當真正的第十二使徒從六號機的體內出現之後，一些敏銳的人感覺到其中有極大的秘密，其中就有美里和律子這兩個的大將。此刻已經完全不是能夠操控的了了，不過就在這個時候，意外發生了。
從六號機中出現的十二使徒是一個有著黑色身體的奇怪使徒，出現後就在空中飛起來，原本沒有動作的二號機這次有動作了，拿起手中的槍支對著這個使徒開火，但是卻沒有絲毫效果。
「這是？」凌波的零號機原本就在和第十使徒的戰斗中大破了，十二使徒出現後片刻就出現在零號機的身邊，眨眼間十二使徒就化為了一個巨大的紅色圓球將零號機包裹起來，零號機被吞噬了！
「凌波！」被眼前快速變化的劇情感到措手不及，原本還在幫助華盛頓牽制十一使徒的碇真嗣一下子就把攻擊的目標轉移了。從第一次看到凌波開始，碇真嗣就有一種莫名的情感出現，看到零號機被十二使徒吞噬，碇真嗣一下子就失去了理智，手中巨大的槍械雖然在開火，但僅僅在十二使徒的身上打出無數的血花，並不能干掉十二使徒。
「怎麼可能啊，全身都是核心？」真希波有點不相信的看著眼前的十二使徒，這個十二使徒難道是打不死的麼？
「把我的凌波還給我！」碇真嗣丟下手中的槍械，向著零號機被吞噬的地方沖去，似乎完全沒有考慮自己是否有辦法對十二使徒造成傷害。不過此時，蒙大娜卻離開了戰艦，將戰艦的指揮權交給了萌達娜，蒙大娜已經來到了第三新東京市的廢墟之中。
「哼，第一使徒也不過如此！」鎖定著一個目標，蒙大娜直接站在一枚導彈上快速的來到了目標所在的地方，這是一個被彈射出的插入栓，插入栓坐的就是叫做渚薰的第一使徒。
從導彈上跳下，蒙大娜在插入栓落到地上之後跳到了插入栓上方，因為巨大的沖擊力，插入栓還震動了一下。手中多出了一把利劍，用力的向下切去，堅韌的插入栓被切開了一個整齊的切口，一截插入栓因為重力掉落，蒙大娜看到了穿著駕駛服的渚薰。
「我們又見面了，海霧的大小姐。」渚薰似乎沒有感覺到自己隨時都會被蒙大娜終結，還是微笑的說道，看著眼前的渚薰，蒙大娜就是一陣莫名的討厭，這個帥氣的家伙果然就應該去死。
「現在還挺嘴硬的啊，不知道第一使徒被終結的時候是不是還是這麼的嘴硬。」蒙大娜一只手抓住了渚薰的衣領，站立在插入栓翹起的一角，渚薰被蒙大娜單手提起來。
「真嗣君還在戰斗呢，我可要給他真正的幸福。」沒有了理會自己的腳下是數十米高的高空，只要蒙大娜松手，渚薰就會落下去。渚薰的表情沒有一絲的害怕，反而看向了因為沖向了十二使徒被直接擊倒的初號機。
「幸福？」蒙大娜的面色顯露出一絲的詭異，「沒想到我還能看到所謂的兩個男人之間的愛情。」
「愛情？」渚薰沒有直接回答，「身為李林之王之子，真嗣君有資格選擇lilin的未來，現在就是真嗣君做出選擇的時候了。」
此刻的碇真嗣因為初號機被再一次擊倒，電纜早已斷開，初號機的活動時間終于到達極限了，雖然碇真嗣想要繼續出動，但初號機不為所動。
「把！」心中充滿了無盡的力量，碇真嗣的眼楮突然散發出懾人的紅色，「把凌波還給我！」
失去了動力，理論上已經無法動作的初號機竟然再一次動作了，重新站了起來，甚至初號機的雙眼也出現了和碇真嗣一樣的紅色！而初號機的頭上還出現了一個光圈，巨大的彩色光環開始出現在總部的上方，向著地球地球其他地方散去，這是第三次沖擊的象征，是人類滅絕的前兆。
「怎麼可能……」不知道什麼時候，碇元渡已經離開了的總部，之後人心已經散了的眾人也紛紛離開了自己的崗位，一些開始撤離，一些人，包括美里等人來到了地面，看著重新動起來的初號機感到不可思議。
「所謂的動力並不是的動力，其實是的拘束器的能量來源。」作為最權威的裝甲，律子說出了美里心中疑問的答案，「現在的初號機……已經即將成為神。」
「第三次沖擊麼……」美里听出了律子話中的意思，為了阻止第三次沖擊是的人為之奮斗的目標，但是看著眼前即將引發第三次沖擊的初號機，美里卻感到一絲的不忍，難道人類就要因此滅絕了麼。文字首發。
「狗狗君，這可是不可以的哦！」就在碇真嗣的爆發，引起了初號機暴走，隨即引發第三次沖擊的眨眼間，一把長槍突然出現，刺穿了初號機脖頸，初號機被封印了，這僅僅是初號機暴走之後不到10秒的時間中發生的，而做出這一切的正是二號機，而那把長槍正是六號機封印了四號機的朗努基斯之槍，「第三次沖擊，可不能發生哦。」真希**了一下眼楮，天空中的彩環也開始消失。
這種變化讓所有人都感到目不暇接，蒙大娜發現渚薰的臉上出現了一絲的驚詫，「看起來這不是在你們的劇本中，eele的劇本可不是這樣吧，或者碇元渡也不是這樣計劃的吧，使徒，eele，都已經要退出歷史的舞台了，這個世界的創傷足夠多了，不需要你們了。」
「是麼，海霧的大小姐，真是最大的變數，歷史完全被改變了。」
「沒錯，所以你可以退出歷史的舞台了。」蒙大娜的手開始慢慢的松開，渚薰微笑的看著蒙大娜沒有說話。慢慢的，終于渚薰落下去了，蒙大娜閉上了眼楮。
「明日香，我現在就要完成最後一些事情了，eele，現在就是我覆滅你的時候了！」
睜開眼，蒙大娜動作了。