回部大小和卓（和卓︰伊斯蘭教對有威望人物的尊稱，此處意為“首領”）布那敦與霍集佔為統一回疆，不惜背叛清廷，自稱巴圖爾汗。為了實現教政一體，大小和卓又發動肅教行動，明爭暗殺，要把所有異教徒逐出回疆，甚至如同教不同宗的黑山派回人與不同族的維吾爾人、哈薩克人也不放過……清廷定邊將軍兆惠為平定大小和卓之亂，使出渾身解數，一面挑撥回部內亂，坐收漁利；一面又借用江湖人士之手，制造混亂。黑水河一役，兆惠抓住最佳時機，最終平定回疆……天山弟子秋振南，人稱“飛雲劍”，在中原武林享有盛譽，是位名副其實的反清義士，誰知卻與天地會八馬堂香主李九溪結怨。李九溪因此邀同洪順堂、青木堂二堂香主向秋振南尋仇。在某次爭斗中，秋振南的妻子不幸死于洪順堂副香主鄭開手下。為避仇家，秋振南只得帶著女兒前往天山，尋求師門主持公道。誰知到了天山，卻正好遇上師門大亂，掌門雲清子意外死亡，由此牽引出一連串涉及江湖與歷史的武林之爭……全真教自丘處機之後，出現龍門一派，尊奉丘處機為開宗祖師。當年，成吉思汗西征，邀請丘處機同往，隨行帶有一十八名弟子。途經天山時，為弘揚道法，在天池建鐵瓦寺，並命大弟子趙道堅留寺傳教。幾經戰亂，鐵瓦寺被毀，原因撲朔迷離。若干年後，天山創派宗師在鐵瓦寺舊址重建道觀，成立天山一派。隨著歷史推移，全真龍門派日漸式微，而天山派卻越來越強盛。不知何時，有謠言傳出，當年丘處機在天山建寺時曾將重陽祖師的武功遺篇留在鐵瓦寺……如傳說一樣神龍見首不見尾的“雲峰居士”沈雲峰有著如神話一般的經歷，在他的整個人生中，似乎無處不是神話。他的身世撲朔迷離，又似乎牽連著整個回疆武林的命脈。他宣稱學武只在止殺，因此從不殺一人。如此一個臻于化境的人物，似乎沒有任何缺點，誰知事實的背後卻有一個驚天秘密……