又過去一段時間，每天上學，訓練，傳教，百合幸福充實輕松的日子就這樣過去了，一日，在淺見火山熔岩中發現了第八使徒的幼體。一群人商量後，提出一個非常不靠譜的計劃，就是由明日香來執行首次使徒捕獲作戰。腦子被驢踢了，想出了這個作戰。
融合了生命之果的二號機，本來就能二十四小時開啟絕對領域，但是在一群外行的安排下裝備了耐熱耐壓的D型裝備，而後潛入熔岩一千米以下成功地捕捉了使徒的幼體，但是天有不測風雲，使徒又不是沒腦子，在上升過程中，有了自我意識的幼體開始急速乳孵化，追求自保。
作戰計劃不得不由捕捉更改為殲滅，而且竟然沒有考慮到這種情況，甚至沒有預案，簡直是對軍事素養侮辱啊。緊急改變作戰，怎麼消滅岩漿中的使徒都不知道，只能讓明日香在岩漿中苦戰，某人引導了一下地磁場後，二號機的絕對領域將第八使徒直接從火山中扔了出來，之後的事情就簡單了，在那里等著的綾波麗駕駛著零號機，上去三下五除二將使徒滅掉，奪回了生命之果。
沒有記性的神經機構里面的人，又開始了一如既往的生活。百合女性，開始推動機構內部的男性娘化，為百合事業的偉大發展作出自己的貢獻，隔三差五就有一個男性成為女性，從此步入百合的殿堂，趁著這段時間的空隙，綾波麗畫了十幾本百合本子，有全年齡的純愛百合，有15×的半遮檔百合，有18×的成人百合，有虐愛，攻受，互攻互受，各種喪心病狂的本子在這個表面三無，內心**的綾波麗手中出現，其節操之少，下限之低讓很多行內人嘆為觀止。純潔的綾波麗三無女神在她媽凌波妙的教導下，徹底歪掉了，成為了長歪了的參天大樹，也讓很多看到她的人，以她為標準，也長歪了，真是毀人不倦。
開心的日子，總有人過來搗亂，以顯示自身的存在，一部分頑固分子死心不改，發現了使徒來臨，就在一次實驗中，制造事故，讓NERV本部的電力斷掉了，僅有的後備電力被用于維持MAGI系統。這只是表面情況，沒有幾個人知道，本部下面禁區內有三個小型核聚變發電站，以此供應某女修煉，以及一萬個綾波麗在培養罐內生活，學習。本來應該一日千里的速度在神力以及殘魂的拖累下，速度緩慢，相對于他這個境界的人來說。
不知道真實情況導致，NERV一片混亂，而這個時候凌波妙以極快的速度讓他們安定下來，系統發現了第九使徒由海岸登陸。之所以不供應電的原因是，三個機體根本不需要電力，而且不制造這種表面危險的情況，怎麼把一些從位子上，趕下來，順便將她全家娘化。在第三新東京市一個廢棄樓內玩百合游戲的的真嗣子、麗與明日香三個美少女，听到警報後，發現回不去了，打算尋找可到NERV的通道。此時，擔心女兒的碇唯操縱初號機拉著零號機與二號機一路牆擋拆牆，板阻毀板，幾秒鐘後，就破空而出，飛上天空，以極快的速度來到了女兒身旁。極快登錄，合二為一。
三機聯合作戰，你一拳，我一腳，她一掌，你來我往，硬生生的將第九使徒玩死，取得了第七顆生命之果。這次表面上的危機，給了全靈一個借口，將所有之前不好收拾人徹底收拾了一遍，將最後的隱患滅去，從此日本就處于某人的絕對統治之中了。這次作戰完畢，碇真嗣子將這些天學到的百合知識傳授給了她媽媽，兩人共同學習，共同進步，從此更加親密。
因為幾次戰斗的勝利，給美里增添了功勛，晉升為三佐，一群人本打算舉辦一個大型的百合聚會慶祝。很多人都準備好了各種特色的衣服，決勝服裝，誘惑衣衫，希望能夠將心儀的妹子推到，讓剛剛加入百合大家庭的新人，感受到百合的福利以及魅力。
本來已經計劃很好的事情但是被攪局了，沒錯，這麼沒有眼楮的存在，肯定只有使徒，這不在衛星軌道上出現了迄今為之最大的一個使徒，說真的，在幾個機體輕松吊打使徒之後，所有的人對使徒已經沒有了緊張感，所有本部中的眾人將僅存的男性趕走後，繼續慶祝。使徒的本體，在探測到NERV的位置後，加速墜落下來，把自己當作了一個大炸彈，打算一把將第三東京市滅掉，若真的讓他掉落下來，還真的可能，但是被叨擾了好事的碇真嗣子，綾波麗，明日香三女異常不爽的駕駛者機體，直接沖上高空，三人圍著第十使徒，抓住他的肢體，開始撕肉，一塊一塊的使徒軀體被撕了下來，扔到了海里，等到了第三東京市上方的時候，已經只剩下一個生命之果了。
回歸後，將生命之果收容，換衣服，繼續參加百合聚會，為了補償被使徒傷害的脆弱心靈，眾人決定將百合聚會延長到一天一夜，反正本部內部什麼都不缺，一朵朵百合花在神經本部綻放，某人在站在一個隱秘的地方，欣賞著這片純潔的百合花海。整個基地都散發著百合的清香，讓第二天前來上班的單身狗收到了成噸的傷害，不少男性直接去變妹子了，從此加入了百合大家庭，散發百合的清香，虐單身汪。
輕松打贏了第十使徒，參加了一天一夜的瘋狂百合聚會，美里決定和赤木母女帶三個小孩去吃大餐，可惜天性懶散，大手大腳的她沒錢了，真是喜聞樂見的事情啊，因為美里被綾波麗趁此機會給**了，這次吃飯事件，展現了綾波麗真豪的本質。談論之後，才知道，麗的百合本子每一次都能大賣，在傳教的同時，收獲了大量的金錢，成為一個富一代，但是要裝三無的她，本來就對一些奢侈品不感興趣，所以不露富，也不為人所知。
吃完飯後，綾波麗拖著美里來到了自己的住處，一個精致的單身公寓，一室一廳一廚一衛，但是佔地一百七十平方米。客廳佔地六十平方米，房間佔地五十平方米，廚房佔地三十平方米，衛生間也是三十平方米，里面擺著一個巨大的浴盆，和小型泳池差不多了。
看到如此好的地方，美里感覺自己被**是非常好的選擇，當天晚上，兩人一起洗澡，一起睡覺，百合花開，第二天一早，綾波麗帶著一本滿足的微笑離開，留下美里癱倒在床上，兩天後，才去上班的，這告訴了我們，得到多少，付出多少的偉大真理。從此之後，知道綾波麗是土豪的眾人隔三差五就來打秋風，本著不吃虧的原則。每一次打秋風的都被拖回家了，為家里的百合清香增添了一份濃郁，對于那些拖不回家的，下次的本子就畫她了，吃了我多少，我要用你十倍百倍的賺回來，不虧是妙的女兒，真有她的風範。
該來的總會來，說的就是使徒，NERV本部在進行模擬體測試實驗時，在蛋白壁上發現異常，顯然出問題了，但是沒幾個人擔心，反正到了最後都能輕松處理。經MAGI判明為第十一使徒，這次的敵人是一群細菌，沒錯位于小和大之間的生命體，真是奇葩。該使徒能力是急速分裂、增殖、進化，控制模擬體。只要做到這些，達成後開始侵蝕MAGI系統，並使NERV自爆。看起來多厲害的能力啊，直接以子之矛攻子之盾，你神經本部再厲害，我直接動用你的炸彈，在你內部爆炸如何？
如此強大，都讓很多人束手無策了，但是強大只是相對的，在凌波妙眼里這樣更好收拾了，沒有強大的軀體保護，很多事情就方便多了，通過電磁感應，直接將生命之果拿走，順便收走了一部分第十一使徒的身軀，封印之後，留在了小世界。之後討論的過程中有人提出，以後可以讓其快速進化，以至于自身崩滅，因為有很多學者認為進化的終點是死亡，但是進化有點有終點嗎？道無止境，學海無涯，大道無疆這些詞語告訴我們進化根本沒有終點，或許有一個眾人認為的相對終點，比如進化到一定程度，就是某人所不能理解，所不能觀測的存在。
原著中的第十一使徒的進化本身就是錯誤的，才有那麼快的進化之後，導致了自身的崩滅，否則他只會強大，連相對終點都遠遠達不到，因為一個星辰所能提供的能量物質是有限的。將小世界的第十一使徒的身體化為最初的使徒本源，除此之外有十份其他的使徒本源，都是這樣年留存下來，凌波妙煉化後的。
這些東西將來都有用處，也是一種保險，這次事故後，很多人都感覺自己生物學學的不怎麼好，打算以後多讀讀生物學的書籍，好更好的跟學霸當朋友，起碼要知道一點，好把對方拐到床上去，真是死性不改，勤勤懇懇的百合教徒啊。