研究所內，一個衣著白色大衣的老人站在桌子前對桌子上的三個紅白間的小球說道︰「今天是他們出發的日子，你們是不是特很期待？畢竟他們將成為你們的伙伴……」像是在呼應他一樣三個球晃動了一下。
「爺爺早安！」「博士早！」此時，兩個男孩推開門走了進來。
「是你們啊。」老人看向一個穿著紅藍色相間風衣的男孩著，「誒，阿浩你怎麼還戴著這個吊墜？」「嗯。」阿浩手握向了掛在胸前的吊墜。
「也是呢，這個吊墜可能對你有什麼特殊意義也說不定，可惜你失憶了。」老人說道。
此時阿浩握著吊墜的手握得更緊了。老人似乎覺得自己說錯了話，趕緊準一話題︰「對了，按你的要求我們研究了這個吊墜，因為技術有限，只知道了這個吊墜上瓖的藍色物質的成分是水晶，其他的就不得而知了。」
听到這里，阿浩的心如同水一般不斷翻滾，確實這個吊墜對他有著特殊意義，如果不是這個吊墜，他也不會來到這個名為神奇寶貝的異世界。阿浩本名叫王浩，是一名初三的學生，平時倒是喜歡玩關于神奇寶貝的游戲，和看神奇寶貝動漫。一天，他在一個古董攤上看到了這個吊墜，覺得挺好看的就買了下來。誰曾想他剛一戴上，吊墜突然閃出了一道藍光，然後就是去了意識。
而等他再醒來的時候，發現自己躺在一張白色的床上，而邊上就站著一個老人和棕發的男孩……老人和藹的說道︰「孩子你醒了。」
他定楮瞅了瞅面前這個老人，然後突然得出了一個驚人的結論︰「你該不會是大木博士吧？」
老人哈哈大笑說道︰「想不到我這麼出名，沒錯我就是大木博士。你叫什麼啊？為什麼會暈倒在鎮口呢？」
阿浩如同晴天霹靂一般我這是穿越了，怎麼會這樣，想著不能說穿幫了︰「我叫宇波浩，至于來自哪兒……對不起，我記不起來了。」就這樣阿浩把部分自己能想出來的都說了，剩下的便以失憶混了過去……
「想什麼呢？」棕發的男孩，也就是小茂拍了拍阿浩的肩說道，「別忘了今天是咱們新手訓練家來選擇一起旅行伙伴的日子。」「對，小茂說得對。」大木博士說道，「火系小火龍，水系杰尼龜，草系妙蛙種子。選一個吧。」
「阿浩你先選吧。」小茂紳士的說道。
「那我就選它了。」阿浩拿起精靈球一甩「就是你了，小火龍！」小火龍應聲而出，阿浩抱住了它。
「那我就是它了，杰尼龜！」小茂則是杰尼龜。「既然都選好了，那麼給他們起名字吧。」大木博士建議道。「我目前還不想起。」阿浩說道。
「就叫它小龜了。」小茂說道。
「那麼這是給你們的精靈圖鑒和精靈球。」大木博士說著將圖鑒和精靈球分別給了小茂和阿浩，「精靈圖鑒可以記錄你們所遇到的精靈。」「哦，謝謝。」*2
「那沒什麼事我就先走一步了，爺爺。」小茂不知道從哪兒拿出了書包，便向門外走去了。
「這孩子……」大木博士無奈道。
然後，外面傳來了美女和汽車發動機的聲音……真是沒變啊。阿浩默默吐槽道，然後對大木博士說道︰「那博士，我也去收拾收拾出發了。」便向研究所後面的宿舍走去。
阿浩在這個世界無依無靠，所有的東西就連衣服都是大木博士給買的……他將換洗的衣服放進了包里，然後戴上可以裝6個精靈球的腰帶，便也準備出發。
「博士，那我也出發了。」阿浩向大木博士打了聲招呼。
「嗯，這樣一來，除了那個孩子剩下的都已經出發了。」大木博士說道。
「哦？是誰呢？」不過阿浩似乎知道是誰了。
「還能有誰，跟小茂一起長起來的小智。」大木博士嘆氣道，「是個有些一根筋的孩子，今兒竟然還遲到了。」
「哦。」阿浩說道，「那我也走了？博士再見。」
「嗯，路上小心。」大木博士說道。
而當阿浩出了研究所的院子的時候，一個穿著睡衣的男孩匆匆跑進了研究所……而這個人就是小智。真新鎮口，阿浩站在那兒久久的望著，然後突然一個瀟灑的轉身︰「別了真新鎮，我夢開始的地方。」……
此時，「什麼？！！全部都被人拿走了……」穿著睡衣的男孩依次打開了桌子上的三個精靈球，然後發現里面全是空的。
「因為你來晚了，都被人選走了。」大木博士和藹的說道。
「可惡，我明明想好的，結果全沒了。」男孩苦惱的說道。
「不過這里還有一只哦，只不過有一點點問題。」大木博士說著打開一個裝置拿出了一個印有閃電符號的精靈球。「什麼啊？不過只要是精靈就行。」說著男孩伸手去打開精靈球。「先不要打開……」大木博士提醒道。可惜晚了一步，男孩已經將精靈球打開了……「皮卡—丘！！！」瞬間研究所內電流爆棚……幾分鐘過去—大木博士頂著爆炸頭緩緩站了起來︰「都說讓你先別打開了，你偏不听，這只皮卡丘是很認生的，而且它好像討厭呆在精靈球里……」
「拜托，博士下回你能早一點說麼？」男孩吐著黑煙說道，很顯然電的不輕……
「絕對沒下回—喏，這是你的精靈圖鑒和精靈球。」大木博士將精靈圖鑒和精靈球給了他。
「謝謝博士！」男孩雖然有些不滿，但還是說了聲謝謝……想必到這里，大家也已經知道他是誰了，沒錯，他就是小智。就這樣，隨著主人公阿浩離開真新鎮之後，真新鎮的最後一位新手訓練家小智也出發了。而莫名穿越到這里來的阿浩究竟將會帶來什麼樣的故事呢還不得而知，因為這才剛剛開始