卻說那日巫妖大戰，打的是天棚地裂，不周山倒，蒼穹破裂，天河之水滾滾而下，那天河之水乃是九天渾水，便是鵝毛也不能浮于其上，大水傾泄而下，淹死了無數生靈，洪荒更是幾近崩潰。
且不說這些，當日巫族大部分族中戰力被眾祖巫帶著沖上了天庭，大部分的大巫都在巫妖大戰之時戰死，後來也有不少死在周應龍的手上，但後來月神嫦曦的出現，卻遏制了周應龍的大開殺戒，這些余下的大巫，因而得已幸免。後大戰過後，這些大巫出去尋找過族人，卻哪里還有巫族的影子，當下，一部分巫族返回祖巫殿，鎮守不出，另外一批則流落洪荒，眼下祖巫盡喪，這些大巫再不敢以巫族自居，無奈只好帶著剩下的族人一起，隱姓埋名，自稱九黎部落，和人族混居起來。
經過了千多年來和人族的融合，九黎部落也發展有了上千萬之眾，因為有了巫族血統，九黎部落民風尚武，個個身強力壯，武藝高強，卻不遵教化，性格極是蠻橫，斗毆乃是常有之事。因此，天皇伏羲與地皇神農教化萬民，卻是沒有能普及到九黎部落。
巫妖大戰中，第十三巫祖巫重山雖然身死，卻並未如其他巫族一般死後歸于天地。這重山是巫族的一個異數，死後，一點兒真靈飄飄蕩蕩來到地府，在陰間流落，後來經過巫族以祖巫精血牽引，投入六道輪回盤中，生于九黎部落，名為蚩尤！
一日，蚩尤外出打獵，一路直入深山當中，卻沒有獵到任何動物，卻不是因為他打獵不行，平時蚩尤仗著本領高強，所獵之物在族中最多，今日卻一個獵物也沒有看到，蚩尤大奇，不信邪，便往森林深處行去，誓要打到獵物。
正當行走之時，忽然前面一片開朗，只見一把黑色長刀插于土地當中，那刀殺氣甚烈，方圓百丈之內寸草不生，蚩尤想這林中無鳥獸也必定是這把刀的殺氣所致。
蚩尤正想靠近那刀，那刀忽然一陣黑光環繞于體，刀身一陣鳴動，拔地而起，直往蚩尤砍來，蚩尤不趁防備，慌忙躲過，卻也被刀割破了手臂，鮮血濺于刀上，刀身一陣顫抖，由黑轉成血紅色，飛于蚩尤頭頂轉了三圈後，又直落于蚩尤面前。蚩尤心道好險，好在此刀無意間被認主了，不然，小命今天就交代在這兒了。
蚩尤心念一動，那刀卻是直接飛到了蚩尤手中，蚩尤手一接觸那刀身，頓時感覺到一股冰寒氣息直接由刀上向腦海內傳去，腦袋內轟隆作響，片刻後，蚩尤卻是將自己的前世今生全部記起。
原來這刀正是當初重山手中的虎魄刀，因還殘留有重山的執念，所以一見著巫族中人便殺了過來，卻不想被蚩尤無意間認主了，在虎魄刀的刺激下，蚩尤卻是覺醒了血脈，記起了前塵往事。
記起了往年舊事，蚩尤便找到九鳳，述說了發生在自己身上的經過，九鳳也是大喜，這蚩尤血脈覺醒之後，修為暴漲，成就大巫之體，九鳳以前也和蚩尤相識，此時巫族祖巫盡去，只剩幾名大巫，現在多一名蚩尤，當然高興不已，于是九鳳就將九黎部落交給蚩尤管理，自己居于蚩尤之下。
畢竟蚩尤當年可是祖巫之下有數的大巫之一，法力神通在大巫之中堪稱無敵，便是九鳳自己，也自認不如。後來重山成為第十三祖巫之後，兩人的差距更大！
蚩尤想要重振巫族當年風光，卻又無甚好方法，如今人族佔據天地主角，又有各教聖人相護，巫族祖巫皆亡，就是幾教聖人對手，不能行那莽事，蚩尤苦思之下，終于想出一法。以九黎部落為基，統一人族，借人族氣運重興巫族，此乃人族內事，那些聖人也不好直接出手，這樣在巫族現在所剩不多的幾名大巫相助之下，一舉奪得人皇之位，便能再興巫族。
想到這些，蚩尤召開九鳳，對她說了他的想法，九鳳也是大喜，自是無有不應。蚩尤又召集族內修為較高的九九八十一名巫人，根據十二祖巫的十二天都煞神大陣，將八十一名巫人聯合起來，一起練成了玄陰煉魂大陣。
自己親自手握蚩尤魔刀主持陣眼。蚩尤魔刀即是那虎魄刀，如今在蚩尤手中，自然要改過名來。九九寂滅大陣雖不如十二天都煞神大陣那般毀天滅地，但也是威力巨大，殺氣沖天，足可稱得上是曠世無敵，配合起蚩尤手上的蚩尤魔刀施展開來，怕是一般準聖級別者也只有逃命的份。
軒轅在接替人族共主後，一系列惠民政策下來，人族發展更盛；而九黎部落在蚩尤覺醒後，走上了對外擴張的過程。軒轅想將人族政策向九黎部落普及，自己好成為真正意義上的人族共主；而蚩尤視軒轅人族為巫族發展大敵，巫族要再度稱雄洪荒，則必須將軒轅人族打倒。軒轅部落與九黎部落在接壤之地就不可避免的發生了沖突，後來愈演愈烈，大戰一觸即發。
蚩尤為了重振巫族榮光，自然要爭奪軒轅的人皇之位，軒轅當然也不會束手就擒，雙方都各自準備大戰的需要。
人族當中，軒轅正吩咐部下準備糧草，物資等，此次軒轅已經決定要處蚩尤大干一場，他認為，蚩尤領導的九黎部落不服管教，不遵教化，純粹是蠻人部落，要將九黎部落打怕了才行。不過軒轅倒也沒太重視九黎部落，他現在身為人族共主，手下領數百萬精銳大軍，在他想來，九黎部落不過數千萬人口，最多只有百來萬軍隊，決對不是他的對手。
這倒是軒轅的失誤了，軒轅自出生以來，雖然驍勇善戰，但多不精通兵法軍事，且做上人族共主之後，便有些驕傲自滿的狀態。此前的人族並未經過什麼大戰，軍隊能力並不強，而九黎部落有巫族血脈，族中人個個凶悍異常，論單兵作戰能力，軒轅手下的大軍決不是九黎部落士兵的對手。
九黎部落中，蚩尤也在和九鳳商量大戰之事。
蚩尤道︰「如今我方與軒轅部落大戰在及，此戰我方必定要打個大勝仗才行。」
九鳳也點點頭道︰「我九黎族人倒也是個個驍勇善戰，但我方畢竟人少，不比公孫軒轅，他為人族共主，名言上所統領的人數比我方多的多，我九黎族人死一個就少一個，不比他們，還得想個法子才行。」
蚩尤也停頓一會兒，又笑道︰「這我倒不擔心什麼，這公孫軒轅黃毛小子一個，倒也不怕他，便是人多又如何，想當年妖族比我巫族多多少人？數量是我巫族的幾倍，最後若不是那太一使詐，最後的勝利一定是我巫族的。」
九鳳也笑道︰「這倒是我們擔心了，不過還得小心才好，且先看看這軒轅采取什麼戰術，我們再來應對。」
且說軒轅整理好軍隊以後，便召集手下將領伯羿，田風，象魯三人，各領一百萬大軍以分兵包圍之勢，相互配合，步步為營，準備一步步將九黎部落圍剿。
伯羿三人自是欣然領命，這三人也是闡教三代弟子，皆有真仙修為，因帝師乃是廣成子，所以三人平常都是驕傲無比，雖是同門，卻也有些攀比之心，都想在此戰中嶄露頭角，一舉得到廣成子的親睞，好在闡教爭的更重要的地位。
且說伯羿等人的大軍分為左中右三路聯軍，伯羿居中路，田風左路，象魯右路，本來軒轅也想親自上陣，但伯羿等人如何肯讓他親自出馬，若是軒轅出戰了，那這次的功勞就不算他們的了，怎麼能借此機會達到他們心中的目的，便以九黎不堪一擊，人皇出手太過小題大做為由將軒轅留在了部落中。
三人都打了同樣的心思，都想先聲奪人，立那頭功，紛紛下令軍隊加快速度前行，以便趕在對方的前面先一步將九黎軍隊打敗。
蚩尤在得知此情況後大樂，心道此戰勝了。想蚩尤前世便為巫族大巫，又是以智謀著稱的巫師，大戰小戰無數次，戰斗經驗豐富無比，豈是伯羿三人這等只知修仙煉道，爭權奪利之人的可以比擬的。
九黎部落有大軍兩百萬左右，蚩尤下令，集一百萬大軍，大軍也分三路，一路領三十萬大軍迎上伯羿，待相互踫面後穩打穩守，盡量拖延他們的行軍路程，但不可與之硬踫硬；一路領五十萬大軍，攻田風所領左路大軍，只能根據地勢嚴守，不得出戰，盡量將對方阻在路上；一路領二十萬大軍，于路上攔迎象魯所領大軍，踫面之後稍作爭戰便退，一路疾行，不得戀戰。
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