兩天後，秦申隨著趙構從溫州啟程，前往臨安府（今杭州）。皇上出逃，總不是好事，一行人喬裝打扮，甚為低調，三天到達臨安，同樣不動聲色，悄悄進城。
第二天，臨安朝廷正式建立，秦申護駕有功，擢升為御史中丞，其余人等，均有不同程度的獎賞。
趙構深知南逃給軍民造成了很大的傷害，一連下了好幾道詔書，第一道為「罪己詔」︰因朕之德寡，無深謀遠慮，上不能當帝王之意，下不能得百姓之心，終于落到了流亡失所的地步……
第二道為「避殿詔」︰百官將士家屬未至，朕豈敢獨自偷安，朕將獨自居住于堂外，待士庶老小到達臨安之時，朕方可入寢殿……
第三道為「儉約詔」︰今後給朕的供奉必須菲薄，儀物、膳食等當一律痛加裁減……
「德不足以造福黎民，武不足以戡定戰亂。」秦申站在窗前，默念著詔書，看著窗外草長鶯飛，心中一片感慨︰趙構若真能如詔書所說，勵精圖治，不失為大宋之幸！
幾天後，左相李綱和禮部侍郎朱勝非，也匆匆趕到了臨安，李綱戎裝未解，直接闖進了秦申的院落。來不及問候一聲，他咄咄逼人道︰「秦申，偏安臨安府，是不是又是你的主意？！」
「李相說笑了，這是陛下自己的主意。」秦申恭敬道。
「那你為什麼不阻止？臨安，距離中原越來越遠，軍心民心頓失啊，這些道理難道你不明白嗎？！」
「明白。」
「明白為什麼還要這樣？！」李綱吼道。
秦申暗恨，這李綱老大不小了，怎地還這般脾氣！思想了一陣，道︰「李相，難道讓陛下回到中原，再來一次千里逃亡？到那時，恐怕不是民心失去不失去的問題，而是整個大宋將土崩瓦解啊！再說陛下和文武百官，已成驚弓之鳥，我有多大能力，說服他們返回中原？！」
「那也不能待在臨安啊！」李綱依然氣憤難平。
秦申氣道︰「臨安有什麼不好？！越王勾踐，就是在這里受盡屈辱，臥薪嘗膽，終成大業，以此為鑒，讓君臣明志，牢記中興之責任，這又有什麼不好的？」
李綱狠狠逼視了他一眼，嘆道︰「在哪個地方，老夫並不介意，老夫只是擔心苟安一隅，失卻了肩上這份責任啊。」
看著李綱花白的雙鬢，胸口一熱，整個趙宋，竟然淪落到靠兩個老人支撐前線的地步！他思索了良久，狠狠道︰「李相，我要權！」
「你已經是堂堂的御史中丞，還要什麼權？」李綱奇道。
「軍權！」秦申咬牙道。
「這個……」李綱疑惑地看了秦申一眼，道，「雖然老夫知道，目前軍心渙散……」
「何止是渙散，簡直是敗壞！」秦申打斷了李綱的話，憤憤道，「李相，楊沂中兩萬御營軍，抵擋不了金兵一個時辰，御營軍啊，皇上的最後一道屏障！還有張俊不戰而退，‘身先士卒’跑到了江南；劉光世部未接戰就已經潰散；韓世忠韓將軍也兵潰于沐陽，棄軍而逃，好歹還算抵抗了一陣……潰散的宋兵馬上又成了流寇，面對外敵望風而潰，面對百姓卻如狼似虎，這哪象是朝廷的軍隊！」
李綱垂下頭，深深嘆了一口氣，道︰「可是秦申，你要知道，帶兵打仗是另外一回事，而且，先祖有遺訓︰軍政不可一身。你從軍，這朝堂……」
秦申笑道︰「李相誤會了，不是我從軍，是我的人從軍！」
「誰？」
「周偉！」
「我知道，一直護衛你的那個是吧，功夫頗高。」
「李相，他不光功夫頗高，也是在宗老將軍手下做過部將的人，只不過後面潰散了，後來在五馬寨遇到了我，收在身邊。」
「原來是這樣，容老夫考慮考慮，軍隊，確實該好好整治整治了。」
秦申舒了口氣，點頭道︰「李相，揚州之圍，怎麼解的？」
李綱微微一笑，輕描淡寫道︰「幾個毛賊圍城而已，說不上解不解的，圍了兩個月，自然退兵了。」
「金兵沒攻城？」
「攻了，小打小鬧。」
「傷亡呢？」
李綱一陣落寞，嘆道︰「我們傷亡兩千余人……」
傷亡兩千，還是守城所至，這哪里是小打小鬧啊！秦申的眼前，仿佛又看到了城牆上慘烈的場景，怔怔地盯著眼前的老人，良久無語。
第二天上朝，李綱上殿謁見，磨難之後，君臣相見，自然又是一番感概萬千，禮畢，李綱上書道︰「陛下，國家危難之秋，朝綱敗壞，軍心渙散，文不能立國，武不能護主，王者之師，竟不能保全陛下之萬一，兩萬人馬，望賊而潰，終至陛下倉促南渡，致使士大夫棄其家屬，五軍將士失散，殿前都指揮使楊沂中枉負聖恩，難當此任，陛下明查！」
趙構在相州成立大元帥府時，將所部編為前、後、左、右、中五軍，各軍設統制官。即位後，險惡的形勢讓他不得不暫時將樞密院和三衙暫時閑置在一邊，設御營軍，以殿前都指揮使執掌，正、副使以下是都統制。
殿前都指揮使，相當于首都衛戍部隊，直接听命于皇上，是趙構身邊最為依仗的力量。而這支軍隊，在戰事中竟然如此不堪一擊，趙構正為此事煩悶，連最精銳的禁軍都保護不了他，還能指望誰？
听了李綱的上書，雖很有點舍不得楊沂中這個跟隨身邊出生入死的悍將，可自身的安全始終是大事，沉吟了片刻，道︰「準奏！免楊沂中殿前都指揮使一職，改任……前軍都統制！」
趙構還是舍不得楊沂中啊！秦申暗想，不過楊沂中也算一員猛將，自己迫不得已而為之，能讓他在軍中有一席之地，也算不錯，只是前軍已經在東平被打得潰散在各地，楊沂中這個都統制，完全是個光桿司令。
趙構說完，對李綱道︰「李卿，你看朕殿前之軍，何人統領為好？」
李綱拜道︰「陛下，殿前之軍，非同小可，非德才兼備之人不可，御史中丞秦申，多次出奇謀，以身侍敵，殺伐果斷，不惜以船撞賊，解救陛下于危難，老臣以為，此職非秦大人莫屬！」
秦申，前有母妃極力舉薦，今有左相親眼有加，更何況在南逃中的表現有目共睹，趙構大悅，馬上喝道︰「準奏！」
這下不光是汪伯彥傻了眼，就連秦申也傻了眼，疑惑地把頭轉向李綱︰我他.媽放著朝廷三公不做，去做個鳥都指揮使干啥？！這到底是升還是降啊！
李綱遞給秦申一個神秘的笑容，道︰「秦大人，還不謝恩？」
秦申暗恨，正要出列，汪伯彥率先跳了出來，奏道︰「陛下，秦大人已是朝中重臣，先祖有訓，軍政不可兩全，秦大人雖年輕有為，但御營軍非同小可，事關陛下安危，陛下三思啊。」
趙構聞言，點頭道︰「有理。」秦申剛剛松了口氣，只听趙構繼續道︰「李愛卿，把馬伸趕快召回來，升任侍御史，御史台的事務，就由他先代理吧，秦申……先兼著中軍都統制。就這樣定了！」
趙構又在玩折中了，既不讓秦申在軍中一步登天，又讓他兼管其中最重要的一支。皇上一言九鼎，秦申只好拜謝龍恩，出了朝堂，依然在迷糊中，拉著李綱道︰「李相，我這御史中丞，到底是免了還是沒免？」
李綱哈哈大笑︰「看詔書，詔書上說免了，那就是免了，沒說，那就是沒免，哈哈哈……」秦申端著詔書看了半晌，也沒找到「御史中丞」四個字，郁悶地搖搖頭，向府中走去。
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