朱棣攻下金陵的第二天，聚集在南京的諸王及群臣便上表，勸其登其就帝，朱棣略做推辭，便也依允。再一日，朱棣謁孝陵（朱元璋墓），眾臣備好法駕，奉了寶璽，呼迎萬歲。歷志多年、奮戰四載的朱棣終于坐上龍輦，登殿即位，完成了他夢寐以求的帝王之志。隨後朱棣下詔，將建文四年改為洪武三十五年，明年即為永樂元年。
做了皇帝的朱棣首先恢復周王橚、齊王榑等人的爵位，草草安葬朱允文（事實上皇宮中根本沒有找到朱允文的尸體，只是找了具燒干的黑尸，對外宣稱是建文帝而已。這事後面還有交待。），便開始了瘋狂的報復。在隨後的日子里，殺齊泰、黃子澄、方孝孺、鐵鉉等多名建文舊臣，滅其族，以妻女入教坊司充為妓女，株連家眷、好友其計一萬多人。
朱棣登基後，殺人之多，手段之狠，為歷朝歷代慘殺敵對方官吏臣下之最重，不但建文朝不降的一個不剩，便是歸降了的，他也不曾放過。第一個帶兵征燕的老將耿炳文，歸降之後僅僅在朱棣稱帝的第二年，刑部尚書鄭賜、都御史陳瑛便劾其衣服器皿有龍鳳飾，玉帶用紅，僭妄不道，耿炳文自殺。其長子璇，曾任前軍都督僉事，娶的便是懿文太子長女江都公主，更是在永東初年便坐罪論死，其他兩個兒子也不得善終；相對于耿炳文，第二次帶兵伐燕的李景隆處境要好一些。他在戰場上草包，又是最早打開南京城歸降的重臣，朱棣自然不能太的虧待于他，登基之後被授以奉天輔運推誠宣力武臣、特進光祿大夫、左柱國，增歲祿千石，朝廷有大事，李景隆猶以班首主議，可謂風光一時。永樂二年，周王首先出來告發他建文時至邸受賂，馬上刑部尚書鄭賜等人便劾他包藏禍心、蓄養亡命、謀為不軌。這時候的朱棣故意做了個樣子，下詔命下面不要提這些舊事，但是事過不久，成國公硃能、吏部尚書蹇義與文武群臣，大殿上劾李景隆及弟增枝逆謀有狀，六科給事中張信等復劾，這次朱棣動了真的，下詔削其勛號，絕朝請，不過還是讓他以公歸第，奉長公主祀。又過了不久，禮部尚書李至剛等人又道︰「李景隆在家，坐受閽人伏謁如行君臣大禮，是大不道；增枝多立莊田，蓄僮僕無慮千百，意叵測。」于是李景隆被奪爵，沒其財產。絕望中李景隆絕食幾日盡然不死，一直活到永樂末乃卒；李景隆之後對朱棣能夠形成威脅的建文將領當屬盛庸與平安。朱棣入京後，盛庸見大事已去，以剩余力量歸降，被朱棣命以守護淮安。永樂元年，千戶王欽揭發盛庸的罪狀，被朝廷馬上進為欽指揮同知，于是看出苗頭的都御史陳瑛上本劾盛庸有怨氣、有異圖，盛庸無奈自殺；平安被俘之後，朱棣愛其才勇，不忍馬上殺他，選了精銳卒衛將其押送北平，交朱高熾看管，並囑咐善待他。等到朱棣即位，詔平安為北平都指揮使，後又進行後府都督僉事。永樂七年三月，朱棣巡視北平，在奏章上見到平安的名字，對左右說︰「平保兒尚在耶？」平安聞之，遂自殺。當然，這些都是後事了，由于是本書出現的重要人物，在這里對其命運作個交待。
建文帝忠臣中惟一能夠善終的，只有魏國公徐輝祖。朱棣即帝之後召見他，徐輝祖在大殿上一言不發，只道自己是功臣之後。由于他是中山王徐達之子，又是徐皇後的親弟，家有免死的誓書鐵券，朱棣免其一死，革其祿米，把他一直軟禁在家。
登上了皇位、殺了個痛快的朱棣終于想到還有另外一件極為緊迫的事應該馬上去做，那便是分封有功之臣，但是具體要封誰、怎麼分，他遲遲沒有態度。這一天應招而來的姚廣孝進入大殿，卻發現那里只有朱棣一個人默默沉思，他不敢打擾，只好躬身站在一旁。
「廣孝，你說一班功勛之中，誰當第一？」沉思中的朱棣突然發問。
姚廣孝想了一想，躬身道︰「若以謀劃、貢獻，飛龍不做二人之選；若論軍功，高煦與張玉當有一拼。」
朱棣搖頭，回了身笑道︰「做人自當公平于心，朕這四年交戰，無論謀劃、軍功與貢獻，飛龍都是位列第一，我這個二弟可是個大功臣呢。」
姚光孝忙道︰「皇上說得是，飛龍卻非凡凡之輩。」
朱棣抬頭上望，半天才道︰「前幾天遷懿文太子陵園，有一個發現著實讓人吃驚，廣孝猜猜會是什麼？」
懿文太子便是朱標，也就是朱允文的父親，由于他死于朱元璋之前，並沒有做過一天的皇帝，朱允文登基後追封其父為興宗孝康皇帝，到了朱棣朝自然要被打回原形，遷出皇陵了。可是這里面又能發生什麼事呢？不就遷個墳嗎，難道會是，，，，，，有了朱允文的下落？姚廣孝不敢亂想，只好搖頭，道︰「臣確實猜不出來。」
朱棣冷哼一聲，道︰「你想想，福臨那丫頭死後葬在那里了？」
姚廣孝驚得冷汗直流，半天後才敢小心地道︰「不會是……」
朱棣怒道︰「什麼是不會？再不會發生的事到了孟飛龍的手里，也就會了。」
姚廣孝驚道︰「飛龍怎能如此糊涂，這可是欺君之罪呀。」
朱棣嘆道︰「他能由皇宮中救出秦雪情，又敢在朕的面前騙走福臨，天下還有什麼事是他不敢做的？」
姚廣孝心中暗嘆，這人太也膽大，低了頭不敢答言。
朱棣跺著腳嘆道︰「飛龍是朕的兄弟，是我大明中興的第一功臣，卻又做出這樣大逆不道、滅絕人倫的事來。集大功大過于一身，飛龍！飛龍啊，你讓我對你如何是好？」
半天之後，姚廣孝小心地道︰「萬歲，臣仔細想了想，是不是飛龍無意于朝中伴架？」
朱棣驚奇地道︰「何以見得？」
姚廣孝道︰「聖上請想，飛龍救了福臨郡主，他又將如何安置于她？」
朱棣似有所思，半天道︰「你是說，到了南京……」
姚廣孝點頭，道︰「正是。如果飛龍進京就職，一個福臨郡主他是藏不過去的。」
朱棣搖頭道︰「別人或許不能，他卻有辦法。」
姚廣孝總算模清了些頭腦，向前道︰「聖上不知記不記得，當年我們北平議事，飛龍就曾表示過這個意思。」見朱棣沉思不語，姚廣孝道︰「萬事開頭難，如果飛龍有了說法，其他人也就能安靜下來了。」
朱棣道︰「我就是為飛龍這事作難呀，先生何以教我？」
姚光孝道︰「聖上不妨把飛龍請來，放魚與熊掌于案上，請飛龍自選。」
朱棣點頭，笑問︰「你以為他會選那個？」
姚廣孝道︰「應該是老馬識途吧。」
看朱棣還在猶豫，姚廣孝道︰「英雄氣短，兒女情長，飛龍這一生怕要被個情字纏住了手腳。」
朱棣默默點頭。