在看見鳴人之後，鹿丸突然想到自己也該上學了，也是時候去找老爸要修煉家傳秘術的方法了，影子模仿術真挺期待的啊。
這天回家之後，鹿久听到鹿丸想要修煉家傳秘術的想法，哈哈大笑了起來。鹿丸忍不住問道︰「我說想要修煉忍術怎麼了，至于那麼好笑嗎？」
鹿久告訴鹿丸，家傳秘術要有陰性質的查克拉才能使用，陰性質查克拉的性質變化也不是那麼容易學的，要等查克拉的增長幅度變小，穩定了以後才能慢慢控制和轉化查克拉的性質變化。
現在應該學習的是最基礎的體術修行，查克拉的提煉反而不用太著急，隨著年齡的增長自己就會增加，畢竟提煉是需要精神和身體兩種能量的，體術不行查克拉也提煉不了多少。而且身體能儲存的查克拉也是有限的。要是錯過現在這個打基礎的時機，就只能依靠常年累月的鍛煉才能提高查克拉的總量了。
鹿久是上忍非常的忙，經常外出執行任務。鹿丸只能在老媽吉乃的督促下，進行枯燥又乏味的體術修行。不久之後，鹿丸無比的後悔自己的多嘴。還不如先輕松一年，在去學校混到畢業多好。
這與其說是體術修行還不如說是身體鍛煉。忍具又不讓練習，天天都是背著負重先繞著院子跑十圈，然後在來幾組俯臥撐、仰臥起坐，在對著木樁打十幾遍忍者組合拳。天天枯燥又乏味鍛煉體術，再加上鹿丸又是那麼懶的人，這對鹿丸來說真是不亞于酷刑。
不知不覺，鹿丸終于熬到了上學的年紀。「真不容易啊。」去參加入學測試的路上，鹿丸一邊不緊不慢的走著，一邊發出了感嘆。
忍者學校是通過測試忍者的資質，把學生分為精英班和普通班。各大家族的人自然都分到了精英班，畢竟都提前修行過，太差的也不會讓來上學，又丟人，還浪費名額。
鹿丸看到測試的成績吃了一驚，得第一名的是佐助這是正常，可得第二名的居然是鳴人。看來測試基礎，對于用九尾的查克拉改造過身體，有外掛般的鳴人來說，真是專業對口了。看了看自己排在第十名，丁次排在第二十名也還不錯。
佐助看到自己的排名很高興，這時鼬過來表揚了佐助，「干的不錯。」佐助很高興，打算趕緊回家告訴父母。鹿丸、丁次還有井野三人的父親都在一起，丁座看見三個人的孩子都進入了精英班非常高興，「丁次、鹿丸、井野，恭喜你們都進入精英班，今天我請你們吃烤肉。」
井野要去小櫻家玩就拒絕了，和小櫻一起高興的離開了。不過倆人都不知道，雙方在測試的時候，都對佐助有了好感，以後會為了誰更適合佐助而變成情敵。這時鹿丸叫住正打算回家的鳴人，對丁座說︰「丁座大叔，既然井野不去，就讓我朋友代替吧，他今天也進入精英班了，還是第二名呢。」丁座看了看鳴人，略微猶豫了下就答應了，鳴人很高興和丁次一起大聲歡呼「烤肉萬歲。」
鹿丸不知道他已經慢慢的影響到了原本的劇本了，原本沒能通過入學測驗的八雲，居然因為考官無意間發現八雲的血繼限界，而特別編入了精英班，鹿丸的蝴蝶效應，影響正在逐漸擴大。
就這樣，鹿丸的校園生活開始了，可是沒多久鹿丸驚訝的發現，自己的記憶力越來越變態，幾乎可以和**目錄一樣，擁有稱之為完全記憶的能力。這大概是因為修行，使得兩個靈魂終于真正的融合所帶來的吧不過……這也使得鹿丸越發的懶惰了，為了表現的低調一點，學動漫一樣把考試的分數保持在將將及格。而鳴人因為提前修煉了一年，成功的用自己的查克拉，掩蓋住了那絲九尾的查克拉，使得和同班同學的關系改善了一點。可惜因為經常搞惡作劇，所以也沒交到什麼朋友，就和鹿丸、牙、丁次關系好，並稱為吊車尾四人眾。
半年之後，鹿丸上理論課的時候不是睡覺就是逃課，而且逃課的時候還拉著鳴人他們，吊車尾四人眾集體逃課，可把伊魯卡老師氣壞了。半年來的鹿丸和鳴人、丁次、牙，成立了吊車尾軍團，在校園里堪稱一霸，鹿丸擔任參謀，不過在誰當軍團長上面沒達成共識，鳴人和牙都想當還差點打起來，幸虧鹿丸居中調解，最後軍團長一職只能空缺。
鹿丸還總結了逃課的經驗，歸類了十六字方針︰敵進我退,敵追我散,敵打我躲,敵近我隱，解釋起來就是伊魯卡來抓我們，我們就逃跑。死追不放，就分散跑。用石子或者繩索攻擊，就盡量閃躲。擺月兌後，在伊魯卡尋找接近時，隱藏起來找機會溜走。
不過到現在為止，逃課成功的沒有一個人，丁次跑得慢，經常是第一個被抓住的。鳴人老是中陷阱，對于攻擊還不閃不避的。伊魯卡後來從犬種家要到了吸引忍犬的食物，牙因為赤丸老是從隱藏的地方暴露出來被抓。不過鹿丸卻不是被伊魯卡抓住的，而是每次都被井野找到。
鹿丸穿越前就很喜歡井野，是鹿井迷。小時候認識井野之後就喜歡上了這個咋咋呼呼，看似粗心大意，其實很細心善良的女孩子。在一次伊魯卡發現鹿丸喜歡井野之後，就拜托井野去找鹿丸，而不知是鹿丸故意的，還是井野很了解鹿丸，反正鹿丸常常都被井野找到，至此吊車尾軍團全軍覆沒。
不過這半年來，隨著逃課的次數增加，四人的身手也越來越好，配合也越來越默契，伊魯卡看在眼里逐漸也就默認，就當成是演習了，不過逃課還是要被抓回來的。
佐助在宇智波被滅族之後，就變成和劇情里一樣的小酷哥，也使得鹿丸和鳴人更加不爽佐助，原因自然是井野和小櫻更加喜歡酷酷的佐助。
這時的井野和小櫻也已經決裂成為情敵了。現在年紀的少女，眼楮里都只有佐助，鹿丸也就只能等待分組之後，再對井野下手了。
鹿丸因為前世看火影忍者的關系，對為了保護鳴人差點被佩音殺死的雛田很欣賞，還幫助過雛田。鹿丸教會了她打太極，只可惜是鹿丸自己只知道養生太極的練法，只能告訴雛田太極重意不重招式，能學會多少就看個人的領悟了。雛田回家把太極拳告訴了父親日向日足，被日向日足認為是徒有其表給教訓了一頓。不過雛田並沒有放棄練太極拳，未來還從中領悟出了守護八卦掌。
鹿丸不喜歡將棋，因為小時候老被鹿久打敗，所以感到很無聊。鹿丸復仇的方法不是苦練將棋，而是「發明」了象棋，讓鹿久迷上了之後，在殘忍的虐殺體會報復的快感。沒想到，不知不覺間，象棋在木葉里逐漸流行起來，看到商機的鹿丸鼓動鹿久去向三代火影建議，趁著象棋還沒流傳出木葉，趕緊將象棋的玩法傳播出去，再大量制作象棋去各國販賣，再仿制品出來之前先大撈一筆，鹿丸在其中佔了一成收益，而奈良一族也佔了一成，讓其他各個家族好不羨慕,也讓鹿丸賺到了第一桶金，是以後建立商業帝國的啟動資金。