有何見教？」
緇衣氏聞言果然不再糾纏剛才的話題，緩緩開口道︰「卻是為你眼下的困惑而來！」說罷取出一枚銅錢與一把銅尺，並將其功用告訴了軒轅。
軒轅聞言大喜，趕忙召集群臣商議，推行天下。隨後師徒二人又自行模索，發明了第一桿稱，自此後，人族終于有了長度、重量、價值的觀念。
看到軒轅將國家治理的井井有條，緇衣氏心中異常滿意，在一切走向正軌後，便告辭回火雲宮靜修去了。
緇衣氏走後，軒轅為了加強管理，再次在人族進行了改革，以八家為一井，三井為一鄰，三鄰為一朋，三朋為一里，五里為一邑，十邑為一都，十都為一師，十師為一州，將全國劃分為九州；設官司職，置左右大監，監于萬國，設三公、三少、四輔、四史、六相、九德共一百二十個官位管理國家。
而這一百二十個官員中，便出了一個功蓋三皇的人物，在人族的發展史上寫下了濃重的一筆。