巨人在混沌之中創造了世界，作為眾神的始祖，他的名字叫盤古。在遙遠的神話時代，眾神堅守著各自的榮耀與傲慢，頻繁進行著斗爭。最後的勝利者是自稱「昊天上帝」的神明，他統治天界的神國。在地面上，女神女媧用自己的血肉創造了人類。與女媧共生的大神伏羲將自己的智慧賦予了這個新生的種族。
然而這個種族比神明更加好戰，炎帝神農氏統治之時，人類部落的戰爭愈演愈烈。在戰爭中迅速崛起的華夏族首領公孫氏，人稱軒轅的聖者，帶領部落戰勝了神農，成為了人類的新領袖——黃帝。距今約4600到5000年前的九州大地上，曾發生過一場人、神、魔之間的決戰。人皇軒轅黃帝率領著華夏一族，與神明簽訂了永久的契約。神明們認可了華夏族，賦予他們神奇的力量——軒轅劍。借用神器的力量，華夏族最終戰勝了魔神蚩尤為首的九黎一族ˋ，成為了這個世界新的主人。但軒轅卻在思考︰人類應該被神明所支配嗎？而由盤古元神化成的三位真神——老子、原始、通天，也同樣爭論著人類的未來，三位真神的討論持續了千萬年。直到由神靈直接參與的封神之戰爆發。強者們引起的新斗爭的不斷擴大，古神鴻鈞在世界之外旁觀。他趁機將眾多神明騙到混沌的結界之外，封印了眾神；但是神明的血脈卻留在了地球上，成為被稱為神器的力量。很自然，不甘失敗的神明想借助擁有神器的人們的幫助重新回歸世界。轉眼間，數千年的時光逝去。人類逐漸遺忘了上古時代所簽訂的神契，在眾神早已離開的現代，發展著自己的科技文明……然而，千年前的契約隨著華夏一族的血脈流傳了下來，當神器再次在體內覺醒的時候，便是眾神回歸力量與意志的時刻，也是人類成為「初子」，被烙上神之奴隸的刻印的時刻。破除這奴役鎖鏈的關鍵鑰匙，掌握在一名少年手中，破壞與無序，他是混沌之子——華煉！
九黎——繼承蚩尤血統的後代存活了下來，有些異變為妖魔，生生不息地繁衍著，威脅著整個世界。擁有洪荒神器昊天塔的昊天以及擁有「鑰匙」的華煉接管了一個名為「影」的初子組織並更名為九州，下設聖尊，五大祭祀，十八神將的等級制度，並自詡為聖主及聖子，目的是集齊十大神器迎接眾神的到來，淨化這被西方十字教把持的世界。在一次戰斗中，聖子華煉無意間發現了被九黎封印的少女夏綾，從此開啟了她的第二次生命……一年以後，擁有十大神器之首——盤古斧的夏綾戰果累累，並被聖主昊天封為盡次于聖主，聖子之下的聖女，並與聖子華煉在戰斗中萌生了情感終于，殘酷的戰爭結束了，九黎被徹底擊敗！然而視九州為眼中釘的以羅馬正教為首的十字教趁九州眾人在外征戰襲擊了九州的老家——九重增城。聖主昊天命眾將回援，不了中了十字教的調虎離山之計，數位十字教的聖人與神之右席圍攻殿後的聖主，聖子和聖女三人。經過一番殘酷的戰斗，聖主昊天陣亡，聖女夏綾為保護沒有戰斗能力的華煉中了前方之風的天罰術式而死。傷心與憤怒集于一身的華煉對自己使用了鑰匙，解放了自己靈魂內本不應該有的第二件神器——混沌鎖。擊退了圍攻的十字教眾人，懷著對夏綾的執著，華煉為了尋找復活夏綾的方法帶著夏綾的遺體離開了九州。失去了三聖的九州人心惶惶，聖尊東皇太一，憑借自己強大的神器東皇鐘打退了十字教的進攻，接過亂成一團的九州，此戰役三聖盡數失去，十八神將戰死六位實力最強的，包括實力不亞于十大神器的十八神將之首善將，東皇太一帶領九州開始蟄伏，握有聖主昊天尸體的九州在學園都市的發起下，開始了天魂移植實驗的研究，希望借此讓昊天塔重回人間，並以成功後將昊天塔的初子作為人質為條件，換取與學園都市的戰略結盟，修身養息。