于孝天深知瘟疫對他來說的可怕性，經營台灣島，他最擔心的其實並不是西班牙人、荷蘭人、鄭一官和大明官府來找他的麻煩，而是各種各樣的瘟疫。
雖然他很重視搜羅各種名醫，並且培養各種初級的救護兵，甚至于暗中在陸上置辦藥鋪，大規模的暗中儲備收購各種藥材，但是這個時代的醫療水平，還處于很原始的階段，他根本沒有能力來控制一場大規模的瘟疫，更沒有任何現代的藥物來醫治像瘧疾這樣的疫病。
甚至于他連後世最最基本的漂白粉現在都弄不出來，更不要說其它消毒劑了，他目前唯一可用的消毒用品，也就是生石灰了。
所以想要在這個時代避免大規模的瘟疫，他唯有從預防著手，先改造環境，然後注意衛生條件，盡可能的將瘟疫發生的可能性降低，並且控制傳染源頭，從根本做起，這麼做雖然消耗不少人力物力，但是也總比大規模爆發瘟疫之後，再去控制要省的多。
魯有時听罷之後，趕緊連連稱是，保證一個月之內，把這件事辦好，絕對不敢再懈怠了，說完之後，魯有時不覺間全身驚出了一身冷汗。
「你可以分片包干，把這些移民村分派給手下的人員負責督查這件事，誰管的地方出問題，你就直接找他說事，誰要是對這件事陽奉陰違，不當成回事，那麼我就請他去苦役營待一段日子，享受享受苦役營的待遇！」
其它那些跟著魯有時過來的負責民務的人員，听罷之後也都各個毛骨悚然，趕緊跪在地上連連答應，誰都不敢再大意了。
看到這幫家伙已經都被嚇住了，于孝天這才讓他們起來，繼續跟著他巡視移民村，接下來兩天之中，于孝天差不多巡視了一半左右的移民村，而且他選擇移民村巡視，不讓魯有時他們挑選地方，他根據地圖，隨機抽選村落進行巡視。
在巡視之中，于孝天發現了不少問題，都給魯有時他們一一點明，令他們立即記下，分批按時整改。
對于移民村眼下的防御情況，于孝天也提出了他的意見，淡水城雖然建了起來，但是移民數量越來越多，新建的移民村距離淡水城也越來越遠，所以全憑淡水城的守衛力量，來保護這些移民村的話，很顯然力有不逮。
敵人可能無力攻打淡水城，但是卻可以在其它地方登陸，小股襲擊這一帶的移民村，另外當地土人的問題雖然這半年來有所緩解，但是土人不喜歡他們這些外來者侵佔他們的領地，雙方沖突始終存在。
加之海狼不斷增加移民數量，開設新的移民點，建立新移民村，不斷的砍伐掉這一帶的樹林，燒毀灌木，平整土地，開荒種田，也確確實實擠佔了原來生活在這一帶的土著部落的生存空間，想要完全和平的和土著部落相處，基本上是不太可能的事情。
所以移民村就必須要有一定的自保能力才行，除了要組建鄉勇自保之外，對于移民村建築村子的式樣方面，也提出了一定的要求。
以前這里的移民村多是修建好房屋之後，圍著村子建起一道木質的寨牆，作為移民村的基本防御，但是現在于孝天提出了更高的要求。
他認為今後這里很可能遭到對手的襲擊，單憑簡單的木柵來抵御敵人，顯然是不夠用的，敵人只要實力稍強一點，便可以很輕松的攻破村落，將村子襲掠一空，給這里的移民造成重大損失。
故此移民村下一步最好是能加強防御設施，原有的移民村，除了要加強原來的木質寨牆之外，最好能在寨牆覆土，防止對方火攻，另外加強寨牆抗擊能力。
另外在開挖水渠的時候，可以圍繞寨牆開挖溝渠，形成一道壕溝，既可以用于灌溉排水，也可以作為御敵之用。
再者在壕溝和寨牆之間，要多插一些削尖的竹簽或者削尖的木簽，在火上烘烤一下，除了加強硬度之外，還可以使之表面形成碳化，有效的起到防腐的作用，延長竹簽木簽的壽命。
這麼一來，原來的移民村的村寨便可以擁有較強的守衛能力，對于小股進犯的敵人不管是土人，還是海盜，抑或是其他敵人，只要不是實力太強的小股敵人進犯，就算是沒有得到海狼正規的人馬趕來御敵，村子里面的人們也可以依靠自身的武力，阻擋或者干脆瓦解他們的進攻，並且擊退他們。
但是遇上大股的敵人進犯的時候，他們也起碼可以堅持抵抗一段時間，可以爭取待援的時間，等待海狼的戰兵趕到這里支援他們，為他們解圍，幫著他們將來犯之敵擊退。
另外對于以後新建的移民村，于孝天認為可以采用福建客家常用的土樓方式建村，直接把村子建成一個大型的土樓，就地取土夯成土牆，作為土樓的外牆，結構最好是三層，只在土樓外面留一個門出入。
土樓之中打上水井，解決村子的飲水問題，第一層可以作為私養牲畜和公共廁所以及私養家禽，儲存飼料稻草的地方，二層以上可以住人，這樣的住宿環境要比一家一戶平房更干燥一些，也可以作為儲存糧食的地方，減少因為地面潮濕，而造成的糧食霉變損失。
而土樓第一層外面不開窗，但是二層以上的外牆上可以開窗，這些窗子平時可以作為土樓中住戶們通風采光之用，遇上敵人的時候，可以作為射孔炮門使用，具有很強的防御能力，如果外面再開挖一道壕溝的話，那就更加完善了，別說是當地土人想要攻入土樓根本不可能，就算是一般的海盜甚至是小隊的官兵，想要攻入土樓，也是妄想。
對此魯有時也都趕緊記了下來，對于建造土樓這種結構的房屋，雖然本地人經驗並不多，但是在移民之中，還是有一些人知道該怎麼建，部分泥瓦匠也給人以前建過土樓。
但是對于土樓安置的移民，于孝天勒令要特別主意，不能將一個大家族集中安置在土樓之中，也不能將同鄉的人集中安置在土樓之中，這樣很容易在移民村之中，形成以宗族或者同鄉的小團體，使得海狼對其的管理效率減弱，甚至于可能在遇上大事的時候，這些移民村形成小割據的情況，不听海狼的調遣。
而新移民村要堅持一個原則，那就是必須把移民打散安置，由海狼選派村長來管理移民村，一旦發現個別移民村出現暗中有結社的情況，要立即處理，將他們的親友打散重新安置，決不允許海狼地盤上出現這樣的情況。
下一步要對老的移民村也采取同樣的方式，用強硬手段，將他們拆散，避免這些移民村出現宗族管理方式，削弱海狼對移民村的直接控制力度。
對此魯有時也都趕緊記了下來，這件事對他來說還算是好辦，現在移民村全部建立起了戶籍造冊，只要查一下冊子，便對村民結構一目了然，誰和誰是親戚，誰和誰是子佷關系，誰和誰是親家，誰又是族人，到時候隔三差五的調整一下，漸漸的就可以將其徹底拆散。
對于于孝天想到的這一點，魯有時也覺得很有道理，宗族管理雖然在這個時代陸上十分常見，但是卻弊端很大，很多大的宗族形成了很強的地方勢力，表面上听地方官府的指派，但是實質上地方官府卻只能管到這些宗族勢力屯堡的外面，根本無法管理到宗族的村堡內部事務。
甚至于有些宗族取代了地方官府，在他們的村寨之內，任意處置村子里面違反宗族規定或者挑戰族長權力的人，將其隨意處死，或者剝奪他們的田產，官府對此也無力過問，只能睜只眼閉只眼任其施為。
而且宗祖化的村落，有時候甚至于抗糧不交，官府追究他們也是陽奉陰違，實在是拖不下去的話，就買一些窮人去頂缸，被送到縣衙戴枷示眾或者挨一頓板子，等到過了交糧的期限之後，再花幾個小錢，把人贖回去，這一年的糧食也就算是扛了過去，就不用再交了。
官府甚至于連他們的田地數量，都無法搞清楚，以至于許多地方官府，在冊的人口不斷減少，需要交糧的田地數量也不斷減少，使得一些宗族越來越富，成為地方一霸，而地方官府只能將負擔轉嫁到其他小民身上，使得許多窮人越來越窮，富人越來越富。
于孝天能看到這樣的問題，說明他把問題看的已經相當深了，已經決意要在海狼地盤上，徹底杜絕這樣的宗族勢力的形成，以防出現陸上宗族勢力形成地方一霸的情況，將苗頭直接扼殺在萌芽狀態之中。
于孝天在巡視過了淡水城這邊大部分事務之後，還是沒有馬上離開淡水城，而是出了淡水城，到了城北一個偏僻的山坳之中。
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