說實話，王一對中亞地區的歷史並不了解，只知道從西漢到西晉在那邊都有領土，後來又逐步失去，到唐的時候再次收回，然後又失去，中間幾次易主，一直到大清才又回歸。為了了解其中的詳細情況，王一專門請來了這方面的專家，詢問一番後，才算有了一個大致的概念。
就在王一穿越前後那十幾年時間，新疆出了一次阿古柏之亂，後來左宗棠前去平定新疆，雖然最後算是取得了成功。不過也因為俄國的介入，致使大清失去了伊利以西的大片領土。在後世的時候，兔子拿回來了帕米爾高原的一小塊領土，只是與失去的相比，還是回來得太少了一些。
說起阿古柏之亂，就不能不提乾隆年間的大小和卓之亂，這是清朝統一戰爭中的最後一仗。
和卓原本是對伊斯蘭教先知穆罕穆德後裔們的稱呼，意思就是聖裔，與阿拉伯語中的賽義德是一個意思，後來專指德高望重的人。而在喀什噶爾，也就是唐初安西四鎮之一的疏勒，後世的新疆喀什，和卓指的就是新疆回部白山派的喀什噶爾和卓家族。
大小和卓是兄弟兩人，雖然叫做喀什噶爾和卓家族其實他們算不上土生土長的新疆人。他們的祖先是中亞納格什班迪教派的領袖瑪赫杜米*阿札木，本名艾哈邁德*卡薩尼。瑪赫杜米*阿札木是其尊稱，意為「偉大導師」。至于再向前追溯祖先是誰，就眾說紛紜了。瑪赫杜米*阿札木的子孫後來分成了敵對的兩支——黑山派和白山派。明代中期，黑山派和卓得到葉爾羌汗國王室的支持，成為西域天山南路的穆斯林宗教領袖。明末清初，白山派領袖瑪木特*玉素布從中亞來到喀什噶爾（今喀什市）傳教，後來被葉爾羌汗和黑山派驅逐。其子伊達雅圖勒拉先到甘肅，後來輾轉來到了西藏，尋求達*賴喇嘛和蒙古準噶爾部的支持。
說起來他也成了帶路*黨，把準噶爾汗噶爾丹引領到了葉爾羌汗國，最終推翻了原本汗王伊思瑪業勒的統治。扶植了一個傀儡政權。而伊達雅圖勒拉自己則驅逐了葉爾羌的黑山派首領，開始號稱「阿帕克和卓」。而喀什噶爾和卓家族，也就是阿帕克和卓家族開始正式登上歷史舞台。
隨著阿帕克和卓家族的日漸崛起，伊達雅圖勒拉與葉爾羌汗國的統治者產生了矛盾，後來兩方大大出手。大概在1692年，阿帕克和卓戰勝了葉爾羌汗馬哈麻特*額敏，控制了喀什噶爾、葉爾羌等地。兩年後阿帕克和卓去世，權利開始出現真空，喀什噶爾一帶陷入葉爾羌汗、白山派、吉利吉思（布魯特）和各地伯克的混戰之中。
當策妄阿拉布坦繼任準噶爾汗後，天山南路被置于他的直接統治之下，黑山、白山兩派的和卓後裔誰都沒落下好，全都被遷至伊犁（今伊犁州霍城縣）一帶囚禁。到了噶爾丹策零在位時，又任用黑山派和卓達涅爾管理葉爾羌、喀什噶爾等地事務。此時，阿帕克和卓之孫瑪罕木特已在囚禁中死去，其二子波羅尼都和霍集佔，被囚禁于伊犁東北的額林哈畢爾噶，由當地準噶爾宰桑阿巴噶斯、哈丹兄弟看管，而這被囚禁的二兄弟就是大小和卓。
1755年，當乾隆平定準噶爾叛亂的時候，波羅尼都和弟弟霍集佔領著三十多人投靠清軍。伊犁平定後，清朝命令他們返回南疆，招撫舊部，統領維吾爾民眾，主管伊斯蘭教務。
不過其後就發生了阿睦爾撒納之亂，這人原本是清軍平定準噶爾時的定邊左副將軍，在平定完叛亂之後，清軍主力回撤。而阿睦爾撒納因為覬覦準噶爾汗國汗位，于是在赴熱河的過程中叛逃，後來與一幫人攻佔了伊利，只是很快就被平定。走投無路的他只得向西逃往哈薩克汗國，也就是我們說的哈薩克斯坦，不過因為與那里的汗王鬧翻，又被迫跑到了俄羅斯，結果沒多久就死于出痘。
只是他這一鬧不要緊，大小和卓兄弟中的小和卓霍集佔開始動起了自立為王的心思，而大和卓波羅尼都比較安分守己，不過後來被自己的兄弟牽連，也不得不走上了反清造反的道路。
因為這個地方從阿帕克和卓家族來了之後，一直戰亂不斷，人心扭曲，牆頭草都成了習慣。因此當清朝大軍陸續開到，雖然經歷了一些波折，但是大小和卓的實力畢竟還比不得此時的大清，所以叛亂沒有持續多久，就被消滅了。而大小和卓一看大勢已去，于是攜家帶口，在搜刮一些財物後，開始會和西逃
他們選擇的目的地有兩個，一個是浩罕汗國，一個是巴達克山。前者是中亞強國，不過去信之後，對方沒有回應。而後者位于後世阿富汗境內，最後成了唯一的選擇。而大小和卓只是在這里中轉，休整後前往痕都斯坦（克什米爾南部和巴基斯坦北部）。此時大清實力還很強大，傳檄于中亞諸汗國，通緝二人。巴達克山地區的部落也不敢招惹天朝，後來為了不給自己惹麻煩，把他們殺了。
因為此二人畢竟是伊斯蘭教先知的後代，所以部落里的阿訇反對將二人的尸體獻出，甚至威脅部落族長要去麥加聖地告狀，不過這也改變不了大清一絕後患的決心。
小和卓霍集佔沒有兒子，而大和卓波羅尼都的兒子被接回了大清，不過清廷沒有為難他們，送回北京，編入正白旗。
問題是波羅尼都還有一個兒子，名叫薩木薩克，本來準備也是如這麼辦，但是後來發現這人被調包，薩木薩克本人受到驚嚇，逃到了琿都斯（後世阿富汗的昆都士）。後來被浩罕汗國控制，清廷雖然幾次規勸其回國，但是都沒成功。
英國人曾經策劃幫他復國，不過薩木薩克在1820年死了，其子張格爾接過了他的未竟事業，在浩罕汗國的幫助下，又鬧了一出張格爾之亂，只是同樣以失敗告終，張格爾成了俘虜。
而我們前文說到的阿古柏，此人就是浩罕汗國派出來到反清分子，目的是要扶持張格爾之子布素魯克，謀奪新疆。沒想到偷雞不成蝕把米，布哈拉汗國趁此機會卻把浩罕汗國給滅了。