8月5日，程璧光與海軍第一艦隊全部抵達廣州。國會議員應孫文電邀，也有150多人到達廣州。但這個數字仍不足法定人數，但眾人認為護法誓在必行，于是決定按照法國的先例，召開「非常國會」。
8月25日，國會非常會議在廣州正式開幕，孫文被選為中華民政府大元帥，唐繼堯、陸榮廷為元帥。
在軍政府里，有幾個值得注意的軍界人物。李烈鈞做了總參謀長，許崇智做了參軍長，陳炯明做了第一軍總司令。他們三位都是革命元勛，蔣志清此時還排不上位置。
陳炯明被賦予第一軍總司令的職務，但他只是個光桿司令。孫文希望他成為一個名副其實的司令，他現在總算知道自己手里沒有軍隊是干不了事情的。于是，他派胡漢民跟朱慶瀾去談，希望把陳炯明過去的那20營部隊還回來。
此時的廣東其實是桂系的地盤，督軍陳炳焜是陸榮廷的把兄弟和第一干將，他早就惦記著朱慶瀾的部隊。朱慶瀾索性將20營警衛軍交給孫文，並提議由陳炯明擔任省長公署親軍司令。
孫文在廣州所作所為，西南軍閥都當做笑話來看。但听說孫文要拿走這20營部隊，陳炳焜立即瘋了，馬上出動部隊，將陳炯明的司令部團團圍住，繳去司令大印。親軍司令才做了一天，陳炯明便被逼出走，跑到香港避難。隨即。陸榮廷又親自操縱廣東省議會選舉，將李耀漢推上廣東省長的寶座，又將朱慶瀾逼走。
孫文長嘆一聲道︰「難道搞支部隊就這麼難嗎？」
孫文無奈，而陳炯明則被氣得臥病在家。眼看孫文的建軍計劃又成泡影。
天無絕人之路。現在能夠幫助孫文的是段祺瑞。
1917年，張勛復闢，各派勢力組織護法勢力驅逐張勛，並順便謀求自己的利益。
最先獲利的是段祺瑞。他在北京附近擁有支持自己的軍事力量，他于馬廠誓師，帶著5萬軍隊打進北京，一下就將張勛軍驅逐了。段祺瑞回到了北京，卻沒有恢復原來的政府、議會和總統，而是另組臨時參議院。段祺瑞的作為，讓那些失去議員津貼的老國會議員們不滿。還有那些對段祺瑞強勢政府心存余悸的南方實力派們也很不滿。
孫文號召反段的力量在廣州集結。最先響應的是程壁光和他控制的第一艦隊。
一個新問題又出現了，這些來參加護法的人究竟就是支持孫文，還是支持護法。孫文和其他人的理解不一樣。產生分歧也就很正常了。護法勢力中，最有聲望兩個人，一個是黎元洪，一個是孫文。對于大多數人來說，他們支持黎元洪恢復總統的位置。可是，黎元洪遠沒有支持他的那些人那樣的熱情，他不願意南下，而更願意在天津當炒房、炒股的商人。
黎元洪不願意南下，于是只有孫文可以擔任護法的代言人了。♀但是護法各派卻希望護法政府和原來的護一樣，大家成立合議制的機構。也就是說。並不是一人說了算，而是遇事協商解決。這與孫文的想法不一樣，他希望護法政府中，一切由他決定。
聯合各派的護法運動實際上已經出現分裂。
段祺瑞主張武力統一，對南方采取不妥協政策，派傅良佐坐鎮湖南，吳光新進駐四川，馮玉祥部進兵福建，從三個方面進擊南方。
陸榮廷對北軍咄咄逼人的攻勢頗為忌憚，擔心後院起火，于是主動緩和與孫文的矛盾，將那20營人馬終于給了陳炯明，但前提是陳炯明領兵去打福建。同時，陸榮廷調走了陳炳焜，而以部將莫榮新做了廣東督軍
從長遠看，這次交易，陸榮廷不合算。軍隊遠比地盤重要，有了這支部隊，孫文的革命事業迎來了新局面，而且最終把廣東也拿到手里。
盡管孫文命令不能出府門，但他卻制定了一個會師武漢、大舉北伐、統一中國的宏大計劃。他制定的這個計劃，其實是以蔣志清原先的計劃為藍本的。
9月1日孫文在廣州開基立業之時，蔣志清便將一份寄往廣州。蔣志清之所以能這麼快將計劃送到孫文面前，當然是在劉慶斌提醒下，早早制定出來的。
蔣志清對敵我態勢進行了最樂觀的估計，認為我強敵弱，建議護法軍應北進湖南，再克武昌，掃清長江一帶，然後直搗「黃龍」——北京。這一計劃，環環相扣，嚴密無缺，孫文看後大為欣賞，隨即采納。
當然，孫文終其一生也無法完成這一計劃，還是多年之後蔣志清親自把經完成了。
許崇智也是帥才，不能久在陳炯明之下。于是，孫文讓陳炯明撥出四營，讓許崇智組建粵軍第二支隊。
陳炯明對蔣志清早有耳聞，因此請求孫文派蔣志請到粵軍參贊軍機。
孫文隨即給蔣志清發去急電，讓他速到粵軍報到。蔣志清在粵軍的第一個職位是一個重要的崗位——作戰科主任之職，上校軍餃。
蔣志清到廣州見過孫文，即匆匆趕到汕頭粵軍司令部。此時，北軍正急攻衡州，戰局危機。
陳炯明有意試探蔣志清︰「志清，現今廣東危在旦夕。敵軍大舉進攻衡州。衡州為粵、桂、贛三省通衢，他們佔了衡州，我軍防線洞開，敵軍必兵分三路，一路攻廣西桂林，一路攻廣東韶關，一路攻江西贛州，然後合攻廣州。因此，我以為，應該集中主力死保衡州。你意如何？」
蔣志清搖了搖頭，又擺了擺手道︰「不可，不可。」
陳炯明驚問其故。
蔣志清道︰「湖南戰局，沒有那麼嚴重，我軍大可不理。」
「什麼？不理？」陳炯明驚得眼珠子都快掉了出來。
蔣志清胸有成竹地走到地圖前，道︰「我軍應以主力進軍福建，只要拿下漳州、龍岩，廣西、廣東和福建便連成一片，敵軍便會落入我軍的反包圍之中，他們即使拿下衡州，又何敢向我前進一步。這叫敵進我進，他們的家當比我們多，他們南來就來，我們不管，反正我們要北去。」
陳炯明一听，不禁醍醐灌頂。
蔣志清又道︰「同時，假如貴州、四川、雲南方面能夠與我們配合，進擊湖北荊州、宜州，擾敵之後，敵軍軍心必亂，我軍即可趁勢反攻了。」
一席話說得陳炯明二人心悅誠服，陳炯明上前拍了拍蔣志清的肩膀，道︰「志清真乃我之子房也。」
蔣志清聞言，微有不悅，道︰「我希望尊駕做孫先生帳下的韓信，鄙人做樊噲就不錯了。」
蔣志清將遞給陳炯明，道︰「這是我在路上寫的。剛才說的話，都在上面。待我去前線看看，回來再制定作戰計劃。」
轉天一大早，蔣志清即赴黃岡、潮安、三河壩、松口、蕉岑前線視察，隨即擬定。
蔣志清回來後對陳炯明道︰「我軍應盡快拿下福建。福建易守難攻，又位于江西側翼。我們在福建，北軍斷不敢深入廣東，如此我軍可立于不敗之地，而後可謀制勝之方也。」
陳炯明聞言大喜，當日即下達總攻擊令，兵分三路，進擊福建。
按照蔣志清的計劃，粵軍以許崇智部為左翼，以鄧鏗、洪兆麟部為右翼，陳炯明親率4個支隊為中路。
許崇智辛亥時就是在福建起家，閩軍中有不少他的老相識。在他的努力下，有一營人馬反正，因此許崇智進展迅速，率先殺入閩境，連克武平、上杭。
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