宇宙時代，人類的生活圈超越了地球周邊宙域並拓展到火星一帶。可是包括地球環境惡化等，好幾個人類從以前就存在的問題至今也沒有被解決︰根據遺傳基因調整被生出的「調整者」的出現；屢次發生的地殼變動的原因，是在深海處被發現並命名為「歐凡」的異星文明遺跡；還有對火星的殖民。
人們對新的時代還是充滿了期待，不過，太急劇的變化產生出對這一切的適應者和拒絕反抗的人。因為那個能力而被趕走到宇宙的調整者們建設了殖民衛星「Plant」。但是在調整者自身的統治下，害怕被分離的自然人反對Plant的獨立，嚴重加深了與調整者之間的對立。還有就是「歐凡」不知不覺稱中被自稱為「教化者」的人們進入，這個信息對大眾加以了掩蓋。
宇宙紀元69年
突然從木星方向飛來了謎般的無人兵器對~火星展開了侵略。在火星圈的大規模會戰中失敗的聯合軍在許多人還留在火星的情況下，決定將軍隊撤離。而這些被稱呼為「木星蜥蜴」的神秘侵略者向地球圈送去了無敵「郁金香」（推測可能是敵人的母艦），之後從那里面不斷出現敵人的兵器，地球圈進入了和敵人持久作戰的狀態。
地球上的戰斗也是屢次發生，趁著混亂時期為達到自己的目而開始活動的人也相繼出現。在這中，提出獨立自衛策略的奧布的行動被視作是對宗主國的叛亂，以大西洋聯邦作為核心的地球聯合各國以實力對調整者予以制裁的要求聲高漲了。
宇宙紀元70年
現在，在與不明對方原形的木星蜥蜴的戰亂以及Plant和地球聯合高漲的緊張對立中，尼加爾重工獨自建造的新型戰列艦「撫子號」的完成，故事，便是從一個少年與一個少女那意外的相遇開始……