听到忽必烈不再稱自己為「英雄」而是改稱「長史」，蕭遙心登時為之一振。他知道長史這個官職乃是負責統帥訓練當地漢軍所設，忽必烈如此稱呼自己，顯然是已欲委以重任。但蕭遙轉念一想，自己新投不久，既無功勞，又還沒有建立起自己的勢力，且領軍打仗、*練兵馬並非所長，雖是位高權重，但對于以後的發展卻全無益處，因此想了一下後說道︰「王殿下抬愛，小人感激不盡。可是無功不受祿，這‘蕭長史’三個字，小人是萬萬擔待不起的。」說完納頭便拜，既是謝恩，也有堅決不受之意。
忽必烈雖口稱「長史」，但封這個官職其實只是臨時起意，隨口一說罷了，他心想的只是要將蕭遙收為幕僚，听計納策，並非真的要蕭遙去為自己統帥兵馬，馳騁疆場。此時他見蕭遙堅決不受，倒也沒有再勉強，說道︰「那此事稍後再議吧。蕭英雄，你說成大事者，擁有一套自己的班底和龐大的勢力是最根本的保障，不知此話怎講？」雖然極力掩飾，但言語隱隱的急切之意卻還是被蕭遙給听了出來。
言念至此，蕭遙知道時機成熟，于是再無隱瞞，當即直截了當地說道︰「王殿下若想成大事，必須先模仿秦朝官制，在原找到一個根據地，建立屬于自己的朝廷，此乃第一步；然後行漢法，依漢例設立官職，完善法紀，募兵糧戶等諸般制度，並且不能像成吉思汗時期，木華黎和耶律楚材那般雖采用漢法，但是時置時廢，咱們須得成系統地堅持下去，此乃第二步。而這兩步一旦成形，以後的一切問題便都迎刃而解了。」
忽必烈其實心早已有此想法，只是一直沒有一個明確的思路和計劃，加之他先前為如何治理漠南漢地勞心勞神，是以從未付諸實施。此時蕭遙一言點破，忽必烈如夢初醒，心那些原本飄忽不定的想法頓時形成了一個整體，越來越清晰地出現在了他的腦海之。又思索了片刻後，忽必烈忽然開懷大笑道︰「蕭兄弟所言甚是，咱們就這麼辦。」
由于宋軍攻打河南邊地，忽必烈請準蒙哥在河南設經略司，任命史天澤、楊惟、趙璧為經略使。其時恰逢蒙哥分賞諸王，忽必烈得到京兆（長安）封地。他采納了蕭遙的建議後，一番思考之下，決定將自己的原根據地設在長安，之後與蕭遙促膝而談，二人反復推敲琢磨，終于商定了改革的內容。
首先設置左右丞相，左丞相為蒙古人，居正位，漢人為右丞相，從屬于副。至于這漢人右丞相，忽必烈听從了蕭遙的建議，決定重禮從長安城聘請聞名關的鴻儒擔任，而這左右丞相，則是主要負責管理漠南漢地的地方官員考核和任用，選拔與監察官員，總領國家大政方針的議定其次是國尉，基本由漢人出任，主要是在蕭遙的建議下，建立漢族軍隊後設置。這支漢族軍隊有別于金朝和西夏滅亡後投靠蒙古的漢人世侯軍閥，因其是完全從屬于忽必烈自己的軍隊，主要管理麾下何人領兵，發兵的問題決定。
然後是御史大夫，由漢人出任，掌管蒙古繳獲自金朝和西夏的書檔案和圖籍，以及監察手下官員，檢舉謀反與違法行徑的，此三者便合稱為「三公」。
至于卿的劃分，蕭遙也全都提到，並逐一為忽必烈解釋述說。同時，他還將腦海自己想出的一些治國理念融入其。而不管忽必烈最終如何取舍，蕭遙一直苦苦追求和的權利與地位，此時已不再像是以前那鏡花水月般的虛無縹緲了。
蕭遙深知教育對于一個民族的重要性，因此首先他就建議忽必烈設立「奉常」，其職責是主持祭祀，管理成吉思汗陵，以及管理剛剛建議忽必烈恢復的原各地的學校教育；郎令主管忽必烈麾下的親兵和新招募的漢人親兵，作用大致相當于明朝的錦衣衛。由于蕭遙建議忽必烈將長安城仿照隋朝改名大興，寓意忽必烈自己的勢力大興之意，而此建議也被忽必烈采納，因此原本被稱為長安城防軍的衛尉，便改名為大興城防軍；太僕負責管理麾下軍馬事宜，由蒙古人出任；廷尉則掌管法令刑罰事宜，而蕭遙思及元朝還不到建立的時機，因此便決定暫時使用金朝的泰和律；典客主要處理外交事宜，負責與南宋、吐蕃、大理、高麗、日本以及蒙古自己幾大汗國溝通聯絡；宗正管理忽必烈親屬以及漢地蒙古人事宜，使蒙古人和漢人分開管束。此舉有利于穩定，忽必烈聞之大贊。接著是治粟內史，負責恢復原漠南地區的農業生產；少府負責漠南漢地的市場交易，商業稅收；尉掌管負責大興城的治安；將作少府管理城池關隘，宮殿的建設事宜。
之後是地方管制的恢復，在蕭遙的建議下，首先是恢復原地區的行政建制，設立43個郡，郡下設縣，郡設置郡守，一般由忽必烈自己一系的蒙古人和新進投靠的漢人，以及一些本身在地方屬于豪強的漢族軍閥世侯出任，可以自行任命自己的幕僚，推薦當地的人才，發布小朝廷的政令，賞罰，司法與監察，以及擁有平定叛亂和統帥當地軍隊抵抗外敵的權利。同時也負責征收地方財稅。郡守下設郡丞，往往由漢人擔任，負責當地內政；長史負責統帥訓練當地漢軍，之前忽必烈意欲委任蕭遙此職，便是想讓他為自己治理手下的非蒙古人軍隊，權利不可謂不大。郡守的副手是郡尉，協助郡守統管一郡的軍事。在忽必烈麾下，郡守和郡尉往往是一蒙一漢，這樣就不需要再和後世一般設立達魯花赤了縣一級，有縣令和主管內政的縣丞，以及主管一縣軍事的縣尉，這些基本上都是漢人充任。縣以下還有鄉與亭，鄉一級有掌管教化的三老，負責配合縣令審案與征收賦稅的嗇夫。最低一級的民兵組織，負責巡邏治安的游徼。
關于新征募的漢軍，蕭遙建議仿效秦軍軍功爵位，分別為︰公士，上造，簪梟，不更，大夫，官大夫，公大夫，五大夫，左庶長，右庶長，左更，更，右更，少上造，大上造，駟車庶長，大庶長，關內侯，徹侯。這些爵位從低到高，共劃分為二十級，其每一級軍功的提升都伴隨待遇的提高，當進階到第五級爵位大夫時，漢人兵卒的待遇和身份已經可以與蒙古兵持平，借此提高歸附征募的漢軍戰斗力和積極性。同時，考慮到為了拉攏漢地地主與軍閥世侯豪強，蕭遙也推薦在任官上暫時采取品正制，在各郡設置正官，品評各地士人，分為上上，上，上下，上，，下，下上，下，下下品，根據品級向大興小朝廷推薦，授予官位。後來，正是由于蕭遙實行的這一套措施，漠南漢地的世家大族，軍閥世侯逐漸開始歸心于忽必烈，忽必烈迅速在原站穩了腳跟。自此，蒙古奴隸主與漢族地主的聯合專政政權正式確立起來。最後，蕭遙還建議忽必烈正式開始鑄造錢幣，定當年為大蒙古統元年，忽必烈一一照行而施，無有異議。